Publications des unités MIA-Jouy, MIG, MaIAGE

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Article

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Mots-clés : Réseau bayésien, Statistique bayésienne, Poulet à rôtir, Campylobactériose, Maladie d'origine alimentaire, Appréciation du risque.

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Mots-clés : Plan d'expérience, bloc d'expérience, variable, optimalité universelle, intéraction, modèle linéaire.

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Keywords : Block designs, control-treatment comparisons, explanatory variables, interaction, linear models, optimal designs.
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Mots-clés : Comparaison, controle-traitement, bloc d'expérience, variable, modèle linéaire, interaction.

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Keywords : monosomics, wheat, back cross, chiasmas, trinomial model.
Mots-clés : Monosomiques, triticum aestivum, modèle log-linéaire, modèle trinomial, rétrocroisement, métaphase réductionnelle (M1) chaiasmas, asyndèse, interaction génomel groupe d'homéologie..

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Mots-clés : modèle biadditif, paramètre additif, paramétrisation, covariance, statistique.

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Mots-clés : variances et covariances asymptotiques, modèle biadditif, région de confiance, tableau à deux entrées.

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Mots-clés : covariable, régression factorielle, interaction génotype milieu, modèle mixte, hétéroscédasticité.

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Mots-clés : Asparagus officinalis, interaction génotype milieu, réseau d'essais, diallèle, effet parental.

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Mots-clés : interactions génotype x milieu, régression, factorielle, modèle multiplicatifs, contraintes d'ordre..

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Mots-clés : Covariable, approximation, moindres-carrés, données manquantes, estimabilité, analyse en composantes principales, interaction, modèle bilinéaire..

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Mots-clés : 2DE, Lactococus lactis, MS identification, Protéomique.

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Mots-clés : lutte chimique.

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Keywords : genetic determinism, mixture model, mixed linear model, likelihood ratio test.
Mots-clés : Biométrie, génétique, colza, brassica napus var oleifera, plante oléagineuse, crucifère, haploïde, meïose, appariement chromosomique, contrôle génétique, modélisation, modèle de mélange, modèle mixte, estimation de paramètre type.

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Keywords : genetic determinism, mixture model, mixed linear model, likelihood ratio test.
Mots-clés : Biometrie, genetique, colza, brassica napus var oleifera, plante oleagineuse, crucifere, haploide, meiose, appariement chromosomique, controle genetique, modelisation, modele de melange, modele mixte, estimation de parametre type.

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AMS Keywords: 28-xx,28Axx,28A75,62-xx,62D05,62Gxx,62G05.
Mots-clés : estimateur de Cavalieri, covariogramme, efficacité, formule d'Euler-MacLaurin, grille de points, rééchantillonnage, stéréologie, échantillonnage systématique, méthodes transitives, approximation de variance. [ http | http ]

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Keywords : Tournament, median order, series of experiments, genotype-environment interaction, cluster, social choice theory, combinatorial algorithm.
Mots-clés : tournoi, ordre médian, réseau d'essais, interaction génotype milieu, classification, théorie du choix social, algorithme combinatoire.

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Keywords : spinal dorsal horn, unitary recordings, neurosurgery, microelectrode, neuropathic pain.
Mots-clés : corne dorsale de la moëlle épinière, enregistrements unitaires, neurochirurgie, microélectrode, douleur neuropathique.

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Mots-clés : dissecteur,mesure géométrique,interaction,fonction K,particule,sstéréologie,coupes verticales.

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AMS Keywords: 53Cxx,53C65,60-xx,60D05,94Axx,94Axx.
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Keywords : Arabidopsis thaliana,image analysis,length measurements,plant growth,statistics.
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Mots-clés : Arabidopsis thaliana,analyse d'image,mesures de longueur,croissance de plantes,statistics.

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[1115] E. Vergu, A. Flahault, and C. Viboud. Phylodynamique de la grippe. In Introduction à l'épidémiologie intégrative, J.-F. Guégan and M. Choisy (eds.). De Boeck Université, 2008, ch. 11.

[1116] J. Wang, H. Richard, R. Faivre, and H. Monod. Le package mtk, une bibliothèque r pour l’exploration numérique des modèles. In Analyse de sensibilité et exploration de modèles : Application aux sciences de la nature et de l'environnement, Savoir faire. Quae éditions, 2013, ch. 10, pp. 255-275.
Mots-clés : package mtk.

[1117] A. Zinovyev, S. Fourquet, L. Tournier, L. Calzone, and E. Barillot. Cell death and life in cancer: mathematical modeling of cell fate decisions. In Advances in Systems Biology, Adv. Exp. Med. Biol. Springer New York, 2012, pp. 261-274.

Inproceedings

[1118] K. Adamczyk, V. Emeriau, C. Larédo, E. Klein, F. Pessel, P.-H. Gouyon, M. Renard, J. Champolivier, A. Merrien, and A. Messéan. Changements d'échelles de flux de gènes. Analyse spatio-temporelle en vue de l'aide à la décision. In Séminaire de restitution des résultats de l'AIP "OGM et Environnement" 1998-99 (Paris). INRA, décembre 1999, pp. 37-39.

[1119] K. Adamczyk, K. Kiêu, H. Monod, and R. Stoica. Tessellation model for agricultural landscape. In 6th French-Danish Workshop on Spatial Statistics and Image Analysis (Skagen, Denmark), May 2006.

[1120] K. Adamczyk, S. Pivard, A. Bouvier, J. Lecomte, P.-H. Gouyon, and S. Huet. Statistical analysis of oilseed rape dispersion data along a road network. In International Biometric Society Multi-Regional Conference (Leicester), 5-8 April 2005, pp. 10-11. Available: abstract (1p.) and slides (14p.).
Keywords : oilseed rape, risk assessment, Random Forest algorithm, Mixed Effect Logistic Model. [ .pdf | .pdf ]

[1121] K. Adamczyk, S. Pivard, A. Bouvier, J. Lecomte, P.-H. Gouyon, and S. Huet. Étude de la dispersion du colza le long d'un réseau routier. In XXXVIIèmes Journées de Statistique (Pau). Société Française de Statistique, 6-10 juin 2005. Sont disponibles, dans cet ordre, un texte court (1p.), les transparents (13p.), le résumé (6p.):.
Mots-clés : colza, évaluation des risques, forêts aléatoires, modèle logistique à effets mixtes. [ .pdf | .pdf | .pdf ]

[1122] K. Adamczyk. Modèle de tessellation pour les paysages agricoles. In Réseau M3d (École de printemps, Oléron), mai -7-11 2012. résumé. [ http ]

[1123] H.-K. Ahn, P. Braß, O. Cheong, H.-S. Na, C.-S. Shin, and A. Vigneron. Approximation algorithms for inscribing or circumscribing an axially symmetric polygon to a convex polygon. In Proc. 10th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, vol. 3106 of Lecture Notes in Computer Science, 2004, pp. 259-267.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1124] H.-K. Ahn, O. Cheong, J. Matousek, and A. Vigneron. Reachability by paths of bounded curvature in convex polygons. In Proc. 16th ACM Symposium on Computational Geometry, 2000, pp. 251-259.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1125] H.-K. Ahn, O. Cheong, C.-D. Park, C.-S. Shin, and A. Vigneron. Maximizing the overlap of two planar convex sets under rigid motions. In Proc. 21st ACM Symposium on Computational Geometry, 2005, pp. 356-363.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1126] I. Albert, E. Espié, A. Gallay, H. De Valk, E. Grenier, and J.-B. Denis. Bayesian statistical analysis of epidemiological data for QRA. In Safety, Reliability and Risk Analysis: Theory, Methods and Applications, M. et al. (ed.). Taylor & Francis Group, 2009, pp. 2609-2612. Proceedings of ESREL'08 (Valencia, Spain), 22-25 September 2008; organized by the European Safety and Reliability Association and the Society for Risk Analysis.
Keywords : Bayesian, Statistical Meta-Analysis, Campylobacter.
Mots-clés : Bayésien, Méta-analyse statistique, Campylobacter.

[1127] I. Albert, E. Grenier, J. Rousseau, and J.-B. Denis. Towards a global and Bayesian approach to perform quantitative risk assessement in food. the cas of Campylobacter jejuni in chicken products in France. In Book of extended abstracts; Emergent Risks and Global Risk Management in Europe; 13th SRA Europe Annual Meeting 2004 (Paris), S. for Risk Analysis in Europe (ed.), 15-17 november 2004, pp. 14-15. summary of a poster presented to the SRA-E Annual Conference held in Paris, France, [T188].
Keywords : food risk assessment, food chain, campylobacter, Bayesian.
Mots-clés : appréciation des risques alimentaires, campylobacter, bayésien.

[1128] M. Almena, Y. Noël, A. Kobilinsky, and A. Cepeda. Application d'un plan d'expérience fractionné pour évaluer l'effet du salage sur la texture du fromage espagnol arzúa-ulloa. In 5èmes Journées Européennes : Agro-Industrie et Méthodes Statistiques (INRA-Versailles). ASU : INRA, ENSIA, INA-PG, décembre 1997, pp. 26.1-26.10.
Mots-clés : Qualité, texture, rhéologie, plan d'expérience fractionnaire, fromage.

[1129] E. Alphonse, S. Aubin, P. Bessi Nhres, G. Bisson, T. Hamon, S. Lagarrigue, A.-P. Manine, A. Nazarenko, C. Nedellec, M. Ould Abdel Vetah, T. Poibeau, and D. Weissenbacher. Event-based information extraction for the biomedical domain: the caderige project. In Proceedings of International Joint workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and its Applications (NLPBA/BioNLP) (Gen Nhve), Ruch P. and Collier N. and Nazarenko A. (ed.), 2004.

[1130] J. Amselem, N. Francillonne, C. Michotey, T. Letellier, J.-M. Aury, C. Da Silva, S. Duplessis, F. EHRENMANN, S. Faye, C. Gaspin, C. Klopp, K. Labadie, I. Lesur Kupin, T. Leroy, F. Murat, O. Rué, C. Bodenes-Brezard, J.-C. Leplé, G. Le Provost, P. Faivre-Rampant, A. Kremer, F. Martin, and H. Quesneville. An integrated information system dedicated to Oak genomics and genetics. In Plant and Animal Genome (San Diego - Etats-Unis), janvier 2018. Présentation orale.

[1131] J. Anba, J. Doré, O. Firmesse, C. Gitton, C. Juste, E. Lahaye, F. Béguet, J. Dabard, C. Manichanh, M. Mistou, V. Monnet, K. Roy, P. Tailliez, A. Trubuil, and J. Wang. Analyse par l'approche protéomique des fonctions exprimées par les bactéries de la flore dans l'environnement digestif. In Rencontre des microbiologistes de l'INRA, 2003.

[1132] F. Angevin, E. K. Klein, J.-F. Mari, F. L. Ber, K. Adamczyk, H. Monod, and C. Lavigne. Relative impacts of closest fields and background pollen on gm impurity rates in non-gm harvests. In Fourth International Conference on Coexistence between Genetically Modified (GM) abnd non-GM based Agricultural Supply Chains (Melbourne). gmcc09, 10-12 November 2009. [ http ]

[1133] B. Aronov, M. de Berg, O. Cheong, J. Gudmundsson, H. J. Haverkort, and A. Vigneron. Sparse geometric graphs with small dilation. In Proc. 16th International Symposium on Algorithms and Computation, vol. 3827 of Lecture Notes in Computer Science, 2005, pp. 50-59.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1134] S. Arya, D. Mount, A. Vigneron, and J. Xia. Space-time tradeoffs for proximity searching in doubling spaces. In Proc. 16th European Symposium on Algorithms, vol. 5193 of Lecture Notes in Computer Science, 2008, pp. 112-123.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1135] J. Aubert, C. Hennequet Antier, C. Guerin, D. Labourdette, A. De La Foye, N. Marsaud, F. Legeai, F. Hilliou, and B. Schaeffer. How to design a good rna-seq experiment in an interdisciplinary context? In European conference on Computational Biology, 2014.
Keywords : Experimental design, RNA-Seq.

[1136] J. Aubert, S. Schbatth, and B. Laroche. Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interations in the rhizosphere. In 9th. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Gôteborg -SWE). ESMTB, SMB, juin-15-19 2014. présentation Orale.
Mots-clés : metagenomics.

[1137] S. Aubin, P. Bessières, R. Bossy, L. Gillard, J. Jourde, F. Papazian, P. Veber, and C. Nedellec. BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria. In Workshop BioCreative II.5 (CNIO Madrid, Spain), B. B. et al. (eds) (ed.). on-line proceedings, 2009, p. 41. [ .pdf ]

[1138] S. Aubin, A. Nazarenko, and C. Nedellec. Adapting a general parser to a sublanguage. In Proceedings of the International Conference on Recent Advances in Natural Language Processing (RANLP'05) (Borovets, Bulgaria), 2005, pp. 89-93.

[1139] L. Auer, L. Cauquil, S. Chaillou, C. Delbes, E. Dugat-Bony, H. Falentin, G. Hernandez Raquet, M. Mariadassou, A. Nicolas, G. Pascal, E. Rifa, S. Schbath, A.-L. Abraham, and S. Terrat. How to design an efficient and robust pipeline for 16s rrna-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities? In Colloque Génomique Environnementale (Montpellier - FR). Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Octobre - 26-28 2015, p. 1. Poster.

[1140] L. Auer, L.and; Cauquil, S. Chaillou, C. Delbes, E. DUGAT-BONY, H. Falentin, G. Hernandez Raquet, M. Mariadassou, A. Nicolas, G. Pascal, E. Rifa, S. Schbath, A.-L. Abraham, and S. Terrat. How to design an efficient and robust pipeline for 16s rrna-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities? In JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (Clermont Ferrand). INRA - U. Clermont 2, UMR 1095 GDEC Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales. Centre de recherche Auvergne-Rhône-Alpes, Clermont-Ferrand, France, juillet -06-09 2015, p. 1. communication avec acte.

[1141] F. Austerlitz, O. David, B. Schaeffer, S. Yé, M. Veuille, and C. Larédo. Comparing phylogenetic and statistical classification methods for DNA barcoding. In First International Barcode of Life Conference (Museum National d'Histoire Naturelle, Paris.). DAWG Consortium for the Barcode of Life, July 6-8 2006. Abstract.

[1142] F. Austerlitz, O. David, B. Schaeffer, K. Blealey, M. Olteanu, R. Leblois, M. Veuille, and C. Larédo. Comparing phylogenetic and statistical classification methods for DNA barcoding. In Second International Barcode of Life Conference (Taipei, Taiwan). Consortium for the Barcode of Life, 16-21 Sep. 2007. Abstract.

[1143] F. Austerlitz, O. David, B. Schaeffer, K. Bleakley, M. Olteanu, R. leblois, M. Veuille, and C. Laredo. Considerations sur l'analyse des données dans le cadre du l'ADN. In GDR Génomique des populations et génomique evolutive (Paris- FR), sept.- 09 2009.
Keywords : Barcode.

[1144] E. Av-Ron, J.-P. Rospars, and J.-F. Vilbert. Modélisation de la désinhibition des neurones olfactifs déchargeant en bouffées chez les insectes. In Huitièmes Journées Neureusciences & Sciences de l'Ingénieur (Marly-le-Roy), mai 1996, pp. 65-68.

[1145] G. Azzimonti, P. Papaïx, T. Marcel, S. Paillard, I. Sache, and C. Lannou. Components of quantitative resistance to leaf rust in wheat cultivars. In Plant resistance sustainability 2012. International conference (Colle sur Loup - FR), octobre -16-19 2012, pp. 42-43. Abstract.

[1146] G. Azzimonti, J. Papaïx, T. Marcel, S. Paillard, I. Sache, C. lannou, and H. Goyeau. In Plant resistence sustainability International conference (La Colle sur Loup - FR), juillet - 11-13 2012, pp. 42-43. texte intégral.

[1147] M. BA, R. Bossy, and C. Nédellec. Customized automatic corpus annotations using alvisNLP/ML. In Symposium BLAH3 (Tokyo - Japon), janvier 2017, p. 11 diapos. Communication sans actes.
Keywords : automatic corpus processing ; annotation workflow ; configurable service.

[1148] M. BA, R. Bossy, and C. Nédellec. La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans openMinTeD. In JDEV 2017 (Marseille - FR), avril 2017. Poster.
Keywords : AlvisNLP ; openlinTeD ; Text and Data Mining.

[1149] R. BA, M. ; Bossy. Interoperability of corpus processing workflow engines: the case of. alvisnlp/ml in openminted. In Meeting of working Group Medicago sativa (Portoroz - Slovénie), mai - 23 2016, pp. 15-18. Full paper.

[1150] M. Ba, C. Nédellec, and R. Bossy. Data Exchange Solution between PubAnnotation and alvisAE. In BLAH4 symposium (Tokyo, Japon), janvier 2018. Short paper.

[1151] K. Badonnel, J.-B. Denis, F. Piumi, M.-C. Caillol, R. Salesse, and C. Baly. Expression of odorant-binding protein 1f in rat olfactory mucosa is regulated by nutritional status. In 17th congress of the European Cemoreception Rerearch Organization (Granada, Spain), 4-8 September 2006. poster, [T196].
Keywords : gene expression.
Mots-clés : expression d'un gène.

[1152] K. Badonnel, J. Denis, F. Piumi, M. Potier, M. Caillol, R. Salesse, and C. Baly. L'expression de l'obp-1f dans la muqueuse olfactive de rat est régulée par l'état nutritionnel. In Livret Colloque DOC'J 2006 (INRA, Jouy en Josas, France). INRA - Colloque DOC'J 2006, mai -22-23 2006. Communication orale (résumé).
AMS Keywords: OBP-1F, muqueuse olfactive, Etat Nutritionnel, Nutrition.

[1153] K. Badonnel, F. Denis, J.B.and Piumi, M. Potier, M. Caillol, R. Salesse, and C. Baly. Expression of odorant-binding protein 1f in rat olfactory mucosa is regulated by nutritional status. In Aromagri 2007 ; 2007/10/09 ; Jouy-en-Josas (FRA) (INRA - Jouy-en-Josas (FRA)), Octobre - 09 2007. Poster.

