Notes sur les paramètres de recherche utilisés par BLAST

Pour chacun des programmes disponibles, il existe une série de paramètres dont les différentes valeurs possibles peuvent faire varier grandement les résultats d'une recherche. Au départ, ces paramètres sont tous réglés avec des valeurs optimales par défaut. Cependant, le chercheur peut les modifier à sa guise afin d'optimiser la recherche. Si vous désirez avoir des renseignements sur un paramètre en particulier, il vous suffit de cliquer sur le champ en question. Pour le champ marqué «Other advanced options», les options par défaut sont les suivantes :

Pour le programme BLASTN, TBLASTN et TBLASTX :

-G Coût pour l'ouverture d'une brèche (gap) [Entier] défaut = 5
-E Coût pour l'extension de brèches (gap extension) [Entier] défaut = 2
-q Poids pour un mésappariement [Entier] défaut = -3
-r Poids pour un appariement [Entier] défaut = 1
-e Valeur espérée (E) [Réel] défaut = 10.0
-W Longueur du mot [Entier] défaut= 11
-v Nombre de descriptions en ligne (V) [Entier] défaut = 100
-b Nombre d'alignements affichés (B) [Entier] défaut = 100

Pour les programmes BLASTP et BLASTX :

-G Coût pour l'ouverture d'une brèche (gap) [Entier] défaut = 11
-E Coût pour l'extension de brèches (gap extension) [Entier] défaut = 1
-e Valeur espérée (E) [Réel] défaut = 10.0
-W Longueur du mot [Entier] défaut= 3
-v Nombre de descriptions en ligne (V) [Entier] défaut = 100
-b Nombre d'alignements affichés (B) [Entier] défaut = 100

Veuillez noter que pour BLASTP et BLASTX, les valeurs de poids pour un appariement ou un mésappariement se trouvent dans la matrice de pointage sélectionnée pour les substitutions (BLOSUM, PAM).

Pour changer ces paramètres, vous devez inscrire le code du paramètre précédé d'un tiret suivi de la valeur choisie; le tout sans espace.

ex : -G5

-q-4

Cependant, il existe des valeurs limites pour l'ouverture d'une brèche et son extension. Voici une liste de valeurs suggérées :

Ouverture Extension
10 1
10 2
11 1
8 2
9 2

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