[1154] M. Ballester, C. Hue-Beauvais, C. Kress, B. Montazer Torbati, M. Nguyen, E. Devinoy, H. Jammes, K. Kiêu, and M. Boutinaud. Epigenetic modifications during normal mammary gland development. In EuroEpiStem 2011 Meeting (Paris-FRA). GeneExpression Systems (USA), novembre 21-22 2011. Conférence invitée.
Keywords : Mammary Gland development, Nuclear organization, Chromatin conformation, DNA methylation.

[1155] S. Ballesteros, A. Camacho, E. Vergu, and B. Cazelles. Antigenic drift co-circulating clusters conferring partial cross-immunity. In R0 and related concepts: methods and illustrations - Workshop (Paris, France), 2008. Abstract.

[1156] S. Ballesteros, A. Camacho, E. Vergu, and B. Cazelle. On-off intermittency of avian influenza viruses subtypes in wild birds. In Epidemics2 - Second International Conference on Infectious Disease (Athens, Greece). Elsevier, December 2009. Poster.

[1157] S. Ballesteros, A. Camacho, E. Vergu, and B. Cazelles. Main determinants of human influenza phylodynamics. In Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics 3 (Bordeaux, France), juin 2010. communication orale.

[1158] S. Ballesteros, M. Senneret, E. Vergu, and B. Cazelles. Influenza a evolution paradigm shift: how can we explain the recurrence of influenza a epidemics in humans? In Second Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (Campinas, Brasil), July 2007. Abstract.

[1159] S. Ballesteros, E. Vergu, and B. Cazelles. Recurrence of epidemic influenza: Insights from simple models. In Conference on Mathematical Biology (Marrakesh, Morocco), 2008. Abstract.

[1160] Y. Baraud, S. Huet, and B. Laurent. A new test of linear hypothesis in regression. In Goodness-of-fit tests and model validity, C. Huber-Carol, N. Balakrishnan, M. S. Nikulin, and M. Mesbah (eds.), Statistics for Industry and Technology. Birkhäuser, 2002, pp. 195-207.
Keywords : Adaptive test, Model selection, Linear hypothesis, Minimax hypothesis testing, Nonparametric alternative, Goodness-of-fit, Nonparametric regression, Fisher test.

[1161] F. Barbe, S. Le Feunteun, B. Laroche, and D. Dupont. Mathematical modelling of milk proteins digestion dynamics. In 16th IFAC Symposium on System Identification (Square - Brussels Meeting Centre, Belgium), vol. 16. Elsevier, July -11-13 2012, pp. 1437-1441. Communication orale. [ DOI | .html ]

[1162] F. Barbe, O. Ménard, Y. Le Gouar, C. Buffière, B. Laroche, S. Le Feunteun, D. Remond, and D. Dupont. The effect of the matrix structure on the digestion and absorption of milk proteins in vivo. In 1st International Conference on Food Digestion (Cesena - Italie), mars - 19-21 2012, p. 22 diapo. Type de communication : Full paper.
Mots-clés : lait protéine digestion caséine protéine traitement thermique structure.

[1163] F. Barbé, S. L. Feunteun, I. Souchon, Rémond, O. Ménard, Y. L. Gouar, C. Gaudichon, B. Laroche, and D. Dupont. Understanding how the structure of dairy matrices affects protein hydrolysis in the gastrointestinal tract. September - 12-16- 2011.
Keywords : caseins, food structure, gastrointestinal transit tract, modelling, in vivo digestion, whey proteins.

[1164] F. Beaudeau, N. Bareille, F. Bendali, P. Ezanno, S. Krebs, O. Rat-Aspert, E. Vergu, and C. Fourichon. Structuration spatiale des activités d’élevage de bovins et risque sanitaire. In Colloque Projet PSDR Grand Ouest SANCRE (Nantes-FR), Novembre-11 2011, p. 29 p. Communication orale.

[1165] F. Beaudeau, S. Krebs, Vergu, O. Rat-Aspert, N. Bareille, F. Bendali, C. Fourichon, and P. Ezanno. Structuration spatiale des activités d’élevage de bovins et risque sanitaire. In Séminaire Inter-Projets PSDR GO (Rennes-FR), Juin 2011, p. 27 p. Communication orale.

[1166] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, and E. Vergu. Paratuberculosis spread at the regional scale in dairy cattle: insights from data. In 5. International Conference on Infectious Disease Dynamics - Epidemics (Florida -USA), decembre -01-04 2015. Poster.

[1167] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, and E. Vergu. Estimation of key parameters of a multiscale model of paratuberculosis regional spread in dairy cattle. In 10th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB) (Nottingham- RU), JUILLET 11-15 2016. Présentation orale.

[1168] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, and E. Vergu. Estimation des paramètres clés d'un modèle multi-échelle de la propagation de la paratuberculose chez les bovins laitiers à une échelle régionale. In Journée du réseau ModStatSAP (Nantes -FR), mars-22 2016. Présentation orale.

[1169] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, P. Nicolas, and E. Vergu. Inference in a metapopulation model of paratuberculosis in cattle via a composite-likelihood approximation. In Book of abstracts: Modelling in Animal Health conference (ModAH) (Nantes- FR), Juin -14-16 2017, p. 19. abstract.

[1170] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, P. Nicolas, and E. Vergu. Inference in a metapopulation model via a composite-likelihood approximation. In 11th. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB) (Lisbonne, Portugal), Juillet 2018. Présentation orale.

[1171] G. Beaunée, P. Ezanno, A. Joly, P. Nicolas, and E. Vergu. Inférence, modélisation et compréhension des pathosystèmes : cas d'étude de la paratuberculose bovine. In book of abstracts of Journées d'Animation Scientifique du Département Santé Animale (JSA DSA) (La Chapelle-sur-Erdre, France), octobre 2018. Poster.

[1172] G. Beaunée, E. Vergu, and P. Ezanno. Modeling of the spread and control of mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in a metapopulation of cattle herds. In 9th. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB) (Gothenburg-Suède), juin 15-19 2014, p. 1. Communication sans actes et poster.
Keywords : Control strategies ; Animal movements ; Modeling of pathogen spread. [ http ]

[1173] G. Beaunée, E. Vergu, and P. Ezanno. Spread and control of mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (map) in a metapopulation of cattle herds. In book of abstracts -12th International Colloquium on Paratuberculosis -ICP (Parme -Italie), International Colloquium on Paratuberculosis - ICP, juin-22-26 2014, p. 268. Poster et abstract.

[1174] G. Beaunée and P. Vergu, E.and Ezanno. Controlling the spread of mycobacterium avium subsp. paratuberculosis at a regional scale based on internal biosecurity and animal movements. Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM). Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine, Hatfield (Royaume Uni), mars -25-27 2015, pp. 97-107. Evènement : Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM).

[1175] G. Beaunée, E. Vergu, A. Joly, and P. Ezanno. Mouvements commerciaux de bovins et propagation régionale de la paratuberculose. In 13th International Colloquium on Paratuberculosis-ICP (Nantes -FR), juin 20-24 2016. présentation orale.

[1176] G. Beaunée, E. Vergu, A. Joly, and P. Ezanno. Spread and control of bovine paratuberculosis in an enzootic cattle region: a multi-scale model to evaluate complex strategies combining biosecurity and test-at-purchase. In 13th International Colloquium on Paratuberculosis-ICP (Nantes -FR), juin 20-24 2016. Présentation orale.

[1177] I. Bechar and A. Trubuil. A bidimensional signal processing approach to vesicle trafficking analysis in 3D+T fluorescence videomicroscopy. In 9th International Conference MICCAI, Proceedings (Copenhagen, DK), 2006, pp. 215-220.
Keywords : image analysis, confocal microscopy, multivariate statistics..
Mots-clés : analyse d'image, microscopie confocale, statistique multivariée.

[1178] I. Bechar and A. Trubuil. A model selection approach for robust spatio-temporal analysis of dynamics in 4D fluorescence microscopy. In 28th International Conference IEEE EMBC, Proceedings (New York, USA), 2006, pp. 4113-4116.
Keywords : image analysis, confocal microscopy, multivariate statistics.
Mots-clés : analyse d'image, microscopie confocale, statistique multivariée.

[1179] I. Bechar and A. Trubuil. Reliable motion detection and analysis in live-cell imaging. In 4th International Symposium on Biomedical Imaging, Proceedings (Washington, USA), 2007, pp. 280-283.
Keywords : Live-cell imaging, Motion detection, Statistical motion analysis, Image analysis, Confocal Microscopy, Multivariate Statistics..
Mots-clés : Analyse d'image, microscopie confocale, statistique multivariée.

[1180] M. Belhaj Fraj, B. Mille, H. Monod, J.-M. Meynard, and C. de Vallavieille-Pope. Évaluation des performances phytosanitaires, agronomiques et industrielles d'associations variétales de blé tendre d'hiver à destination meunière dans un réseau de parcelles agricoles. In 5ème Congrès de la Société Française de Phytopathologie (Angers, France), 26-29 mars 2001. 158.

[1181] F. Belhaj, J.-M. Meynard, H. Monod, B. Mille, and C. D. Vallavieille-Pope. Reduction of septoria tritici blotch severity and stability of grain yield and quality of wheat cultivar mixtures in on-farm trials. In Global insights into the septoria and stagonospora diseases of cereals. Proceedings of the 6th International Symposium on Septoria and Stagonospora Diseases of Cereals (Tunis, Tunisie), G. Kema, M. van Ginkel, and M. Harrabi (eds.), 8-12 décembre 2003, pp. 45-47.

[1182] F. Belhaj, J.-M. Meynard, H. Monod, B. Mille, and C. D. Vallavieille-Pope. Stabilité du rendement et de la qualité d'associations de variétés de blé dans des parcelles agricoles conduites selon un système de protection intégrée. In AFPP - 7ème Conférence Internationale sur les Maladies des Plantes (Tours, France), 3-5 décembre 2003.
Mots-clés : blé, association variétale, septoriose, rendement, taux de protéines, panification.

[1183] R. Ben Romdhane, G. Beaunée, G. Camanes, R. Guatteo, C. Fourichon, and P. Ezanno. Identification of phenotypic traits of resistance to limit map spread in a dairy cattle herd using a modelling approach. In Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM) (Inverness). Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine, Hatfield (Royaume Uni), mars -29-31 2017, pp. 99-110. Retranscription de conférence.

[1184] R. Ben Romdhane, G. Camanes, R. Guatteo, G. Beaunée, C. Fourichon, and P. Ezanno. Targeting phenotypic traits to improve resistance to paratuberculosis in dairy cattle: a modelling approach. In Book of abstracts : 13ème International Colloquium on Paratuberculosis (ICP) (Nantes), juin 20-24 2016, p. 116. Poster.

[1185] R. Ben Romdhane, G. Camanes, R. Guatteo, G. Beaunée, C. Fourichon, and P. Ezanno. Targeting phenotypic traits to improve resistance to paratuberculosis in dairy cattle: a modelling approach. In Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM (Elsinore - Danemark). Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine, Hatfield - Royaume Uni, mars 16-18 2016, p. 1 p. Evènement : Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine -SVEPM.

[1186] G. Benoit, P. Peterlongo, M. Mariadassou, E. Drezen, S. Schbath, D. Lavenier, and C. Lemaitre. Simka: large scale de novo comparative metagenomics. In JOBIM 2017 -Lille (Lille), Juillet- 03-06 2017, pp. 3-5.

[1187] A. Bensadoun, F. Brun, D. Debaeke, P.and Wallach, L. Champolivier, E. Mestries, and J.-P. Palleau. Estimation bayésienne des paramètres d'un modèle de culture implémenté sous vle. INRA - Séminaire MIAJ, mars-23 2012, p. 64 diapo. Presentation orale.
Mots-clés : Estimation de paramètres ; Méthodes bayésiennes ; modèle dynamique ; RECORD ; VLE ; SUNFLO ; MCMC.

[1188] A. Bensadoun, A. Messean, and H. Monod. Modélisation des flux des gènes : quand les Bayésiens se mêlent de la question OGM. In Rencontres AppliBUGS (Paris), juin - 20 2013, p. 69 diapos. présentation orale.

[1189] A. Bensadoun, H. Monod, F. Angevin, D. Makowski, and A. Messéan. Modeling of gene flow by a bayesian approach: A new perspective for decision support. In GMCC 2013 (Lisbone-Portugal), November 2013, p. 28 diapos.

[1190] A. Bensadoun. Bayesian calibration of computer models. In Groupe de travail BaBayes (INRA, UR0341 Mathématique Informatique Appliquées, F-78350 Jouy-en-Josas, France). MIAJ, mai -04 2012, p. 76. Présentation Orale.
Keywords : Calibration, Computer experiments, Deterministic models, Gaussian process, Interpolation, Model inadequacy, Sensitivity analysis, Uncertainty analysis.

[1191] A. Bensadoun. Modélisation des flux de gènes à l'échelle du paysage par approche bayésienne. application à l'aide à la décision pour la coexistence entre cultures ogm et non ogm. In Journées ABIES (Paris). Ecole doctorale ABIES, février - 26-27 2013, p. 48 diapo. Communication orale.
Mots-clés : statistique bayésienne, agronomie, OGM, échantillonage, aide à la décision, coexistence.

[1192] F. L. Ber, C. Lavigne, J. F. Mari, K. Adamczyk, and F. Angevin. GENEXP, un logiciel simulateur de paysages agricoles, en vue de l'étude de la diffusion de transgènes. In Colloque International de Géomatique et d'Analyse Spatiale (SAGEO) (Strasbourg), 2006.

[1193] J.-E. Bergez, M. Carpani, H. Monod, F. Angevin, B. Colomb, and R. Faivre. Sensitivity analysis of DEXItype models applied to design cropping systems. In Proceedings of Agro 2010, the XI ESA Congress. Agropolis International, Montpellier, 2010, pp. 807-807. XI ESA Congress.
Mots-clés : Analyse de sensitivite.

[1194] Y. Bertheau, A. Kobilinsky, and J. Davison. Detection of genetically modified plants: Limits and possibilities. In New Diagnostic Technology: Applications in Animal Health and Biologics Controls (Saint Malo, France), vol. 126 of Developments in Biologicals. International Conference on New Diagnostic Technology, Karger, Basel, Suisse, 2006, p. 55.

[1195] P. Bessières, R. Bossy, A.-P. Manine, E. Alphonse, and C. Nédellec. Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining. In Proceedings of the Data and text mining in integrative biology workshop, associ ECML/PKDD (Berlin, Allemagne), M. H. et C. Nedellec (ed.). on-line proceedings, 2006, pp. 67-72. [ .pdf ]

[1196] K. G. Bijay and A. Vigneron. A practical approach to approximating diameter of point-set in low dimensions. In Proc. 17th Canadian Conference on Computational Geometry, 2005, pp. 3-6.
Mots-clés : geometrie algorithmique. [ .pdf ]

[1197] E. Billoir, J.-B. Denis, N. Commeau, M. Cornu, and V. Zuliani. Probabilistic modeling of listeria monocytognes behaviour in diced bacon during the manufacture process. In 6th international conference on Predictive Modeling in Foods, Vijay Juneja et al. (ed.), September 2009, pp. 112-115. Proceedings of PMF'06 distributed to the participants, [T221].
Keywords : Bayesian network, diced bacon, Listeria monocytogenes, microbial risk assessment, process chain modeling.
Mots-clés : Réseau bayésien, lardon, Listeria monocytogenes, Appréciation des risques microbiologiques, modélisation de la chaine d'un processus.

[1198] D. Blanchard, C. Lannou, H. Goyeau, F. Carpentier, and H. Monod. Modélisation du risque sanitaire en grande culture à l'échelle régionale. In Journées Jean Chevaugeon 2014- 10es Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP) (Aussois (Savoie) - France), janvier 27-31 2014, p. 90. Poster et abstract.
Mots-clés : durabilité de la résistance, épidémiologie du paysage, modélisation bayésienne, régionalisation, rouille brune du blé, valeur prédictive.

[1199] D. Blanchard, H. Monod, C. Lannou, and H. Goyeau. Modeling crop disease risk and variety-pathotype interactions at the regional scale by a bayesian approach. In Plant Resistance Sustainability International Conference (la Colle-Sur-Loup - France), October - 16-19 2012, pp. 70-71. Poster et abstract.
Keywords : Bayesian modeling, crop resistance durability, hierarchical model, landscape epidemiology, regionalization, population genetics, Puccinia triticina, wheat leaf rust. [ http ]

[1200] P. Y. Boelle, E. Vergu, A. J. Valleron, A. Flahault, and G. Thomas. Transmission potential of Chikungunya fever in a two-wave epidemic in Reunion Island. In 17th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases & 25th International Congress of Chemotherapy (Munich, Germany), vol. 29. Elsevier Science, 31 March-03 April 2007, p. S49. Abstract published in: International Journal of Antimicrobial Agents, 29(suppl. 2).

[1201] J.-B. Bohuon, M. BA, E. Chaix, R. Bossy, and C. Nédellec. Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities. In Galaxy Community Conference (Montpellier), juin 26-30 2017, p. 1 p. Poster.

[1202] J.-D. Boissonnat and A. Vigneron. An elementary algorithm for reporting intersections of red/blue curve segments. In Proc. 12th Canadian Conference on Computational Geometry, 2000, pp. 147-152.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1203] J.-P. Bordes, G. Philippeau, O. David, and H. Monod. La compétition sur pois : les problèmes rencontrés et situation actuelle. In Effets de compétition dans les essais variétaux de plein-champ (INRA-Paris, France), novembre 1997, pp. 49-58. Texte intégral.

[1204] P. Bose, P. Morin, and A. Vigneron. Packing two disks into a polygonal environment. In Proc. 7th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, vol. 2108 of Lecture Notes in Computer Science, 2001, pp. 142-149.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1205] R. Bossy, E. Chaix, L. Deleger, A. Ferré, M. BA, P. Bessieres, and C. Nédellec. Ontobiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. In Les journées Bioinformatique de l'Inra (Montpellier). INRA, mars -22 2016, p. 1. POSTER.

[1206] R. Bossy, J. Jourde, P. Bessières, M. Van de Guchte, and C. Nédellec. BioNLP shared tasks 2011 - bacteria biotope. In BioNLP workshop associ ACL (Portland, Etats-Unis), 2011. [ .pdf ]

[1207] R. Bossy, A. Kotoujansky, S. Aubin, and C. Nédellec. Close Integration of ML and NLP Tools in BioAlvis for Semantic Search in Bacteriology. In Proceedings of the Workshop on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (Edinburgh, United Kingdom), A. Burger, P. Paschke, A.and Romano, and A. E. Splendiani (eds.). on-line proceedings, 2008, pp. 1-15. [ http ]

[1208] R. Bossy, V. Loux, K. Bryson, P. Nicolas, P. Bessières, and J.-F. Gibrat. Agmial: a distributed genome annotation based on cooperative web services. In Journ Nies Ouvertes Biologie Informatique Math Nimatiques (JOBIM 2005) (Lyon, France), G. P. Nhre, A. G. Ninoche, and C. Geourjon (eds.), 2005, pp. 371-381.

[1209] J. Boulanger, A. Gidon, J. Salamero, J.-B. Sibarita, and C. Kervrann. Repetitive and transient event detection in fluorescence video-microscopy. In Proc. Focus on Microscopy (FOM'08) (Osaka-Awaji, Japan), April 2008.

[1210] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Approche statistique adaptative pour le filtrage de séquences d'images 3d de fluoroscopie. In Congrès Jeunes Chercheurs en Vision par Ordinateur (ORASIS'05) (Fournols, France), May 2005.

[1211] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. An adaptive statistical method for denoising 4d fluoresence image sequences with preservation of spatio-temporal discontinuities. In Proc. Int. Conf. on Image Processing (ICIP'05) (Genova, Italy), September 2005.

[1212] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. An adaptive statistical method for 4d-fluorescence image sequence denoising with spatio-temporal discontinuities preserving. In Proceedings of Imaging for Medical and Life Sciences (IMVIE2) (Ilkirch, France), March 2005.

[1213] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Adaptive spatio-temporal restoration for 4d fluoresence microscopic imaging. In Int. Conf. on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI'05) (Palm Springs, CA, USA), October 2005.

[1214] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Adaptive space-time patch-based method for image sequence restoration. In Proc. Int. Workshop on Statistical Methods in Multi-Image and Video Processing (SMVP'06) (Graz, Austria), May 2006, pp. 1-14.

[1215] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Estimation of dynamic background for fluorescence video-microscopy. In Proc. IEEE Int. Conf. on Image Processing (ICIP'06) (Atlanta, GA, USA), October 2006, pp. 2509-2512.

[1216] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Simulation and estimation of fluorescence in microscopy image sequence. In Proc. MICCAI'06 workshop on microscopique image analysis and application to biology (Copenhagen, Denmark), October 2006, pp. 18-26.

[1217] J. Boulanger, J.-B. Sibarita, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Non-parametric regression for patch-based fluorescence microscopy image sequence denoising. In Proc. IEEE Int. Symp. on Biomedical Imaging: from nano to macro (ISBI'08) (Paris, France), May 2008.

[1218] S. Bournais, L. Legrand, M. Ferro, D. Bouyssé, E. Com, M. Tardif, C. Bruley, J. Wang, C. Caron, A. Viari, and Y. Vandenbrouck. Protehome: A national web portal for the proteomics community. In Spétrométrie de Masse et Analyse Protéomique-SMAP (Dijon), sept.- 14-17 2009. Poster.
Mots-clés : intégration de données; analyse proteomique.

[1219] P.-Y. Boëlle, E. Vergu, A.-J. Valleron, A. Flahault, and G. Thomas. The reproductive ratio of chikungunya epidemic in la réunion. In Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (San Francisco, USA), September 2006. Abstract.

[1220] M. Brancourt-Hulmel, C. Lecomte, and J.-B. Denis. How to choose probe genotypes for the analysis of Genotype-Environment Interaction in winter wheat trials. In 6th International wheat conference (Budapest, Hungary), Z. Bedö (ed.), June 2000. Abstracts of oral and poster presentations, [T153].
Keywords : genotype environment interaction, winter wheat.
Mots-clés : interaction génotype milieu, blé d'hiver.

[1221] M. Brancourt-Hulmel, C. Lecomte, and J.-B. Denis. Choosing environmental covariates in the winter wheat analysis of genotype-environment interaction. In Proceedings of the Eucarpia (Biometric section) (Paris, France), A. Gallais (ed.). INRA-Editions, Versailles, August 30-31-September 1 2000 2001, pp. 279-280. Poster [T155].
Keywords : genotype environment interaction, winter wheat.
Mots-clés : interaction génotype milieu, blé d'hiver.

[1222] F. Brun, A. Bensadoun, D. Wallach, P. Debaeke, L. Champolivier, J. Palleau, and E. Mestries. Analyse d'incertitude du modèle SUNFLO sous RECORD: Approche bayésienne et R-VLE. In 2ème Journée d'animation de la plate-forme RECORD (Toulouse), janvier - 27 2012. Présentation Orale.

[1223] F. Brun, N. Keussayan, A. Bensadoun, J.-E. Bergez, B. Lacroix, P. Debaeker, L. champolivier, J.-P. Pallau, E. Mestries, and D. wallach. Analyse d’incertitude d’un modèle de culture : démarche et illustration sur deux cas d’étude. In 12th European Symposium on Statistical Methods for the Food Industry (Paris). Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l’Environnement, AgroParisTech, février - 29 au mars - 03 2012, pp. 201-210. Type de communication : Full paper.
Keywords : Uncertainty analysis, crop model, parameter estimation, residual variance, Bayesian method.

[1224] E. Brunel, C. Dervin, and C. Jacob. Etude de la répartition spatiale des diptères en parcelle bocagère en fonction du climat et du type de piège utilisé. In Actes du Colloque Informatique et Biosphère (Paris), 1980, pp. 245-265.

[1225] K. Bryson, M. Luck, M. Joy, D. Jones, P. Nicolas, P. Bessières, and J.-F. Gibrat. From GeneWeaver to Agmial. In Network Tools and Applications in Biology, 2002. Texte intégral.

[1226] A. Burgun, D. V. Oksen, W. Kuchinke, H.-U. Prokosch, T. Ganslandt, I. Buchan, T. van Staa, J. Cunningham, M. L. Gjerstorff, J. Dufour, J.-F. Gibrat, M. Nikolski, P. Verger, A. Cambon-Thomsen, C. Masella, and E. Lettieri. Linking health and administrative data for maternal, child and young adult health. In European Journal of Public Health, Congrès (Vienna, Austria), 2016, p. 157. Communication avec actes.

[1227] S. Calvez, C. Nguedia-Siekoula, P. Nicolas, and E. Duchaud. Les techniques MLST et PFGE pour l -f "i tude de flavobacterium psychrophilum sur isolats cliniques et non cliniques. In 4 -A h me. Journ i es de la Recherche Fili h res Piscicoles (Paris- FR), Juillet -02-04 2014. pr i sentation Orale.
Mots-clés : Flavobacterium psychrophilum ; MLST ; PFGE ; Clinique ; Environmental.

[1228] G. Camanes, A. Joly, R. Ben Romdhane, G. Beaunée, and P. Ezanno. Accounting for individual characteristics in modelling within-herd spread of bovine paratuberculosis and test-and-cull measures. In 13th International Colloquium on Paratuberculosis-ICP (Nantes -FR), juin 20-24 2016. Poster.

[1229] F. Canon, M. Mariadassou, H. Falentin, S. Parayre, M.-B. Maillard, M.-N. Madec, F. Valence-Bertel, V. Laroute, M.-L. Daveran Mingot, M. Bosquet, A. Thierry, and V. Gagnaire. Design of bacterial consortia for fermentation of novel food mixing milk and lupin flour. 2017.
Keywords : biodiversité bactérienne ; produit laitier ; lupin ; légumineuse ; aliment fermenté ; mixte lait-végétal ; système alimentaire durable ; consortia bactérien.

[1230] F. Carpentier, F. Laroche, C. Laredo, and S. Huet. Les modèles hiérarchiques spatiaux-temporels : une modélisation intégrée du processus à l’observation. In Conference Ecology (Montpellier), septembre -02-04 2010, p. 163.

[1231] F. Carpentier, F. Laroche, C. Larédo, and S. Huet. Estimation de la dynamique spatio-temporelle d'une métapopulation sur réseau-application au colza. In Conference Ecology 2010 (Montpellier), sepetmbre -02-07 2010, p. 1. communication orale.

[1232] F. Carpentier, F. Laroche, C. Larédo, and S. Huet. Analyse bayésienne hiérarchique sur la dynamique spatio-temporelle d'une metapopulation. applications aux populations féreales de colza. In J.D.S. (Garmath - Tunisie), mai -23-27 2011.

[1233] F. Carrat, E. Vergu, N. Ferguson, S. Cauchemez, S. Leach, and A.-J. Valleron. Time lines of infection and disease in human influenza. In Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (San Francisco, USA), September 2006. Abstract.

[1234] G. Castellan, F. Letué, and M.-L. Martin. Estimation of the Cox regression function via model selection. In 2e congrès international "Mathematical methods in reliability", Bordeaux (Bordeaux), 2000, pp. 257-260.

[1235] E. Chaix, S. Aubin, L. Deléger, and C. Nédellec. Text-mining needs of the food microbiology research community. In Retranscription de conférence- EFITA WCCA Congress (Montpellier - FR), juillet -02-06 2017, p. 12 p. Full paper.

[1236] E. Chaix, R. Bossy, and C. Nédellec. Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at arabidopsis thaliana. In BLAH4 symposium (Tokyo, Japon), 2018. Short paper.

[1237] E. Chaix, L. Deleger, R. Bossy, and C. Nédellec. Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food. In book of abstracts : Microbial Spoilers in Food (Quimper), juin 28-30 2017, p. 34. Présentation orale.

[1238] E. Chaix, S. Derozier, L. Deleger, H. Falentin, J.-B. Bohuon, M. Ba, R. Bossy, D. Sicard, and C. Loux, V. ; Nédellec. FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies. In JOBIM 2018 (Marseille - FR). JOBIM éditions, Juillet 2018, p. 563. Poster.

[1239] E. Chaix, B. Dubreucq, A. Fatihi, D. Valsamou, R. Bossy, M. BA, L. Deleger, P. Zweigenbaum, P. Bessieres, L. Lepiniec, and C. Nédellec. Overview of the regulatory network of plant seed development (seedev) task at the BioNLP shared task 2016. In Proceedings of the 4th BioNLP Shared Task Workshop - BioNLP Shared Task (Berlin - Allemagne), août-13 2016, pp. 12-22. Communication avec actes - Full paper.

[1240] E. Chaix, B. Dubreucq, D. Valsamou, A. Fatihi, R. Bossy, L. Deleger, P. Zweigenbaum, P. Bessieres, L. Lepiniec, and C. Nédellec. Knowledge model of regulatory networks involved in arabidopsis seed development for information extraction and integration from text. In BioCreative 5 (Madrid- ES), septembre-09-11 2015, p. online. abstract et poster.

[1241] E. Chaix, B. Dubreucq, D. Valsamou, A. Fatihi, L. Deleger, R. Bossy, P. Zweigenbaum, P. Bessieres, L. Lepiniec, and C. Nédellec. Shared Task Seedev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques. In Les journées Bioinformatique de l'Inra (Montpellier). INRA, mars-22 2016, p. 1. POSTER.

[1242] W. Chandra, H. B. Nembhard, and E. Vergu. The analogues and changepoint methods for poisson data. In INFORMS Annual Meetings : Seattle 2007- abstracts (Seattle, USA), 2007. Abstract.

[1243] S.-W. Cheng, H.-S. Na, A. Vigneron, and Y. Wang. Approximate shortest paths in anisotropic regions. In Proc. 18th annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, 2007, pp. 766-774.
Mots-clés : geometrie algorithmique, algorithmes d'approximation.

[1244] S.-W. Cheng, H.-S. Na, A. Vigneron, and Y. Wang. Querying approximate shortest paths in anisotropic regions. In Proc. 23rd ACM Symposium on Computational Geometry, 2007, pp. 84-91.
Mots-clés : geometrie algorithmique, algorithmes d'approximation, structures de donnees.

[1245] S.-W. Cheng and A. Vigneron. Motorcycle graphs and straight skeletons. In Proc. 13th ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, 2002, pp. 156-165.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1246] O. Cheong, C.-S. Shin, and A. Vigneron. Computing farthest neighbors on a convex polytope. In Proc. 7th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, vol. 2108 of Lecture Notes in Computer Science, 2001, pp. 159-169.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1247] A. Chessel, J. Boulanger, S. Gasfou-Uzan, J. Salamero, J.-B. Sibarita, and C. Kervrann. Processing fluorescence video microscopy by 1D temporal signal analysis. In European Light Microscopy Initiative meeting (ELMI'08) (Davos, Switzerland), May 2008.

[1248] A. Chessel, B. Cinquin, S. Bardin, J. Salamero, and C. Kervrann. Computational geometry-based scale-space and modal image decomposition: application to light video-microscopy imaging. In Conf. on Scale Space and Variational Methods (SSVM'09) (Voss, Norway), June 2009, pp. 770-781.

[1249] A. Chessel, R. Fablet, F. Cao, and C. Kervrann. Orientation interpolation and applications. In Proc. IEEE Int. Conf. on Image Processing (ICIP'06) (Atlanta, GA, USA), October 2006, pp. 1561-1564.

[1250] A. Chessel, R. Fablet, C. Kervrann, and F. Cao. Détection a contrario multi-modale de structures curvilinéaires. In Congrès Francophone de Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle (RFIA'08) (Amiens), January 2008, pp. 1-8.

[1251] A. Chessel, R. Fablet, C. Kervrann, and F. Cao. Otolith image analysis by computer vision: extracting growth rings and recovering shape evolution of accretionnary structures. In Proc. Int. Conf. on Bio-inspired Systems and Signal Processing (BIOSIGNALS'08) (Funchal, Portugal), January 2008.

[1252] C. Chettaoui, S. Degrelle, A. Trubuil, and I. Hue. Towards the modelling of conceptus morphogenesis in ruminants. In Workshop :Modeling in Cell and Developmental Biology (Paris), décembre -01 2015, p. 1. Poster.

[1253] A. M. Chèvre, K. Adamczyk, F. Eber, V. Huteau, O. Coriton, J.-C. Letanneur, C. Larédo, H. Monod, J. Monteil, S. Delaunay, C. Falentin, X. Pinochet, and E. Jenczewski. Assessment of interspecific gene flows from oilseed rape to wild relatives. In 15th Crucifer Genetic Workshop, Brassica 2006 (Wageningen, Germany). University of Wageningen, 30 Sep.-4 Oct. 2006. Invited paper.

[1254] H. Chiapello, F. Bourgait, I.and Sourivong, A. Jacquemard, M.-A. Petit, and M. El Karoui. Mosaic: an online database for systematic determination of the mosaic structure of bacterial genomes. In Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) (Lyon, France), G. P. Nhre, A. G. Ninoche, and C. Geourjon (eds.), 2005, pp. 15-23.

[1255] H. Chiapello. Evolution et co-évolution des petits arns régulateurs et des gènes codants chez les bactéries. In ANSES, Séminaire DEBUG (Toulouse, France), juin 2018. Présentation orale - conférence invitée.

[1256] R. Christon, H. Lionet, B. Racon, G. Seminadin, L. Gaudru, B. Schaeffer, and P. Cerneau. Effet d'une incorporation de lipides dans le régime de la truie en lactation, sur son niveau d'ingestion, ses performances et celles de sa portée. In 30èmes Journées de la Recherche Porcine en France, vol. 30. ITP, 1998, pp. 265-273.

[1257] A. M. Chèvre, K. Adamczyk, F. Eber, V. Huteau, O. Coriton, J. C. Letanneur, C. Larédo, H. Monod, J. Monteil, S. Delaunay, C. Falentin, X. Pinochet, and E. Jenczewski. Assessment of interspecific gene flow from oilseed rape to wild relatives. In 15th Crucifer Genetics Workshop : Brassica (Wageningen, Pays-Bas), 2006.

[1258] A. M. Chèvre, E. Jenczewski, F. Eber, S. Delaunay, J. Monteil, C. Falentin, V. Huteau, O. Coriton, K. Adamczyk, C. Larédo, H. Monod, E. Klein, C. Lavigne, J. Lecomte, and X. Pinochet. Analyse des flux de gènes in natura et de leur contrôle in planta dans le cadre du modèle colza-ravenelle. In Premier séminaire de restitution du Programme ANR-OGM (Paris), décembre 2006, pp. 71-72.
Mots-clés : flux de gènes, colza, ravenelle.

[1259] B. Cloez, R. Dessalles, A. Genadot, F. Malrieu, A. Marguet, and R. Yvinec. Probalistic and piecewise deterministic models in biology. In Book of abstracts : Journées MAS 2016. Phénomènes complexes et hétérogènes, août 29-31 2017, pp. 1-19. Short paper - Communication avec actes.

[1260] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Développement d'un outil d'aide à la décision pour la gestion intégrée des adventices. In Experimentarium -Exper.- des jeunes chercheurs à la recontre du grand public (Bibliothèque de Fontaine d'Ouche- Dijon- Fr). EA-GESTAD-DOCT-INRA, novembre - 5 2016.

[1261] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Developpement d'un outil d'aide à la décision pour la gestion intégrée des adventices. In Experimentarium - des jeunes chercheurs à la recontre du grand public (Ferme des Gêtes - Villers-sur-Port (70)). EA-GESTAD-DOCT-INRA, mai 1er. 2016. Présentation orale.

[1262] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Experimentarium2 -developpement d'un outil d'aide à la décision pour la gestion intégrée des adventices. In Experimentarium - des jeunes chercheurs à la recontre d'élèves de la primaire au lycée (Lycée de Sémur-en-Auxois- Fr). EA-GESTAD-DOCT-INRA, mars 2016.

[1263] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Festival des expérimentariums - de jeunes chercheurs à la rencontre du grand public- développement d’un outil d’aide à la décision pour la gestion intégrée des adventices. In Rencontres: Expérimentarium (Lycée et Maison Natale de Pasteur - Dole (25) - FR). EA-GESTAD-DOCT-INRA, mai 20-22 2016. débat public.

[1264] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Meta-modeling light interception in crop : weed canopies. In Book of abstracts - 14th. ESA Congress ESA14 (Edinburgh -Royaume Uni), september 05-09 2016, pp. 44-45. Short paper.

[1265] F. Colas, J.-P. Gauchi, J. Villerd, and N. Colbach. Méta-modélisation de l’interception de la lumière dans un couvert cultures: adventices. In Book of abstracts of Séminaire de Restitution à mi-parcours du Projet de Recherche ANR CoSAC (Paris - FR), 31 janvier- 02 février 2017, pp. 46-47. Short paper.

[1266] F.-C. Coleno, F. Angevin, and K. Adamczyk. Modelling farmer's choice to evaluate gm and non-gm coexistence strategies. In Third international conference on Coexistence between genetically modified GM and non-GM based agricultural supply chains (Séville, Espagne). Institute for Prospective Technological Studies,, 20-21 novembre 2007, pp. 141-144. Third International Conference GMCC.
Keywords : GMO, Supplu, Chaims, Landscape.

[1267] J. Compain, J. Renaud, S. Nandy, O. Collin, J.-F. Gibrat, V. Loux, V. Martin, and S. Schbath. Mapdecode : inventory and benchmark of read mapping tools. In ECCB-14 : European conference on Computational Biology (Paris, France), 2014, p. 1. Poster.

[1268] P. Coupé, P. Hellier, C. Kervrann, and C. Barillot. Bayesian non-local means-based speckle filtering. In Proc. IEEE Int. Symp. on Biomedical Imaging: from nano to macro (ISBI'08) (Paris, France), May 2008.

[1269] A. Courcoul, L. Hogerwerf, D. Klinkenberg, M. Nielen, E. Vergu, and F. Beaudeau. Assessment by modeling of the effectiveness of vaccination against q fever in dairy cattle. In 1st International One Health Congress Abstracts Plenary Abstracts (Melbourne (AUS)), février 14-16 2011. communication orale.
Keywords : Stochastic model, Epidemiology.

[1270] A. Courcoul, L. Matthews, E. Vergu, J.-B. Denis, C. Sillero-Zubiri, and D. Haydon. The spread of rabies in Ethiopian wolves: from field data to transmission parameters. In ISVEE - Book of Abstracts 2012 (Maastricht-Pays-bas). Wageningen Academic, août -20-24 2012, p. 133. poster.

[1271] A. Courcoul, E. Vergu, J.-B. Denis, and F. Beaudeau. Q fever: a Bayesian approach for a dynamic epidemiological model applied to observations on several herds. In Proceedings of the 12th symposium of the International Society for Veterinary Epidemiology and Economics, Durban, South Africa, August, 10-14 2009, p. 167. Oral Communication, [T223].
Keywords : Bayesian approach, Q fever.
Mots-clés : approche bayésienne, fièvre Q.

[1272] A. Courcoul, E. Vergu, J.-B. Denis, and F. Beaudeau. Spread of Q fever within dairy cattle herd: key parameters inferred using a Bayesian approach. In Abstract Book. Epidemics 2. Second international conference on infectious disease dynamics. Elsevier, 2010. Proceedings of Epidemics2 distributed to the participants Poster 2.18, [T222].
Keywords : Bayesian approach, Q fever.
Mots-clés : approche bayesienne, fièvre Q.

[1273] A. Courcoul, E. Vergu, L. Hogerwerf, D. Klinkenberg, M. Nielen, H. Monod, and F. Beaudeau. Key shedding features of coxiella burnetii in cattle and implications for within-herd control. In Abstracts of the Annual Conference of the Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM) (Leipzig (DEU)). Annual Conference of the Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mars 23-25 2011, pp. 102-110. Communication orale.
Mots-clés : Betail, Controle de l'infection, Impact economique, Risque zoonotique, Dynamique de l'infection, Modélisation, Efficacité, Vaccination.

[1274] L. Couton, S. Anton, K. Kiêu, and J. Rospars. Computational neuroanatomy of insect antennal lobes: Tools and applications. In Proceedings of the 17th Annual Meeting ECRO (Granada - ESP), vol. 31 of Chemical Senses, September - 04-08 2006, pp. E45-E46.

[1275] P. Crepey, E. Savidan, C. Chevat, F. Alvarez, R. Grais, V. E., A. Flahault, and V. Nguyen. Modelling the population benefits of the pediatric influenza vaccination strategies. In nternational Conference On options for the control of influenza VI (Toronto - CAN), June - 17-23 2007. communication orale.

[1276] S. Cronier, J. Carimalo, B. Schaeffer, M.-C. Miquel, H. Laude, and J.-M. Peyrin. Endogenous PrP conversion is required for prion-induced neuritic alterations and neuronal death. In Prion (Chalkidiki, Greece), Sept. 2009. Abstract.
Keywords : prion, astrocytes, neuronal PrPC.

[1277] J. C. Cuber, J. C. Laplace, F. Levenez, C. Larédo, and J. A. Chayvialle. Migastrin myoelectric complexes and plasma pancratic, somatostatin and gastrin in the pig. In Ve international symposium on gastrointestinal hormons (Houston, USA), 1984.

[1278] E. Cummins, L. Paisley, A. de Koeijer, T. Hagenaars, D. Murray, F. Guarnieri, A. Adkin, and C. Jacob. European perspective on BSE risk assessment. In Proceedings of 35th research conference on Food, Nutrition and Consumer Sciences (Cork, Irlande). University College, 1-2 September 2005, p. 62.

[1279] O. David, S. André, F. Kfoury, and P. Garrec. Cobomanip : A new generation of intelligent assist device. In 45th International Symposium on Robotics and Robotik (ISR 2014 (Munich - Allemagne), juin-02-04 2014.

[1280] O. David, A. Garnier, C. Larédo, and J. Lecomte. Estimation of plant demographic parameters using population sizes. In Modélisation stochastique en dynamique de population (Luminy, France), 10 au 13 avril 2007.

[1281] O. David, A. Garnier, J. Lecomte, and C. Larédo. Modélisation et statistiques de la dynamique des populations de colza hors champ à l'aide de processus de branchements multitypes. In Journées de la SFDS (Université de Pau, France). SFDS, Mai 8-11 2005. Abstract.

[1282] O. David, C. Larédo, A. Garnier, and J. Lecomte. Modélisation et statistiques de la dynamique des populations de colza hors champ à l'aide de processus de branchements multitypes. In XXXVIIèmes Journées de Statistique (Pau). Société française de Statistique, 6-10 juin 2005. Résumé (communication orale).
Keywords : oilseed rape, risk assessement, populations dynamics, stage-structured populations, multitype branching processes, statistical inference.
Mots-clés : colza, evaluation des risques, dynamique de populations, populations structurées en stades, processus de branchements multitypes, estimation. [ .pdf ]

[1283] O. David, C. Larédo, A. Garnier, and J. Lecomte. Modélisation et statistiques de la dynamique des populations de colza hors champ à l'aide de processus de branchements multitypes. In XXXVIIèmes Journées de Statistique (Pau). Société française de Statistique, 6-10 juin 2005. Résumé (communication orale).
Keywords : oilseed rape, risk assessement, populations dynamics, stage-structured populations, multitype branching processes, statistical inference.
Mots-clés : colza, evaluation des risques, dynamique de populations, populations structurées en stades, processus de branchements multitypes, estimation. [ .pdf ]

[1284] O. David. Dynamique adaptative pour les métapopulations hétérogènes. In Réseau M3d (École de printemps, Oléron), mai -7-11 2012. résumé. [ http ]

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[1286] M. Daydé, B. Depardon, A. Franc, J.-F. Gibrat, R. Guillier, Y. Karami, C. Pérez, F. Suter, M. Chabbert, B. Taddese, and S. Thérond. E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics. In International Conference on Computer Science and Information Technologies (Yerevan - Arménie), 28 septembre -02 octobre 2015, p. 1. Identifiant HAL: hal-01207320.

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[1288] M. De Paepe, E. Dugat-Bony, J. Hamelin, M. Mariadassou, K. Milferstedt, M. A. Petit, S. Schbath, and S. Chaillou. Accessing virus genomes out of metagenomic data: improving statistical and bioinformatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems. In Phages On Marseille (Marseille -FR), novembre 21-22 2016, p. 1. POSTER.

[1289] A. De Paula Reis, M. Belghiti, B. Marquant Le Guienne, L. Laffont, S. Ruffini, E. Canon, P. Adenot, V. Le Brusq, M. Duranthon, and A. Trubuil. Identification and mathematical prediction of different morphokinetic profiles of in vitro developed bovine embryos. In Proceedings of the 34rd Meeting of the Association of Embryo Transfer in Europe (AETE) (Nantes, FR). AET, septembre 2018. Présentation Orale.

[1290] A. De Paula Reis, M. Belghiti, B. Marquant Le Guienne, L. Laffont, S. Ruffini, E. Canon, P. Adenot, V. Duranthon, and A. Trubuil. Mise en place d’un outil prédictif de la qualité embryonnaire grâce à des paramètres morphocinétiques. In Journées d'Animation Scientifique (Rennes- FR). INRA Book of abstrats, avril 2018. Présentation Orale.

[1291] A. De Paula Reis, A. Trubuil, A. Jouneau, E. Canon, L. Laffont, S. Ruffini, P. Adenot, B. Le Guienne, C. Richard, and V. Duranthon. Morphokinetic and transcriptomic characterisation of bovine embryos: towards an improvment of the use of embryos for population recovery. In Séminaire international CRB Anim (Paris - FR), mai 2017, p. 1. Poster.

[1292] L. Deleger, R. Bossy, E. Chaix, M. Ba, A. Ferré, P. Bessieres, and C. Nédellec. Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task. In Proceedings of the 4th BioNLP Shared Task Workshop (Berlin - Allemagne), août - 13 2016, pp. 12-22. Full paper.

[1293] M.-L. Delignette-Müller, R. Pouillot, and J.-B. Denis. Fitting parametric distributions using r: the fitdisplus package. In The 5th R useR conference, F. Husson (ed.). AgroCampusOuest, 2009, p. 47.
Keywords : fitting, distribution.
Mots-clés : ajustement, distribution.

[1294] Y. Demchenko, C. Blanchet, C. Loomis, R. Branchat, M. Slawik, B. Zilci, M. Bedri, J.-F. Gibrat, O. Lodygensky, M. Zivkovic, and C. Laat. CYCLONE: A platform for data intensive scientific applications in heterogeneous multi-cloud/multi-provider environment. In Proceedings of : IEEE International Conference on Cloud Engineering Workshop-IC2EW. Ieee Xplore, avril 2016, pp. 154-159. Communication avec actes -Short paper.
Keywords : CYCLONE cloud automation platform for scientific application ; SlipStream Cloud Management platform ; Data intensive scientific applications requirements; Federated Cloud Infrastructure ; Intercloud Architecture Framework -ICAF. [ DOI ]

[1295] J. Demongeot and C. Jacob. Confiners, a stochastic approach of the attractors. aout 1988. Conférence invitée - Workshop on stochastic modelling in biology.

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[1297] J.-B. Denis, I. Albert, E. Grenier, and J. Rousseau. Appréciation des risques de campylobactériose en France au travers de la consommation de poulet : modélisation par réseau bayésien et intégration des données par approche bayésienne. In Actes des 9èmes journées Agro-Industrie et Méthodes Statistiques (Faculté de Pharmacie, Montpellier), 25-27 janvier 2006, pp. 183-195. Conférence invitée, [T194].
Keywords : quantitative risk assessment, Bayesian.
Mots-clés : appréciation quantitative des risques, bayésien.

[1298] J.-B. Denis and I. Albert. REBASTABA : paquet R pour la manipulation de réseaux bayésiens en vue d'une statistique bayésienne. In Actes des 4èmes Journées Francophones sur les Réseaux bayésiens (JFRB) (Lyon, France), 29-30 mai 2008, pp. 144-154. [T207].
Keywords : Bayesian networks, Bayesian inference, R package.
Mots-clés : Réseaux bayésiens, Inférence bayésienne, Paquet R.

[1299] J.-B. Denis, M.-L. Delignette-Müller, and R. Pouillot. Rebastaba: handling Bayesian networks with r. In The 5th R useR conference, F. Husson (ed.). AgroCampusOuest, 2009, p. 48.
Keywords : Bayesian network.
Mots-clés : Réseau bayésien.

[1300] J.-B. Denis and T. Dhorne. Orthogonal tensor decomposition of 3-way tables. In Multiway data analysis, R. Coppi and S. Bolasco (eds.). CRC press, 1989, pp. 31-37. [T006].
Keywords : three way table.
Mots-clés : table à trois entrées.

[1301] J.-B. Denis, G. Ermel, and M. Federighi. Modélisation et estimation de la prévalence de Campylobacter jejuni chez le poulet standard avant et après abattage. In Actes du VIème Congrès National de la Société Française de Microbiologie, H. Monteil (ed.), 10-12 mai 2004, p. 175. Poster, [T186].
Keywords : prevalence, campylobacter, broiler, food risk assessment.
Mots-clés : prévalence, campylobacter, poulet, appréciation des risques alimentaires.

[1302] J.-B. Denis, E. Grenier, and I. Albert. Towards a global and Bayesian approach to perform quantitative risk assessements in food. The case of Campylobacter jejuni in chicken products. In Proceedings of the XVIth European Symposium on the Quality of Poultry Meat (Saint-Brieuc), 23-26 September 2003, pp. 175-179. [T179].
Keywords : Bayesian, food risk assessment.
Mots-clés : bayésien appréciation des risques alimentaires.

[1303] J.-B. Denis. Changement de point de vue : de l'interprétation de données à la modélisation stochastique grâce aux approches bayésiennes. In 41èmes Journées de la Statistique (Université Victor Segalen Bordeaux 2). SFdS, 25-29 mai 2009, p. 7pp.
Keywords : Bayesian, Modelling.
Mots-clés : Bayésien, Modélisation. [ http ]

[1304] S. Derozier, M. V., J.-M. Chantel, R. Rao, V. Loux, and G. André-Leroux. MetaFoldScan: a pipeline to scan metagenomes and identify structural homologs using HMM. In JOBIM 2018 (Marseille - FR). JOBIM éditions, Juillet 2018, p. 470. Poster.

[1305] C. Dervin and C. Jacob. Application d'une méthode de classification (k-means) à la répartition spatiale de pucerons dans une parcelle bocagère. In Statistique et Analyse des données-Journées de Classification, Vannes, vol. 2. CNRS, mai 1977, p. 42. Résumé.

[1306] F. Deslanges, B. Laroche, and A. Trubuil. Fusion detection in time-lapse microscopy images: application to lipid droplets coalescence in plant seeds. In 6th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering (Magdeburg - ALL), octobre - 09-12 2016, pp. 239-244.

[1307] M.-H. Desmonts, D. Sohier, S. Christieans, F. Dupond, G. Ermel, J.-B. Denis, P. Fravalo, S. Rouxel, and K. Rivoal. Impact of chilling process at slaughterhouse and storage conditions on the survival of campylobacter in turkey and poultry meat. In 14th International Workshop CHRO, Rotterdam, NL, September, 2-5 2007. Poster.
Keywords : campylobacter, poultry.
Mots-clés : campylobacter, volaille.

[1308] M.-H. Desmonts, D. Sohier, S. Christieans, F. Dupond, G. Ermel, J.-B. Denis, P. Fravalo, S. Rouxel, and K. Rivoal. Impact des technologies de conservation des volailles sur la survie et l'adaptation de campylobacter. In 7ème Congrès national de la Société Française de Microbiologie, 30 mai au 1er juin 2007. Poster.
Keywords : campylobacter, poultry.
Mots-clés : campylobacter, volaille.

[1309] M.-H. Desmonts, D. Sohier, S. Christieans, F. Dupond, G. Ermel, J.-B. Denis, and K. Rivoal. Persistence and survival of campylobacter in turkey and poultry meat after chilling process at slaughterhouse and after refrigerated or frozen storage. In Food Micro 2008 (Aberdeen, Scotland), 1 to 4 September 2008. Poster.
Keywords : campylobacter, poultry.
Mots-clés : campylobacter, volaille.

[1310] A. Deville, H. Monod, and J. Lecomte. Are rapeseed feral populations adapted to their environment? In Proceedings of the 1st European Conference on the Co-existence of Genetically Modified Crops with Conventional and Organic Crops (GMCC-03) (Slagelse, Danmark), B. Boelt (ed.). Danish Institute of Agricultural Sciences, Flakkebjerg, 13-14 novembre 2003, p. 208.

[1311] M. Dinh, A. Korniienko, and G. Scorletti. Convex hierarchical analysis for the performances of uncertain large-scale systems. In IEEE Conference on decision and control (Los Angeles -Etats-Unis), d i cembre- 15-17 2014. presentation Orale.
Mots-clés : hierarchical systems ; large-scale systems ; uncertain systems ; convex hierarchical analysis ; robust performance ; robustness.

[1312] J.-L. Drouet, F. Laurent, P. Durand, G. Billen, P. Cellier, O. Maury, S. Potok, P. Faverdin, C. Flechard, J. Garnier, A. Guy, C. Hénault, C. Mignolet, H. Monod, A. Probst, D. Sorin, G. Tallec, M. Beekmann, E. Ceschia, C. Le Gall, T. Morel, G. Quesnel, E. Ramat, and B. Zeller. Escapade to quantify nitrogen losses in territories and assess mitigation strategies. In 18th. Nitrogen Wokshop, The nitrogen challenge": building a blueprint for nitrogen use efficiency and foof security (Lisbon - PORTUGAL), 30 juin -03 juillet 2014, pp. 411-412. poster extended abstract. [ http ]

[1313] J.-L. Drouet, F. Laurent, P. Durand, G. Billen, P. Cellier, O. Maury, S. Potok, P. Faverdin, C. Flechard, J. Garnier, A. Guy, C. Hénault, C. Mignolet, H. Monod, A. Probst, S. Sorin, G. Tallec, M. Beekmann, E. Ceschia, C. le Gall, T. Morel, G. Quesnel, and E. Ramat. ESCAPADE to quantify nitrogen losses in territories and assess mitigation and adaptation strategies. In Proceedings of the 8th International Congress on Environmental Modelling and Software, International Environmental Modelling and Software Society (iEMSs) (Toulouse - FR), novembre 07-11 2016, p. 1. Abstract.

[1314] B. Dubreucq, D. Valsamou, A. Fatihi, E. Chaix, R. Bossy, P. Bessieres, L. Deleger, P. Zweigenbaum, C. Nédellec, and L. Lepiniec. Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in arabidopsis seed development. In 26th International Conference on Arabidopsis Research (Paris -FR), juillet -05-19 2015. Poster.

[1315] E. Dugat-Bony, P. De Barbeyrac, M. Mariadassou, C. Callon, P. Bonnarme, F. Irlinger, C. Chassard, and C. Delbes. FORTRESS : Impact of microbial diversity on the barrier effect against an exogenous species. In Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM - Métaomiques et écosystèmes microbiens (Paris), Janvier -18-20 2017. Communication sans actes.

[1316] J. Dumazert, J.-Y. Stephan, M.-A. Petit, and S. Schbath. Assessing the enrichment significance of a possition weight matrix (PWM) along a DNA sequence. In Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) (Toulouse, France), C. Gaspin and e. Lindley, N. (eds.), 2013, pp. 25-34. Selected long paper.

[1317] J. Dumazert, J.-Y. Stephan, M.-A. Petit, and S. Schbath. Assessing the enrichment significance of a possition weight matrix (PWM) along a DNA sequence. In International Workshop on Applied Probability (Antalya -Tourquie), 2014, p. 35 P. Pr -A i sentation Orale.

[1318] D. Dupont, F. Barbe, S. Le Feunteun, O. Ménard, Y. Le Gouar, A. Deglaire, J. Floury, D. Remond, and B. Laroche. Structuring food for improving nutrient bioavailability: the case of dairy gels. In book of abstracts of 29. EFFoST International Conference (Athène - Grèce), novembre - 10-12 2015. abstract.

[1319] D. Dupont, F. Barbe, S. Le Feunteun, O. Ménard, Y. Le Gouar, A. Deglaire, J. Floury, D. Remond, and B. Laroche. Structuring food for improving nutrient bioavailability: the case of dairy gels. In book of abstracts of Annual Meeting ADSA-ASAS (Orlando - USA), juillet 12-16 2015. abstract.

[1320] D. Dupont, F. Barbe, S. Le Feunteun, O. Ménard, Y. Le Gouar, A. Deglaire, J. Floury, D. Remond, and B. Laroche. Structuring food matrices for improving nutrient bioavailability. In 3. ISOFAR Scientific Conference at the 17. IFOAM Organic World Congress (Paris - FR), Juillet 14-17 2015. Présentation orale.

[1321] D. Dupont, O. Ménard, S. Le Feunteun, B. Laroche, and D. Rémond. La structure des matrices laitières module les cinétiques d'hydrolyse des protéines et la biodisponibilité des acides aminés. In Innovations Agronomiques (Rennes), vol. 36, 2014, pp. 1-26. Carrefours de l’Innovations Agronomique CIAg : Comprendre et utiliser la structure des aliments pour améliorer leurs qualités nutritionnelles et sensorielles.

[1322] V. Duranthon, R. Leandri, C. Archilla, C. Vignal, C. Cabau, N. Peynot, N. Daniel, P. Chesné, N. Beaujean, P. Chavatte-Palmer, and J.-P. Renard. Rabbit as a model for embryo development. In International Meeting on Rabbit Biotechnology (Jouy en Josas, France), 2007, p. 1 p. Conférence invitée.

[1323] B. L. Dutta, P. Ezanno, and V. Elisabeta. Impact of cattle movement restrictions in the light of bluetongue in france. In Epidemics on Networks (Girone - Espagne), 5 - 6 septembre 2012, pp. 42-46. poster.

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Mots-clés : modèle de fragilité, algorithme EM stochastique.

[1325] M. Ellouze, J.-P. Gauchi, and J.-C. Augustin. Sensitivity analysis applied to a "Listeria Monocytogenes" exposure assessment model. In 6th International Conference on Predictive Modelling in Foods (Washington, USA), Sept. 2009.

[1326] F. Escudie, L. Auer, M. Bernard, L. Cauquil, K. Vidal, S. Maman, M. Mariadassou, G. Hernandez Raquet, and G. Pascal. FROGS: Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution - analyse statistique de données multisites de floraison pour le cerisier doux. In Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM) (Anglet- France), novembre 04-06 2015.

[1327] P. Ezanno, G. Beaunée, B. Dutta, P. Pandit, L. Qi, T. Hoch, F. Beaudeau, and E. Vergu. Spread and control of enzootic cattle diseases: a data-driven multiscale modelling framework to prioritize complex regional strategies. In 5. International Conference on Infectious Disease Dynamics (Epidemics) ; (Florida - USA), decembre 01-04 2015. Présentation orale.

[1328] P. Ezanno, G. Beaunée, L. Qi, S. Arnoux, and E. Vergu. Spread and control of enzootic cattle diseases: a data-driven multiscale modelling framework to prioritize complex regional strategies. In 10th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB) (Nottingham- RU), JUILLET 11-15 2016. Présentation orale.

[1329] P. Ezanno, G. Beaunée, and E. Vergu. Spread and control of johne s disease in an enzootic cattle region: a multi-scale model to evaluate complex strategies combining biosecurity and trade regulations. In 14. International Symposium on Veterinary Epidemiology and Economics (ISVEE) (Mérida-Yacatan - Mexique), novembre -03-07 2015, p. 51. ident.prodinra:334429.

[1330] P. Ezanno, E. Vergu, F. Beaudeau, S. Touzeau, and C. Belloc. Intégration et changement d’échelle : quels enjeux en santé animale ? In Colloque Nouveaux défis de Modélisation pour l'Agro-écologie (Paris-FR), février-04-06 2014. Présentation orale - conf.Invitée.

[1331] H. Falentin, E. Chaix, S. Derozier, M. Weber, S. Buchin, B. Dridi, S.-M. Deutsch, , F. Valence-Bertel, S. Casaregola, P. Renault, M.-C. Champomier-Verges, A. Thierry, M. Zagorec, F. Irlinger, C. Delbes, S. Aubin, P. Bessières, V. Loux, R. Bossy, J. Dibie, D. Sicard, and C. Nédellec. Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest. In 4. International Conference on Microbial Diversity 2017 (Bari (Italie), octobre 24-26 2017, p. 1. POSTER.

[1332] H. Falentin, C. Nédellec, E. Chaix, B. Dridi, P. Bessieres, S. Buchin, S.-M. Deutsch, M. Weber, R. Bossy, S. Derozier, B. Perret, S. Aubin, L. Deleger, J. Dibie, C. Delbes, F. Irlinger, F. Valence-Bertel, S. Casaregola, A. Thierry, M. Zagorec, M.-C. Champomier-Verges, M. Ba, A. Ferré, P. Renaux, V. Loux, and D. Sicard. Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest. In Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens (Paris -FR), janvier- 18-20 2017, p. 1. POSTER.

[1333] J. Ferrer Savall, P. Barbillon, C. Benhamou, P. Durand, M.-L. Taupin, H. Monod, and J.-L. Drouet. Spatial and dynamic sensitivity analysis of a biophysical model of nitrogen transfers and transformations at the landscape scale. In Proceedings of the 8th International Congress on Environmental Modelling and Software (iEMSs2016). iEMSs, International Environmental Modelling and Software Society , Toulouse, France., novembre -07-11 2016, pp. 1-9. Présentation orale.

[1334] A. Ferré, P. Zweigenbaum, and C. Nédellec. Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task. aout - 04 2017, pp. 99-106. Full paper.

[1335] A. Flahault, E. Vergu, L. Coudeville, and R. F. Grais. Model suggests millions could die from flu. In Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Washington, USA), 16-19 December 2005. Abstract.

[1336] G. Flandin, M. Dinh, G. Scorletti, C. Fromion, V.and Beugnon, J. Lemaire, M.-M. Ganet, C. Bérard-Chiappa, and S. Biannic, J.-M.and Bennani. LPV techniques applied to industrial space applications. In Proc. Internatinal ESA Conference on Guidance, Navigation & Control Systems, 2008.

[1337] V. Foucteau and J.-B. Denis. Statistical analysis of successive series of experiments in plant breeding: a Bayesian approach. In Proceedings of the Eucarpia (Biometric section) (Paris, France), A. Gallais (ed.), no. 96 in Les Colloques. INRA-Editions, Versailles, August 30-31-September 1 2000 2001, pp. 49-56. [T154].
Keywords : series of experiments, Bayesian.
Mots-clés : réseau expérimental, bayésien.

[1338] H. Fournier and A. Vigneron. Lower bounds for geometric diameter problems. In Proc. 7th Latin American Symposium on Theoretical Informatics, vol. 3887 of Lecture Notes in Computer Science, 2006, pp. 467-478.
Mots-clés : geometrie algorithmique, borne inferieure.

[1339] H. Fournier and A. Vigneron. Fitting a step function to a point set. In Proc. 16th European Symposium on Algorithms, vol. 5193 of Lecture Notes in Computer Science, 2008, pp. 442-453.
Mots-clés : geometrie algorithmique.

[1340] V. D. Francesco, P. McQueen, J. Garnier, and P. Munson. Incorporating global information into secondary structure prediction with hidden markov models of protein folds. In Proc. 4th Int. Conf. Intel. Sys. Mol. Biol Halkidiki, Grece, 1997, pp. 100-103.

[1341] M.-L. Franchinard, F. Sapet, S. Derozier, F. Samson, V. Loux, and J.-F. Gibrat. The multiple-genomes browser of the ifb cloud. In Journées SUCCES 2015 (Paris -FR), novembre-11 2015, p. 1. Poster.

[1342] M.-L. Franchinard, F. Sapet, S. Derozier, F. Samson, and J.-F. Gibrat. View and synchronize several genotypes with igv. In JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (Clermont Ferrand- FR), juillet - 06-09 2015, p. 1.

[1343] V. Fromion and G. Scorletti. Connecting incremental Lyapunov stability with the linearizations Lyapunov stability. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control (Seville, Spain). publisher??, 2005, p. pages??

[1344] A. Frouin, E. Le Flocch, and C. Ambroise. Quantify genomic heritability through a prediction measure. In Human Heredity : book of meetings abstracts of 46th European Mathematical Genetics Meeting (EMGM) (Caglianri, Italie), vol. 83. anger - basel - Switzerland, Basel (Suisse), 2018, pp. 7-8. doi:10.1159/000488519 - abstract.

[1345] V. Gagnaire, F. Canon, M. Mariadassou, H. Falentin, S. Parayre, M.-B. Maillard, G. Henry, M.-N. Madec, F. Valence-Bertel, O. Ménard, V. Laroute, M.-L. Daveran Mingot, M. Bousquet, and A. Thierry. Design de communautés bactériennes pour fermenter un nouvel aliment associant lait et légumineuse. In Book of abstracts of RFL2, 2e Rencontres Francophones sur les Légumineuses (Toulouse, France), 2018. présentation orale.

[1346] O. Galibert, L. Quintard, S. Rosset, P. Zweigenbaum, C. Nédellec, S. Aubin, L. Gillard, J.-P. Raysz, D. Pois, X. Tannier, L. Deléger, and D. Laurent. Named and specific entity detection in varied data: The qu nfro named entity baseline evaluation. In Proceedings of the Seventh conference on International Language Resources and Evaluation (LREC'10) (Valletta, Malta), N. C. C. Chair), K. Choukri, B. Maegaard, J. Mariani, J. Odijk, S. Piperidis, M. Rosner, and D. Tapias (eds.). European Language Resources Association (ELRA), may 2010. [ .html ]

[1347] D. Gallico, M. Biancani, C. Blanchet, M. Bedri, J.-F. Gibrat, J. I. A. Baranda, D. Hacker, and D. Kourkouli. CYCLONE: a multi-cloud federation platform for complex bioinformatics and energy applications. In Proceedings of : Cloud Networking (Cloudnet), 2016 5th IEEE International Conference (Pisa - Italie), IEEE International Conference on Cloud Networking. IEEE Xplore, octobre 2016, pp. 146-149. Communication avec actes- short paper.
Keywords : Cloud computing ; cloud federation ; complex application deployment ; multi-cloud deployment ; OpenNaaS ; OpenStack ; SlipStream ; bioinformatic research ; renewable energy management ; shared testbed infrastructure. [ DOI ]

[1348] M. Garnaut, G. Couleaud, P. Leroux, C. Duplaix, O. David, F. Carpentier, and A.-S. Walker. Contrasted spatiotemporal dynamics of resistance and its drivers in the pathogenic fungus zymoseptoria tritici in france revealed by statistical analysis. In Journées Jean Chevauchon JJC2018 - 12èmes Rencontres de Phytopathologie & Mycologie (Aussois - FR), 2018. short paper.

[1349] J. Garnier, F. Samson, R. Shrager, J.-F. Gibrat, C.-H. Tai, V. Sam, and P. J. Munson. A web site for detecting protein structural domain neighbours. In Biophysical Journal, vol. 104 (2, Suppl. 1), 2013, p. 569a.

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[1353] J.-P. Gauchi and J.-C. Augustin. Application of robust statistical optimal designs for growth rate models in predictive food microbiology. In 59th. ISI Word Statitics Congress (Hong-Kong -JP), August-25-30 2013.
Keywords : D and X-optimal designs, Bayesian D and X-optimal designs, accurate parameter estimation, food safety..

[1354] J.-P. Gauchi, C. Bidot, J.-C. Augustin, and J.-P. Vila. Identification of complex microbiological dynamic systems by nonlinear filtering. In 6th International Conference on Predictive Modelling in Foods (Washington, USA), Sept. 2009.

[1355] J. Gauchi and L. Coroller. Validation and performance of predictive modelling in foods: Use of prediction confidence bands. In Predictive Modelling in Foods 2 (Glyfada, Athènes), 16-19 septembre 2007.

[1356] J.-P. Gauchi and S. Lefebvre. PLS-based global sensitivity analysis for numerical models: an application to aircraft infrared signatures. In Abstracts of 7th International Conference on Partial Least Squares and Related Methods (Houston, Texas-USA), May -19-22- 2012, pp. 1-7. communication orale.
Keywords : PLS, VIP, Sensitivity Analysis, Sensitivity Indices, Aircraft.

[1357] J. Gauchi, S. Lehuta, , and S. Mahévas. Plans d'expériences optimaux et régression pls pour l'analyse de sensibilité globale. In Journées du GdR MASCOT-NUM à AVIGNON (Avignon), mars 2010, p. 28 pages. Communication orale.
Mots-clés : PLS : Partial least saquares, Analyse de sensibilité, Plans d'expériences optimaux.

[1358] J.-P. Gauchi, S. Lehuta, and S. Mahévas. Optimal sensitivity analysis under constraints: Application to fisheries. In Procedia - Social and Behavioral Sciences, vol. 2. Elsevier, 2010, pp. 7658-7659. Sixth International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output (Milan, Italy), 19-22 July; co-organized by the ELEUSI research center of Bocconi University and by the Joint Research Center of the European Commission.
Keywords : sensitivity Analysis; D-optimality; PLS regression; halieutics. [ DOI ]

[1359] J.-P. Gauchi and A. Pázman. Small size designs in nonlinear models computer by stochastic optimization. In mODa 7 - Advances in model-oriented design and analysis, proceedings, A. D. Bucchianico, H. H. Laütern, and G. P. Wynn (eds.), Contribution to Statistics. Physica-Verlag (Springer), 2004, pp. 71-79.
Keywords : A- and D-optimality, distribution of estimators, mean square error.

[1360] J.-P. Gauchi and M. Tenenhaus. Régression PLS qualitative et application à un problème de forumlation d'une huile silicone fonctionnalisée. In XXVIe Journées de Statistique ASU (Suisse, France). Groupe de Statistique Université de Neuchâtel, 24-27 mai 1994, pp. 313-316.
Mots-clés : Régression PLS, analyse des données qualitatives, chemiométrie.

[1361] J.-P. Gauchi, J.-P. Vila, C. Bidot, E. Atlijani, L. Coroller, J.-C. Augustin, and P. Del Moral. FILTREX : A new software for identification and optimal sampling of experiments for complex microbiological dynamic systems by nonlinear filtering. In Abstracts of 7th. International Conference "Predictive Modelling in Foods" (Dublin, Ireland), September 2011.

[1362] J.-P. Gauchi, J.-P. Vila, C. Bidot, J.-C. Augustin, L. Coroller, and P. Del Moral. Une approche particulaire de l'identification et de l'inférence statistique de modèle en microbiologie prévisionnelle. In Proceedings of 12th European Symposium on Statistical Methods for the Food Industry (Paris). Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement , AgroParisTech, AgroParisTech, 28 février-3 mars 2012, pp. 271-280.

[1363] J.-P. Gauchi and J.-P. Vila. Réduction de variance par échantillonnage selon l'importance: application à l'optimisation stochastique d'un critère de plan d'expérience. In XXVIe Journées de Statistique ASU (Suisse, France). Groupe de Statistique Université de Neuchâtel, 24-27 mai 1994, pp. 317-320.
Mots-clés : Plan d'expérence optimaux, X-optimalité, optimisation stochastique, réduction de variance, échantillonnage selon l'importance.

[1364] J.-P. Gauchi and J.-P. Vila. Étude comparative de la robustesse des plans d'expérience X-optimaux et D-optimaux pour des modèles de régression non linéaire. In Actes des XXVIIe Journées de Statistique ASU (F-78350 Jouy-en-Josas, France), mai 1995, pp. 326-330.
Mots-clés : Plans d'expérience optimaux, X-optimalité, robustesse, lois bimodales.

[1365] J.-P. Gauchi and J.-P. Vila. Optimal sequential sampling design for improving parametric identification of complex microbiological dynamic systems by nonlinear filtering. In ICPMF7 - 7th international Conference on Predictive Modelling of Food Quality and Safety (Dublin - IRL), September 12 2011. Poster.

[1366] J.-P. Gauchi. La méthode des plans d'expériences et le système expert SEM. In XXVe Journées de Statistique ASU (Vannes, France). Institut Universitaire de Technologie, 24-28 mai 1993, p. 105. Actes N° A9307.
Keywords : experimental design, expert-system.
Mots-clés : plans d'expériences, système-expert.

[1367] J.-P. Gauchi. Applications de la planification expérimentale optimale pour des modèles de régression non linéaire. In Actes des XXIXe Journées de Statistique ASU (Carcassonne, France), 26-30mai 1997, pp. 36-38. Conférence invitée.

[1368] J.-P. Gauchi. Régression PLS en contrôle de qualité : application à la fabrication du sucre. In Séminaire Uniware : les Méthodes PLS (Paris, France), 30 décembre 1998.

[1369] J.-P. Gauchi. Plans d'expériences optimaux pour les modèles de la microbiologie prévisionnelle en sécurité alimentaire. In Premier Colloque sur la Statistique et l'Analyse des Données dans les Sciences Appliquées et Économiques (Beyrouth, Liban), 16-18 septembre 2002. Conférence invitée.
Mots-clés : Planification expérimentale, modèles de régression non linéaire, microbiologie provisionnelle, sécurité alimentaire.

[1370] J.-P. Gauchi. Utilisation de la régression PLS en analyse de sensibilité des expériences simulées. In La Journée Expériences Simulées du CEA/CESTA (Bordeaux), 6 novembre 2003. Conférence invitée.

[1371] J.-P. Gauchi. Évaluation quantitative des risques alimentaires. In Colloque du Cercle des Sciences Analytiques (Paris, France). INA-PG, 2003. Conférence invitée.

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[1373] J.-P. Gauchi. Nouveaux critères à densité exacte en planification expérimentale pour le modèle de régression. In Actes des 38ièmes Journées de Satistiques (Clamart, France). Société Française de Statistique, 29 mai - 2 juin 2006. Conférence invitée.

[1374] J.-P. Gauchi. Plans d'expériences optimaux pour modèles non linéaires : historique et nouveaux résultats. In Chimiométrie 2006 (Paris, France). ENSPC, 30 novembre - 1er décembre 2006. Conférence invitée.

[1375] J.-P. Gauchi. Codes numériques et plans d'expériences. In Journées "Incertitude et Simulation" (Bruyères-le-Châtel). CEA / DAM / DIF, Octobre 2007.

[1376] J.-P. Gauchi. A new approach of sensitivity analysis based on PLS regression. In Congrès SAMO 2007 (Budapest), 18-22 juin 2007.

[1377] J.-P. Gauchi. Optimal experimental design for model discrimination: Former and recent contributions / applications in biotechnology and predictive microbiology. In AgroIndustry-Chemometrics Day (Paris), April - 09 2013, p. 76. Conférence invitée - Présentation Orale.
Keywords : model discrimination, predictive microbiology, biotechnology, review, optimal design.

[1378] J. P. Gauchi. Analyse de sensibilité globale et métamodélisation pour modèles numériques à entrées continues corrélées. application à un module du programme florsys. In Séminaire Interne MaIAGE) (INRA-Jouy-en-Josas - MaIAGE). MaIAGE, mai -05 2016.

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[1381] V. Genon-Catalot and C. Larédo. Statistics with diffusion hitting times. In 1st International Meeting of the Bernoulli Society (Tashkent, URSS), 1986. Poster et résumé.

[1382] J.-F. Gibrat, M. Slawik, B. I. Zilci, A. Kupper, Y. Demchenko, F. Turkmen, and C. Blanchet. An economical security architecture for multi-cloud application deployments in federated environments. In Lecture Notes in Computer Science - 13th International Conference, GECON 2 (Athens - Grèce), no. 10382, septembre -20-22 2016, pp. 89-101. Full paper.

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[1384] N. Go, C. Belloc, C. Bidot, and S. Touzeau. Towards a better understanding of the within-host dynamics to PRRSv: insights from a modelling approach. In PRRS-2015 : International Porcine Reproductive and Respiratory syndrome Congres (Ghent- Bel.), juin -03-05 2015, p. Poster.

[1385] N. Go, C. Belloc, C. Bidot, and S. Touzeau. Towards an exploration of prrsv vaccine efficiency in silico. In Book of abstracts of 7. European symposium of porcine health management (ESPHM) (Nantes -FR), avril - 22-24 2015, p. 261. Poster.

[1386] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Modelling the interactions between virus and pulmonary macrophages as target cells in a respiratory infection: conditions for virus clearance. In 11th. International Conference on Artificial Immune Systems (ICARIS) (Taormina - Italie), 28-31 aout 2012, p. 20. abstract.

[1387] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Exploration of the immune reponse to the Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome virus (PRRSv) by a modelling approach : conditions for viral clearance. In ESPH-2013 (Edinburgh - UK), mai -22-24 2013, p. 1. Poster.

[1388] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Identification of key immune mechanisms for the resolution of Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome virus infection by a modelling approach. In EPIDEMICS4 (Amsterdam - The Netherlands), november -19-22 2013, p. 1. Poster.

[1389] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Modelling the interactions between the Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome virus (PRRSv) and its target cells: conditions for virus clearance. In 9ème colloque du réseau français d’Immunologie des Animaux Domestiques (IAD), janvier 12-13 2013, p. 18. présentation orale et abstract.
Keywords : immune response, dynamic modelling, PRRSV, macrophages, sensitivity analysi, host susceptibility, viral virulence.

[1390] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Modelling of immune response to a respiratory virus targeting pulmonary macrophages : exploration of the host susceptibility and viral virulence. In SBIP: Systems Biology Approach to Infectious Processes (Lyon), mai 13-15 2013, p. 16 diapos. Présentation orale.

[1391] N. Go, C. Bidot, C. Belloc, and S. Touzeau. Modelling the infection and immune dynamics induced by prrsv: influence of strain virulence and host exposure. In ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Goteborg (Suède), JUIN -15-19 2014, p. 16 P. présentation orale.
AMS Keywords: PRRSv ; Exposure ; Immune response ; mathematical model.

[1392] A. Goelzer, V. Fromion, and G. Scorletti. Cell design in bacteria as a convex optimization problem. In 48th IEEE Conf. on Decision and Control (China), 2009, pp. 4517-4522. [ www: ]

[1393] A. Goelzer and V. Fromion. Quantitative prediction of genome-wide resource allocation in bacteria. In FOSBE (Magdebourg (Allemagne)), octobre-11 2016, p. 1. Présentation orale : Anne Goelzer.

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[1395] A. Goelzer, J. Muntel, V. Chubukov, M. Jules, E. Prestel, R. Nölker, M. Mariadassou, S. Aymerich, M. Hecker, P. Noirot, D. Becher, and V. Fromion. Quantitative prediction of genome-wide resource allocation in bacteria. In ISGSB 2016: International Study Group for Systems Biology (Jena - Allemagne), octobre -04-07 2016. Extended abstract.

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Keywords : campylobacter, Bayesian.
Mots-clés : campylobacter, bayésien.

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Keywords : Exposure assessment, performance objective, accept and refect algorithm.

[1400] L. Guillier, N. Commeau, J.-B. Denis, and P. Garry. Adjusting the control parameters of the diced bacon process according to food safety targets for listeria monocytogenes. In 22nd Internation ICFMH Symposium - Food Micro (Copenhagen - DNK), 30 aout-03 septembre 2010. Poster.

[1401] L. Guillier, J. Kabunda, J.-B. Denis, and I. Albert. Elicitation pour l'évaluation des risques microbiologiques dans les aliments : vers une approche probabiliste de l'outil Risk Ranger. In Proceedings of 12th European Symposium on Statistical Methods for the Food Industry (Paris). Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement , AgroParisTech, AgroParisTech, 28 février-3 mars 2012, pp. 303-309.

[1402] T. Guirimand, S. Derozier, C. Pauvert, A.-L. Abraham, V. Loux, and P. Renault. Food microbiome-transfert a database to characterize cheese ecosystems. In JOBIM - Journées Bioinformatique Inra (Toulouse), mars -21-23 2016.

[1403] T. Guirimand, S. Pauvert, C.and Derozier, , A.-L. Abraham, M. Mariadassou, V. Loux, and P. Renault. Cheese ecosystems insights with shotgun metagenomics and a metadata extended genomics database. In JOBIM 2016 : Journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques (Lyon), juin-28-30 2016. poster.

[1404] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for epidemic data using diffusion processes with small diffusion coefficient. In Dynstoch programme (Heidelberg - DEU). International conference statistical methods for dynamical stochastic models, June 16-18 2011. communication orale.
AMS Keywords: Stochastic Model, Minimum contrest estimator.

[1405] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for epidemic data using diffusion processes with small diffusion coefficient. In InFER2011 Programme-2011 (Warwick- FRA). InFER2011 - Inference For Epidemic-related Risk, Mars 28-29 2011. Poster- communication orale.
AMS Keywords: Stochastic Model, Minimum contrest estimator.

[1406] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for epidemic data using diffusion processes with small diffusion coefficient. In Rencontres des jeunes statisticiens Français (Aussois - FR). SFdS, Société Française de Statistique, France., 31-aout - 02 septembre 2011. Présentation Orale.

[1407] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for epidemic data using diffusion processes with small diffusion coefficient. In Stat Math Appli (Frejus - FR), aout - 29-31 2011. Présentation Orale.

[1408] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for diffusions with small diffusions coefficient. application to epidemics. In Dynostoch Meeting 2012 (Paris), Juin -07-09 2012, p. 19 diapos. Présentation Orale.

[1409] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Inference for epidemic model using partially observed diffusions with small diffusion coefficient. In Séminaire de Statistique Parisien (Paris), mai -13 2013, p. 35 p. Présentation orale.

[1410] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Modeling and estimating parameters for epidemics using diffusion processes. application to influenza surveillance. In Dynstoch meeting 2013 (Copenhague- Danemark), avril -17-19 2013, p. 25 diapos. présentation orale.

[1411] R. Guy, C. Larédo, and E. Vergu. Statistical inference for epidemic models approximated by diffusion process. In Journées de l'ANRMANEGE (Paris- FR), janvier-30 2013, p. 33 Diapos. Présentation orale.

[1412] V. Génon-Catalot and C. Larédo. Statistiques for partially observed diffusion processes. In Rencontres Franco-Danoises de Statistiques (Sandbjerg, Danemark), 1986. Conférence invitée.

[1413] V. Henry, A. Ferré, C. Froidevaux, A. Goelzer, V. Fromion, S. Cohen-Boulakia, S. Derozier, M. Dinh, G. Fievet, S. Fischer, J.-F. Gibrat, V. Loux, and S. Peres. Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie. In IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances (Montpellier), juin- 06-10 2016. présentation orale par Anne Goelzer.

[1414] V. Henry, F. Sais, E. Marchadier, J. Dibie, A. Goelzer, and V. Fromion. BiPOm biological interlocked process ontology for metabolism. how to infer molecule knowledge from biological process? In International Conference on Biomedical Ontology-ICBO (Newcastle upon Tyne - Royaume Uni), septembre 14-15 2017, p. 6 P. Full paper.
Keywords : Ontology ; metabolic process.

[1415] S. de Hillerin, G. Scorletti, and V. Fromion. Convex conditions for model reduction of linear parameter varying systems. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control and European Control Conference (Orlando, USA). IEEE, 2011, pp. 3410-3415.

[1416] S. de Hillerin, G. Scorletti, and V. Fromion. Reduced-complexity controllers for LPV systems: Towards incremental synthesis. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control and European Control Conference (Orlando, USA). IEEE, Dec. 2011, pp. 3404-3409.

[1417] T. Hoch, S. Touzeau, A. Viet, and P. Ezanno. Influence of between-group transmission function on a simulated pathogen spread in a structured population. In 13th. Symposium of the International Society for Veterinary Epidemiology and Economics (ISVEE) (Maastricht - Pays-Bas), 20-24 aout 2012, p. 380. Poster.

[1418] L. Hogerwerf, A. Courcoul-Lochet, D. Klinkenberg, F. Beaudeau, E. Vergu, and M. Nielen. Dairy goat demography and q fever infection dynamics in the netherlands. In ISVEE 13: Proceedings of the 13th Symposium of the International Society for Veterinary Epidemiology and Economics (Maastricht (Pays-Bas)). Wageningen Academic Publishers, août - 20-24 2012, p. 50. Book of abstracts.

[1419] P. Hoscheit, E. Anthony, and E. Vergu. Using TempoRank to identify central nodes in cattle trace networks. In ECMTB - 11ème European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Lisbonne, Portugal), juillet 2018, p. 20 diapo. Présentation orale.

[1420] P. Hoscheit, E. Anthony, and E. Vergu. Using TempoRank to identify central nodes in cattle trace networks. In NetSci conference, LMNID satellite meeting (Paris, France), juin 2018, p. 20 diapo. Présentation orale.

[1421] P. Hoscheit, S. Geeraert, G. Beaunée, H. Monod, C. Gilligan, J. A. N. Filipe, E. Vergu, and M. Moslonka-Lefebvre. Modèles mécanistes des flux marchands de bovins. In Journée 2016 du réseau ModStatSAP (Nantes), mars 22 2016, p. 16 diapos. Présentation orale.

[1422] P. Hoscheit and O. Pybus. The Lambda-Skyline Process. In Mathematical models for Epidemiology and Phylogenetics, mai 30-31 2016, p. 36 diapos. Présentation orale.

[1423] P. Hoscheit. Phylogénies non binaires en épidémiologie. In Groupe de travail Maths-bio de la Fédération Denis Poisson (Orléans), avril 22 2016, p. 8 diapos. présentation orale.

[1424] I. Hue, J. Bugeon, O. Dameron, A. Fatet, C. Hurtaud, L. Joret, M.-C. Meunier-Salaun, C. N i dellec, M. Reichstadt, J. Vernet, and P.-Y. Le Bail. ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worlwide? In Animal Reproduction Science - Fourth Mammalian Embryo Genomics Meeting (Hilton Quebec City (CAN)), Elsevier (ed.), vol. 149. Mammalian Embryo Genomics Meeting, 2014, pp. 99-99. Abstract.

[1425] I. Hue and J. Wang. Modélisation de la morphogenèse d'un épithélium embryonnaire à fonction trophique. In Biologie intégrative animale, végétale et microbienne (Bordeaux). INRA, 15-17 décembre 2008. Conférence invitée - Séminaire agroBI-Biologie Integrative.
Mots-clés : Système complexe, Analyse de sensibilité, EDP, Mortalité embryonnaire, Elongation, Trophoblaste, Epithelium, Morphogenese, Expression genique, Cinetique.

[1426] S. Huet and E. Kuhn. Goodness-of-fit test for gaussian regression with block correlated errors. In 29-th European Meeting of Statisticians -EMS (Budapest), juillet- 20-25 2013.
Keywords : goodness-of-fit test; linear hypothesis; nonparametric alternative; auto-correlated errors; mixed-effects models; bootstrap.

[1427] S. Issanchou, J.-P. Gauchi, R. Quach, A. Masson, and G. Dreyfus. Plans d'expériences pour modèles neuronaux. In Congrès Lambda-Mu (Bourges, France), 12-14 octobre 2004. Poster ayant obtenu le Lambda-Mu d'Or du congrès.

[1428] S. Issanchou and J.-P. Gauchi. Plans d'expériences D- et X-optimaux pour des modèles de connaissance non linéaires. In Colloque "30 ans de Méthodologie de la Recherche Expérimentale" (Aix-en-Provence, France), 2-3 juin 2005.

[1429] J. Istas and C. Larédo. Analyse de processus Gaussiens stationnaires par ondelettes. In Journées processus franctionnaires : modèles et statistiques (Paris, France), 1992. Conférence invitée.

[1430] J. Istas and C. Larédo. Estimation de fonctionnelles dépendant d'un processus aléatoire. In XXVème Journées de Statistiques (Vannes, France), 1993. Résumé.

[1431] C. Jacob, N. Breton, and P. Daegelen. Kinetic prediction of de RNA structure. 1996. 3rd. European Conference on Mathematics applied to biology and medicine.

[1432] C. Jacob, P. Daegelen, and N. Breton. Modélisation stochastique du processus de repliement de l'ARN. juin 1993. Poster : 12ème coloque annuel de la société Française de Biophysique.

[1433] C. Jacob and P. Daegelen. A stochastic model of RNA folding process. Juin 1992. 3rd International conference on mathematical population dynamics.

[1434] C. Jacob and J. Demongeot. Confiners, a stochastic approach of the attractors. juin 1988. 17th Conference on Stochastic processes and Their Applications.

[1435] C. Jacob, Z. Khraibani, and E. Pancheva. An extremal process approach for sporadic events. In Proceedings of the 13th international summer conference on probability and statistics (Sozopol, Bulgary), 21-28 June 2008.

[1436] C. Jacob, N. Lalam, and N. Yanev. Statistical inference for processes depending on exogenous processes. Example of regenerative processes. In XIth International Summer Conference on Probability and Statistics (Sozopol, Bulgarie), 20-25 May 2004. Conférence invitée.

[1437] C. Jacob and N. Lalam. Real-time quantitative PCR based on a size-dependent process. In 5th European conference of the ESMTB on mathematical modeling & computing (Milan, Italie). ESMTB, 2-6 juillet 2002, p. 17. Conférence invitée.

[1438] C. Jacob and N. Lalam. Estimation of the offspring mean in a supercritical or near-critical size-dependent branching process. In 10th International Summer Conference on Probability and Statistics (Sozopol, Bulgary), 21-28 june 2003, p. 11. Conférencière invitée.

[1439] C. Jacob, P. Magal, C. Guihenneuc, C. Labonnardiere, M.-L. Martin, B. Schaeffer, and S. Touzeau. Modélisation et prédiction à long terme de l'évolution de l'ESB en Grande-Bretagne. In IIIième séminaire sur les recherches engagées à l'INRA sur les ESST et les Prions (Le Croisic, France), 26-28 février 2003, p. 52. Poster.

[1440] C. Jacob and P. Magal. Modélisation de l'évolution de l'ESB à l'échelle d'un pays: rôle respectif du niveau d'exposition et des abattages dans la persistance ou l'extinction de la maladie. Comparaison de la Fance et de la Grande-Bretagne. In Congrès du Groupement d'Intérêt Scientifique “Infections à Prions”, CEA (Saclay, France), 17-19 novembre 2004.

[1441] C. Jacob and P. Magal. Probabilistic modeling of BSE in Great Britain: respective role of the transmissions and the slaughtering in the long-term evolution of the disease. In First International Conference of the European Network of Excellence NeuroPrion (Paris, France), 24-28 may 2004, p. 111. Abstract.

[1442] C. Jacob, L. Maillard-Teyssier, J.-B. Denis, and C. Bidot. A branching process approach for the propagation for the Bovine Spongiform Encephalopathy in Great-Britain. April 20-24 2009. Invitation.

[1443] C. Jacob, L. Maillard, J.-B. Denis, and C. Bidot. Estimation and prediction for the BSE epidemic in Great Britain using a stochastic model. In Prion 2008 (Auditorium Hotel, Madrid - Spain), NeuroPrion (ed.). El Corte Ingles, Division of Congresses and Incentives, october 8-10 2008, p. 98. Proceedings of Prion 2008 - Poster.
Keywords : Epidemic, Prediction.
Mots-clés : Epidémiologie, Prédiction.

[1444] C. Jacob, M. Molina, and M. Mota. Extinction probabilit in two-sex branching process with reproduction and mating depending on the number of females and males in the populatio. In Book of abstracts : 29th European Meeting of Statisticians (Budapest - Hungry), L. Márkus and V. Prokaj (eds.), July -20-25 2013, p. 221.

[1445] C. Jacob and M. Molina. Some contributions to the theory of population-size dependent bisexual branching processes. In XXVI European Meeting of Statisticians (Torun, Poland), 24-28 July 2006.

[1446] C. Jacob, S. Monsonego, and R. C. Tomassone. Classification avec recouvrement : morphologie verbale en ancien français. In Premières Journées Internationales: Analyse de données et informatique, INRIA (ed.), vol. 1. Versailles, 7-9 septembre 1997, pp. 141-152.

[1447] C. Jacob and J. Peccoud. Estimation of the parameters of a partially realized and observed supercritical branching process. juin 1995. Poster : 23rd Conference on Stochastic Processes and their applications - Singapour.

[1448] C. Jacob and J. Peccoud. Estimation of the parameters of a branching process from migrating binomial observations. In 9th International Summer School in Probability Theory and Mathematical Statistics (Sozopol, Bulgarie), juin 1997. Invitation.

[1449] C. Jacob and J. Peccoud. Statistical analysis of kinetec PCR data. In 15ième congrés de la Société Française d'Endocrinologie. Progrès récents en endocrinologie moléculaire (Paris, France), octobre 1997. Conférence invitée.

[1450] C. Jacob and S. Penisson. Limit models for a new general class of multitype branching processes with memory and population dependence. In Abstracts of of the workshop Branching Processes and Derived Processes-CIRM (Luminy - FRA), April 26-29 2011, pp. 5-6. Conference invité.

[1451] C. Jacob and S. Penisson. Limit models for a new general class of branching processes with memory and population dependence. In Workshop on Branching Processes and their Applications (Badajoz -Spain), April 11-13 2012. Présentation orale.

[1452] C. Jacob and A.-F. Viet. Contrôle d'épidémies dans les populations de branchement avec transmission horizontales et verticales. Exemples des modèles SIS et SEIR. application à l'ESB. In Actes des XXXIIIèmes Journées de Statistique (Nantes, France), 14-18 mai 2001, pp. 452-453.

[1453] C. Jacob and A.-F. Viet. Modelling of a disease evolution in a large branching population. In 5th European conference of the ESMTB on Mathematical Modeling & Computing (Milan, Italie). ESMTB, 2-6 juillet 2002, p. 225. Conférence invitée.

[1454] C. Jacob and A.-F. Viet. A new class of stochastic processes for formulazing and generalizing population-dependent individual-based branching models: the semi-semiMarkov processes. In XII International Summer Conference on Probability and Statistics (Sozopol, Bulgarie), 17-25 June 2006. Conférence invitée.

[1455] C. Jacob and A.-F. Viet. A new type of process for formalizing individual-based models: the Semi-Semi Markov Process. In XXXI Conference on Stochastic Processes and their Applications (Paris, France), 17-21 July 2006.

[1456] C. Jacob and A.-F. Viet. Semi-semi-Marcov processes : A generalized renewal approach for individual based branching processes. In Mathematical Sciences (Göteborg, Suède). University of Gothenbug, May 26-30 2007. Invitation.

[1457] C. Jacob and A. Viet. Semi-semi-markov processes : a new class of processes for formalizing and generalizing state-dependent individual-based models. In Workshop on Stochastic Modelling in Population Dynamics (Luminy, France), 10-13 avril 2007.

[1458] C. Jacob. Probabilistic properties of a general cyclic Markovian model in discrete time. juin 1984. 14th conference on Stochastic processes and their Applications.

[1459] C. Jacob. Cycles limites stochastiques et confineurs pour processus de markov. novembre 1985. 6ème Rencontre Franco-Belges de Statisticiens.

[1460] C. Jacob. Ergodicity in periodic autoregressive models. aout 1990. 2nd. Bernoulli Society Word Congress.

[1461] C. Jacob. Asymptotic behaviour of a supercritical Galton-Watson process with controlled binomial migration. In 9h International Summer School on Probability and Mathematical Statitics, N. M. Yanev (ed.). SCT, 1998, pp. 72-82.
Mots-clés : Migration binomiale, population, processus de branchement, théorie de la probabilité, statistique.

[1462] C. Jacob. Discrete time branching processes with binomial migrations in dynamical epidemioly. In Meeting on Design and Analysis of Infectious Disease Studies (Oberwolfach, Allemagne), novembre 1999. Invitation.

[1463] C. Jacob. Estimation of persistent or transient phenomena in size-dependent branching processes. Examples in biology. In Workshop on Branching Processes in Biology (Göteborg, Suède), 22-26 may 2005. Conférence invitée.

[1464] C. Jacob. Saturation, competition and cooperative effects in population dynamics: modelling by state-dependent branching processes. In European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Dresden, Germany). ESMTB, SMB, 18-22 July 2005, p. 19. Conférence plénière invitée.

[1465] C. Jacob. Conditional least squares estimation in stochastic nonlinear regression models: asymptotic properties and examples. In Conference on Statistics and Applied Probability in Life Sciences(ICTPP) (Trieste, Italie), 8-12 octobre 2007. Conférence invitée.

[1466] C. Jacob. Strong consistency in stochastic nonlinear regression models. In Workshop on Stochastic Modelling in Population Dynamics (Luminy, France), 10-13 avril 2007.

[1467] C. Jacob. Conditional least squares estimation in nonstationary nonlinear stochastic regression models. In 13th International Summer Conference on Probability and Statistics (Sozopol, Bulgary), 21-28 June 2008. Conférence invitée.

[1468] C. Jacob. Modeling of animal epidemics. In Biometry and Epidemiology, oct.- 10-11 2008. Présentation orale- conf.invitée.

[1469] C. Jacob. The polymerase chain reaction : a generic example for estimation in stochastic nonlinear and nonstationary regression models. In International Workshop on Applied Probability (University of Technology, Compiègne), 7-10 July 2008. Conférence Invitée.

[1470] C. Jacob. A general multitype branching process with age, memory and population dependence. In BOOK OF ABSTRACTS AND DETAILED PROGRAMME OF IWAP 2010 5th International Workshop on Applied Probability (Madrid - ESP), juillet- 05-08 2010, p. 60. Conférence invitée.

[1471] C. Jacob. Conditional least square estimation in nonstationary nonlinear stochastic regression models : asymptotic properties and examples. In Prediction of time and non stationary time series (Paris), fevrier 10-11 2012. présentation orale.

[1472] C. Jacob. A generalized “quasi-likelihood” (minimum contrast) estimator for a general class of nonstationary stochastic processes: asymptotic properties and examples. In XVth International Summer Conference on Probability and Statistics (Pomorie -Bulgarie), juin - 26-29 2012, p. 1. Conférence invitée.
Mots-clés : statistiques théoriques.

[1473] C. Jacob. Limit models for a general class of branching processes with memory and population dependence in large populations. In ICSP- 2012 (Houston -Texas - USA), août -21-25 2012. Présentation Orale.

[1474] H. Jactel, M. Goulard, H. Monod, J.-F. Ponge, and J.-Y. Rasplus. Essai de complémentation de niches écologiques en forêt monospécifique pour améliorer le contrôle des ravageurs par la faune auxiliaire. In Étude de la coévolution des populations végétales domestiquées, face à leurs agents pathogènes ou ravageurs (INRA-Paris, France), A. Cohen and Y. Dattée (eds.), juin 1995, pp. 145-157. Étude de la coévolution des populations végétales domestiquées, face à leurs agents pathogènes ou ravageurs.

[1475] G. Jan, T. Saraoui, S. Parayre-Breton, G. Guernec, V. Loux, J. Montfort, A. Le Cam, G. Boudry, and H. Falentin. A unique in vivo experimental approach reveals metabolic adaptation of the probiotic Propionibacterium freudenreichii to the colon environment. In International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics (Budapest -HUN), juin-24-26 2014. Poster.

[1476] A. Jaubert, C. Durier, A. Kobilinsky, and P. Martin. Structural organization of the goat casein micelle : effect of the physico-chemical environment (pH, temperature, ionic strength) on its mineral and protein composition. Hannah Research Institute, 21-23 may 1997. Hannah Symposium - Caseins nd caseinate: structures, interactions, networks.

[1477] G. Jeanne, A. Goelzer, S. Tebbani, D. Dumur, and V. Fromion. Dynamical resource allocation models for bioreactor optimization. In proceeding of 7th. International FOSBE 2018 Foundations of Systems Biology in Engineering (Chicago, EUA), vol. 51. Elsevier-Science BV- Amsterdam, PB, 2018, pp. 20-23. doi:10.1016/j.ifacol.2018.09.020 + présentation orale.

[1478] G. Jeanne, A. Goelzer, S. Tebbani, D. Dumur, and V. Fromion. Towards a realistic and integrated strain design in batch bioreactor. In Proceeding of 57th IEEE Conference on Decision and Control (Miami, EUA), 2018. présentation orale + full paper.

[1479] G. Jeanne, A. Goelzer, S. Tebbani, D. Dumur, and V. Fromion. Towards a realistic and integrated strain design in batch bioreactor. In Proceeding of 57th IEEE Conference on Decision and Control (Miami,EUA), 2018, p. 6p. Présentation orale + full paper -papier accepté.

[1480] G. Jeanne, S. Tebbani, A. Goelzer, V. Fromion, and D. Dumur. Modelling and optimization of metabolic pathways in bacteria. In ICSTCC: 20th International Conference on System Theory, Control and Computing, octobre 13-15 2016. Full paper.

[1481] G. Jeanne, S. Tebbani, A. Goelzer, V. Fromion, and D. Dumur. Optimization of a micro-organisms culture in a fedbatch bioreactor using an intracellular model. In Retranscription de conférence- 25. Mediterranean conference on Control and Automation (MED (Valletta), juin- 03-06 2017, pp. 1071-1076. Full paper.

[1482] E. Jensen, K. Kiêu, and H. Gundersen. Stereological estimation of second- and higher-order properties of random sets. In Geobild'89. Proceedings of the 4th Workshop on Geometrical Problems of Image Processing held in Georgenthal (GDR), March 13-17, 1989 (Berlin), J. Hübler, W. Nagel, B. D. Ripley, and G. Werner (eds.), vol. 51 of Mathematical Research. Akademie-Verlag, 1989, pp. 123-127. Texte intégral.
Keywords : stochastic geometry,stereology,moment measure,estimation.
AMS Keywords: 60-xx,60D05,62-xx,62Gxx,62G08.
Mots-clés : géométrie stochastique,stéréologie,mesure moment,estimation.

[1483] J. Jourde, A.-P. Manine, P. Veber, K. Fort, R. Bossy, E. Alphonse, and P. Bessières. Shared task 2011 - bacteria gene interactions and renaming. In Proceeding of BioNLP Shared Task 2011 Workshop (Portland, Oregon (USA)), 2011, pp. 65-73. Communication orale.

[1484] C. Juste, C. Beauvallet, P. Lepercq, V. Rochet, F. Levenez, O. David, B. Schaeffer, P. Martin, and J. Doré. Metaproteomic analysis of the human intestinal microbiota. In SFEAP2006 (Saint-Malo), octobre 2006. Abstract.
Keywords : proteome, human intestinal microbiota.

[1485] B. Kaeffer, M. Hoebeke, A. Trubuil, C. Kervrann, M. Devaux, and C. Cherbut. 3-dimensional organization of normal and cancerous intestinal tissues cultured in rotating bioreactor analyzed by multidimensional microscopy imaging. In Internet World Congress for Biomedical Science (INABIS), 2000. Regular article.

[1486] B. Kaeffer, A. Trubuil, C. Kervrann, M. Devaux, and C. Cherbut. 3D distribution of erb-B1 receptors on rat colonocytes in primary cultures. In Word Congress on In Vitro Biology (Saint-Louis, Missouri, USA), 2000.

[1487] B. Kaeffer, A. Trubuil, C. Kervrann, L. Pardini, and C. Cherbut. 3D imaging of colonic crypt cells by fluorescent laser scanning confocal microscopy. In 7th Internet World Congress for Biometrical Sciences (INABIS), Apr. 2002. 5pp.

[1488] B. Kaeffer, A. Trubuil, C. Kervrann, L. Pardini, and C. Cherbut. 3D rendering of EGF/erb-B1 complexes. In World Congress on In Vitro Biology (Orlando, Florida, USA), 2002.

[1489] M. Kchouk, J.-F. Gibrat, and M. Elloumi. An error correction algorithm for NGS data. In 2017 28th International Workshop on Database and Expert Systems Applications (DEXA) (Lyon - FR), I. X. D. Library (ed.), 2017, pp. 84-87. Communication avec actes.

[1490] S. Kernéis, E. Vergu, R. F. Grais, L. Coudeville, and A. Flahault. Exploring possible influenza pandemic profiles. In Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (San Francisco, USA), September 2006. Abstract.

[1491] S. Kernéis, E. Vergu, R. F. Grais, L. Coudeville, and A. Flahault. Does the effectiveness of interventions depend on the influenza pandemic profile ? In International Meeting on Emerging Diseases and Surveillance (Vienna, Austria), February 2007. Abstract.

[1492] C. Kervrann and S. Ba. Approche non-paramétrique en restauration d'image avec préservation des discontinuités. In 14ème Congrès Francophone AFRIF-AFIA de Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle (RFIA'04) (Toulouse, France), January 2004.

[1493] C. Kervrann, J. Boulanger, and P. Coupé. Bayesian non-local means filter, image redundancy and adaptive dictionaries for noise removal. In Proc. Conf. Scale-Space and Variational Meth. (SSVM' 07) (Ischia, Italy), June 2007, pp. 520-532.

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[1495] C. Kervrann and J. Boulanger. Adaptation locale optimale pour la regularisation et la representation d'image a base de motifs locaux. January 2006, pp. 1-8.

[1496] C. Kervrann and J. Boulanger. Unsupervised patch-based image regularization and representation. In Proc. European Conf. Comp. Vision (ECCV'06) (Graz, Austria), vol. 3951 (LNCS), May 2006, pp. 555-567.

[1497] C. Kervrann, F. Davoine, P. Pérez, H. Li, C. Labit, and R. Forchheimer. Generalized likelihood ratio-based face detection and extraction of mouth features. In Int. Conf. on Audio and Video-Based Biometric Person Authentication, AVBPA'97 (Crans-Montana, Switzerland), March 1997.

[1498] C. Kervrann, F. Heitz, and P. Pérez. Statistical model-based estimation and tracking of non-rigid motion. In Proc. 13th Int. Conf. Pattern Recognition (Vienna, Austria), August 1996, pp. 244-248.

[1499] C. Kervrann, F. Heitz, and Y. Ricquebourg. Modélisation et segmentation d'objets déformables dans des séquences d'images : une approche statistique. In Colloque Automatique-Génie Informatique-Image AGI'94 (Poitiers, France), June 1994.

[1500] C. Kervrann and F. Heitz. A statistical model-based approach to unsupervised texture segmentation. In 8th Scandinavian Conference on Image Analysis (SCIA'93) (Tromso), May 1993, pp. 284-288.

[1501] C. Kervrann and F. Heitz. Vers une segmentation non supervisée des images naturelles texturées : une approche markovienne. In 2èmes journées internationales - Interface des mondes réels et virtuels (Montpellier), March 1993, pp. 45-54.

[1502] C. Kervrann and F. Heitz. A hierarchical statistical framework for the segmentation of deformable objects in image sequences. In IEEE Conf. Computer Vision and Pattern Recognition (Seattle, Washington), June 1994, pp. 724-728.

[1503] C. Kervrann and F. Heitz. Robust tracking of stochastic deformable models in long image sequences. In IEEE Int. Conf. Image Processing, ICIP'94 (Austin, Texas), November 1994, pp. 88-92.

[1504] C. Kervrann and F. Heitz. Learning structure and deformation modes of nonrigid objects in long image sequences. In International Workshop on Automatic Face- and Gesture-Recognition (FG'95) (Zurich), June 1995, pp. 104-109.

[1505] C. Kervrann and F. Heitz. Apprentissage non supervisé et suivi de modèles déformables dans une séquence d'images. In 10eme Congrès AFCET Reconnaissance des Formes et Intelligence Artificielle (RFIA'96) (Rennes), January 1996, pp. 559-568.

[1506] C. Kervrann and F. Heitz. Statistical model-based segmentation of deformable motion. In Proc. 3rd IEEE Int. Conf. Image Processing (Lausanne, Switzerland), September 1996, pp. 937-940.

[1507] C. Kervrann, M. Hoebeke, and A. Trubuil. A level line selection approach for object boundary estimation. In 7h IEEE Computer Society International Conference on Computer Vision (ICCV'99) (Kerkyra, Greece). IEEE Computer Society, Sept. 1999, pp. 963-968. vers1 pour correction.

[1508] C. Kervrann, M. Hoebeke, and A. Trubuil. A level line selection approach for object boundary estimation. In 7h IEEE Int. Conf. on Computer Vision, ICCV'99 (Kerkyra, Greece), September 1999, pp. 963-968.

[1509] C. Kervrann, M. Hoebeke, and A. Trubuil. Segmentation d'images par sélection de courbes de niveau. In Colloque GRETSI'99, Sept. 1999, pp. 631-634.

[1510] C. Kervrann, M. Hoebeke, and A. Trubuil. Level lines as global minimizers of energy functionals in image segmentation. In European Conference Computer Vision, LNCS 1843 (Dublin, Ireland), June 2000, pp. 241-256.
Keywords : Image segmentation, energy minimization, level sets, level lines connected components..

[1511] C. Kervrann, P. Pérez, and J. Boulanger. Bayesian non-local means, image redundancy and adaptive sstimation for image representation and applications. In SIAM Conf. on Imaging Science (San Diego, CA), July 2008.

[1512] C. Kervrann and A. Trubuil. An adaptive window approach for Poisson noise reduction and structure preserving in confocal microscopy. In International Symposium on Biomedical Imaging (Arlington, VA, USA). IEEE, 15-18 Avril 2004.

[1513] C. Kervrann. Bayesian object detection through level curves selection. In Int. Conf. on Scale Space and Morphology in Computer Vision, Scale-Space'01 (Vancouver, Canada), July 2001.

[1514] C. Kervrann. An adaptive window approach for image smoothing and structures preserving. In Proc. Eur. Conf. Computer Vision (ECCV'04 (Prague, Czech Republic), May 2004.

[1515] F. Kettani, S. Schneider, S. Aubin, R. Bossy, C. François, C. Jonquet, A. Tchechmedijiev, A. Toulet, and C. Nédellec. Projet visatm : l'interconnexion openminted – agroportal – istex, un exemple de service de text et data mining pour les scientifiques français. In Proceedings of 29es Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances (Nancy, FR), 2018. abstract - acte non publié.

[1516] J.-D. Kim, S. Pyysalo, T. Ohta, R. Bossy, N. Nguyen, and J. Tsujii. Shared task 2011 - overview of bionlp. In Proceeding of BioNLP Shared Task 2011 Workshop (Portland, Oregon (USA)), 2011, pp. 1-6. Communication à un congrès.

[1517] K. Kiêu, E. Devinoy, G. Lehmann, and C. Kress. Testing interactions for spatially heterogeneous point patterns with an application to centromere spatial analysis. In SSIAB8 Book of Abstracts (Copenhagen (DNK). SSIAB8 : The 8th French-Danish Workshop on Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, mai 2010. Communication orale.
Keywords : statistcs,image,image processing, biology,point Processes,epidemiology, ecology. [ .pdf ]

[1518] K. Kiêu, C. Kress, and E. Devinoy. Modélisation de l’organisation spatiale du génome et de son activité transcriptionnelle. In 11. Journée de l'Animation transversale "Glande mammaire, lait" 2011 - Département de Physiologie animale et Système d'Elevage (Paris). INRA, novembre 11-17 2011. Communication orale - résumé.
Mots-clés : glande mammaire, physiologie animale, Système d'Elevage.

[1519] K. Kiêu and M. Mora. Stereological sampling for brain tissue microscopy. In XXIst International Biometric Conference - Proceedings - Manuscripts of Invited Paper Presentations (Freiburg, Germany). International Biometric Society, jul 2002, pp. 427-443.
Keywords : random sets,spectral density,estimation, volume,section,systematic sampling,prediction error.
AMS Keywords: 28-xx,28Axx,28A75,62-xx,62D05,62Gxx,62G05.
Mots-clés : ensemble aléatoire, densité spectrale, estimation, volume, coupe, échantillonnage systématique, erreur de prédication.

[1520] K. Kiêu and M. Mora. Advances on the precision of several stereological volume estimators. In Stereology and Image Analysis Ecs10: Proceedings of the 10th European Congress of ISS (Milan, Italy), V. C. et al. (ed.), vol. 4 of The MIRIAM Project Series. ESCULAPIO Pub. Co., 22-26 June 2009, pp. 17-26.

[1521] K. Kiëu, C. Kress, and E. Devinoy. Modélisation de l'organisation spatiale du génome et de son activité transcriptionnelle. In Journée Atmosphase (Paris). Département de Physiologie Animale et Système d'Elevage, mars -16 2012, p. 1. Présentation Orale.

[1522] K. Kiëu and C. Kress. Towards a stochastic model of the spatial organization and the activity of mammalian genomes. In SGD : Stochastic Geometry Days (Lillie- FR), mars-30 2011, p. 1. Présentation orale.
Keywords : spatial organization.

[1523] A. Kobilinsky and Y. Bertheau. Minimisation of the COST of GMO detection in kernels using control by attributes. In 7èmes Journées Européennes : Agro-Industrie et Méthodes Statistiques (Lille, France), 16-18 Janvier 2002, p. 10.
Keywords : seed acceptance samplíng, GMO, quality control, operatíng characteristic curve, single samplíng by attributes, double samplíng by attributes, group analysis.

[1524] A. Kobilinsky, E. Mettler, and B. Carpentier. Construction et analyse d'un plan asymétrique de résolution IV. In 4èmes Journées Européennes : Agro-Industrie et méthodes statistiques (Dijon). ASU : ENESAD, INRA, ENSBANA, ENESAD, décembre 1995, pp. 259-268.

[1525] A. Kobilinsky. Robustesse d'un plan d'expérience vis à vis d'un sur-modèle. In Actes des XXX ièmes Journées de Statistique, vol. 1, 1998, pp. 55-59. Communications conférences invités.

[1526] M. Koskas, G. Grasseau, E. Birmelé, S. Schbath, and S. Robin. Nemo: Fast count of network motifs. In Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) (Paris, France), E. Barillot, C. Froidevaux, and E. Rocha (eds.), 2011, pp. 53-60.

[1527] C. Kress, K. Kiêu, and E. Devinoy. Nuclear organization of mammary epithelial cells. In Colloque du Réseau National des Systèmes Complexes: Architecture nucléaire et dynamique fonctionnelle des chromosomes (Paris), Mai 26-27 2011. communication orale.
Mots-clés : Glande mammaire, Biologie cellulaire, Noyau.

[1528] E. Kuhn, C. Baey, and P. H. Cournède. Testing variance components in nonlinear mixed effects models. application to plant growth modelling. In 9. International Conference of the ERCIM WG on Computational and Methodological Statistics (CMStatistics 2016) (Seville - ESP), décembre - 9-11 2016. Présentation orale.

[1529] E. Kuhn, C. Baey, and P. H. Cournède. Testing variance components in nonlinear mixed effects models. application to plant growth modelling. In 49.Journées de Statistique. JDS (Avignon - FR), 29 mai - 02 juin 2017. présentation Orale.

[1530] E. Kuhn and P. H. Baey, C. nd Cournède. Testing variance components in nonlinear mixed effects models. application to plant growth modelling. In EMS - 31-th European Meeting of Statisticians (Helsinki (Finlande)), JUILLET- 24-28 2017. Présentation orale.

[1531] E. Kuhn and M. Delattre. Estimating the fisher information matrix in latent variable models. In Book of programme and abstracts of 10th International Conference of the ERCIM (European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Londres, Anglaterre). online, décembre 2017. Présentation Orale.

[1532] E. Kuhn and M. Delattre. Un nouvel estimateur pour l'information de fisher dans les modèles à variables latentes. In acte of SFdS- 50ème Journées de Statistique de la SFdS (JdS'2018) (Pallaiseau, France). online, 2018, p. 6 p. Presentation oral.

[1533] E. Kuhn and A. Oodally. Estimation dans des modèles de fragilité à partir d'une vraisemblance partielle. In acte of SFdS- 50ème Journées de Statistique de la SFdS (JdS'2018) (Palaiseau, France). on line, 2018, p. 6 p. Presentation oral.

[1534] V. Kulkarni, V. Fromion, T. Alpcan, and M. G. Safonov. Loss of continuity in cellular networks under stabilizing transmit power control. In Proc. Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing (Allerton, USA), 2009, pp. 940-946.

[1535] T. Lacroix, V. Loux, J. Lorenzo, B. Brancotte, C. Blanchet, and J.-F. Gibrat. Insyght : Analyse evolutionary conserved CDS, orthologs, syntenies, pan-genome, fusion, etc., for your bacteria of interest​. In Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) (Paris, France). Springer, avril 2018, p. numéro 106. Poster.

[1536] N. Lalam and C. Jacob. Estimation of the offspring mean in a supercritical or near-critical size-dependent branching process. Application to quantitative PCR. In Alcala Second International Conference on Mathematical Ecology (Alcala (Madrid), Spain), 5-9 september 2003.

[1537] N. Lalam and C. Jacob. Modelling the PCR amplification process by a size-dependent branching process. In XXIIIth International Seminar on Stability Problems for Stochastic Models (Pamplona, Spain), 12-17 May 2003.

[1538] N. Lalam and C. Jacob. Estimation of the offspring mean for a general class of size-dependent branching processes. Application to quantitative polymerase chain reaction. In Mathematics and computer science. III: Algorithms, trees, combinatorics and probabilities (Basel), M. Drmota, P. Flajolet, D. Gardy, and B. Gittenberger (eds.), Trends in Mathematics. Birkhäuser, 2004, pp. 539-540. Proceedings of the International Colloqium held at the Vienna University of Technology, Vienna, September 13-17, 2004.

[1539] M. Lamboni, D. Makowski, H. Monod, S. Lehuger, and B. Gabrielle. Sensitivity analysis for complex dynamic models: A global sensitivity index per factor. In 24th International Biometric Conference (Dublin - IRL). IBS, International Biometric Society, British and Irish Region, 13-18 juillet 2008.

[1540] M. Lamboni, D. Makowski, H. Monod, and B. Gabrielle. Multivariate sensitivity analysis for complex dynamic models with random factors. In International Biometric Society - Second Channel Network Conference (Ghent - Belgium). IBS, 6-8 avril 2009.

[1541] M. Lamboni, D. Makowskic, and H. Monod. Empirical relationship between sensitivity index and mean square error of prediction: a case study for greenhouse gas emission. In Procedia - Social and Behavioral Sciences (Milan- Italie), vol. 2. Università Commerciale Luigi Bocconi, Elsevier, July 2010, pp. 7698-7699. Sixth International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output.
Keywords : Dynamic model, Multivariate Sensitivity Analysis, Mean Square Error of Prediction.

[1542] M. Lamboni, H. Monod, and D. Makowski. Global sensitivity analysis for simulation models with multiple outputs: An application to a dynamic crop model. In Scientific programme and abstracts of the Fifth International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output - SAMO (Eötvös University- ELTE, Budapest, Hungary), 18-22 June 2007, pp. 115-116. Poster. [ .pdf ]

[1543] C. Lannou, J. Papaïx, H. Goyeau, O. David, S. Touzeau, and H. Monod. Exploring the potential of landscape diversification for limiting epidemic risk. In Plant resistance sustainability 2012. International conference (Versailles-Grignon -FR), 16-19 octobre 2012, p. 47. Short paper.
Keywords : landscape epidemiology, modelling, resistance diversification.

[1544] C. Lannou, J. Papaïx, H. Goyeau, O. David, S. Touzeau, and H. Monod. Exploring the potential of landscape diversification for limiting epidemic risk. In Plant resistance sustainability 2012. International conference (Versailles-Grignon -FR), 16-19 octobre 2012, p. 47. Short paper.
Keywords : landscape epidemiology, modelling, resistance diversification.

[1545] C. Lannou, J. Papaïx, H. Goyeau, and H. Monod. Gérer les variétés résistantes aux maladies à l'échelle des territoires agricoles. In Proceedings of Journée Jean Chevaugeon (Aussois-FR), janvier -16-20 2012, p. 48. Présentation Orale.
Mots-clés : gestion des résistances, paysage, modélisation.

[1546] J. Lao, M. Mariadassou, and S. Schbath. Comparison of statistical methods of inference of cooccurrence networks within micro- bial ecosystems from metagenomics data. In JOBIM 2017 (Lille), juillet - 03-06 2017. poster n° 56.

[1547] C. Larédo, F. Austerlitz, O. David, B. Schaeffer, K. Bleakley, N. Vergne, and M. Veuille. Error rates in phylogenetic and supervised classification algorithms in dna barcoding. In Third International Barcode Conference, abstract volume (Mexico city, Mexico). Consortium for the Barcode of Life, 7-12 Novembre 2009. Conférence invitée.

[1548] C. Larédo, O. David, B. Schaeffer, N. Vergne, K. Bleakley, and F. Austerlitz. Taux d'erreurs des méthodes phylogénétiques et des méthodes statistiques de classification pour le Barcode ADN. In Projet IFORA, Colloque final de restitution (Agropolis International, Montpellier). ANR, 21-22 juin 2010 2010. Abstract - Communication orale.

[1549] C. Larédo, D. O., and B. Schaeffer. Barcode adn: Problématique et analyse des données issues du barcoding. In R-TANUMO (Avignon - FR), Novembre - 06-08 2011. Présentation Orale.

[1550] C. Larédo. Exact likelihood for general hidden markov models and leroux's method. In Princeton-Chicago conference on th Econometrics of high frequency financial Data (Bonita Spring, Florida, U.S.A.). Y. Ait-Sahalia, R. Carmona and P. Mykland, June 23-25 2005. Invited conference.

[1551] C. Larédo. Stochastic models for plant pollen dispersal and statistical applications. In Mathématique en Sciences du Vivant (Université Pierre et Marie Curie, Paris), 21-23 Sep. 2005. Invited conference.

[1552] C. Larédo. A stochastic models and statistical inference for pollen dispersal in homogeneous and heterogeneous environments. In Joint Meeting of the Royal statistical Society for Environment and the SFDS (ENGREF, Paris). SFDS, 24 May 2006. Conférence invitée.

[1553] C. Larédo. Inference for incompletely observed branching processes. In DYNSTOCH Workshop (Amsterdam, Pays-Bas). Korteweg Institute., June 7-10 2007. Abstract.

[1554] C. Larédo. Statistical inference for plant population dynamics using partially observed multitype branching processes. In Workshop on Stochastic modelling in Population Dynamics (CIRM, Luminy, France). C. Jacob and P. Jagers, 10-13 April 2007. Abstract.

[1555] C. Larédo. Inference for partially observed branching processes and ecological applications. In 5th World Conference on Probability and Statistics (University of Singapore, Singapore). International Statistical Society, 14-19 July 2008. Abstract.

[1556] C. Larédo. Identifiability for partially observed branching processes. In DYNSTOCH Workshop (Padova, Italy). University of Padova, 26-28 June 2008. Abstract.

[1557] B. Laroche and A. Perasso. Mathematical analysis and numerical simulations of a generic population dynamics model. In Congrès ICIAM 2011, juillet 2011.

[1558] B. Laroche, S. Raguideau, S. Plancade, and M. Leclerc. Modeling fiber degradation by human gut microbiome. In Mathematical Models in Ecology and Evolution (MMEE 2015 (Paris-FR), juin - 08-10 2015. Poster.

[1559] B. Laroche and S. Touzeau. Parameter identification for a PDE model representing scrapie transmission in a sheep flock. In 44th IEEE Conference on Decision and Control and European Control Conference (Sevilla, Spain), Dec. 2005, pp. 1607-1612. Regular paper.
Mots-clés : modélisation, dynamique des populations, épidémiologie, tremblante ovine, équations aux dérivées partielles, identifiabilité, estimation de paramètres.

[1560] B. Laroche and S. Touzeau. Parameter identification for a seasonal epidemiological PDE model of scrapie transmission in a flock. In 6th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Dresden University of Technology, Germany). ESMTB, SMB, July 2005. Abstract.

[1561] B. Laroche and S. Touzeau. Parameter identification for a seasonal epidemiological PDE model of scrapie transmission in a flock. In European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Dresden University of Technology, Germany). ESMTB, SMB, July 2005. Abstract.
Mots-clés : modélisation, dynamique des populations, épidémiologie, tremblante ovine, équations aux dérivées partielles, identifiabilité, estimation de paramètres.

[1562] B. Laroche and S. Touzeau. Parameter identifiability and identification of a hierarchical epidemiological model. In Second Conference on Computational and Mathematical Population Dynamics (Campinas, Brasil), July 2007. Abstract.
Keywords : structural identifiability, parameter identification, PDE model, epidemiological model.

[1563] B. Laroche. Trajectory parametrisation for a positive system: the biological clock example. In Proc. of the 2nd Multidisciplinary International Symposium on Positive Systems: Theory and Applications (Grenoble, France). Springer, Aug. 2006.

[1564] B. Laroche. Controlling a non-linear epidemic pde model with delayed detection: a model simplification approach. In 13th European Control Conference (ECC (Strasbourg), juin -24-26 2014, pp. 1127 - 1132. Communication avec actes.
Keywords : diseases ; epidemics ; partial differential equations. [ http ]

[1565] B. Laroche. Metagenomic data analysis and integration in a functional population model of fiber degradation by the human intestinal microbiota. In 9th. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Gôteborg -SWE). ESMTB, SMB, juin-15-19 2014. présentation Orale.
Mots-clés : metagenomics. [ http ]

[1566] C. Larédo and V. Genon-Catalot. Leroux method for general state space models. In Oberwolfach Conference on Statistics in Finance, January 11-17 2004. Organized by Claudia Kluppelberg and Richard Davies. Oberwolfach report 2/2004.

[1567] C. Larédo and V. Genon-Catalot. Asymptotic equivalence of diffusion and euler scheme experiments. In Conférences SSP 2012 (Paris), 2012.

[1568] C. Larédo and V. Genon-Catalot. Equivalence for nonparametric drift estimation of a diffusion process and its euler scheme. In Dynstoch meeting 2013 (Copenhague- Danemark), avril -17-19 2013. présentation orale.

[1569] C. Larédo, R. Guy, and E. Vergu. Approximation of epidemic models by diffusion processes and statistical applications. In SSP 2013 (Paris), mars - 19 2013, p. 1. Présentation orale.

[1570] C. Larédo and J. Istas. Statistics of randon processes with wavelets methods. In 20th European Meeting of Statisticians (Bath, United Kingdom), 1992. Conférence invitée.

[1571] C. Larédo and J. Istas. Wavelet analysis of continuous time processes from sampled data. In 152nd Annal Meeting of the American Statistical Association, I.M.S. Workshop on "Wavelets and Statistics" (Boston, U.S.A.), 1992. Conférence invitée.

[1572] C. Larédo and P. Jamet. Analyse compartimentale et étude de la cinétique d'absorption des pesticides dans le sol. In FAO European Cooperative Network on pesticides (Versailles, France), 1984. Texte intégral.

[1573] C. Larédo and E. Klein. A non linear deconvolution problem coming from corn pollen dispersal estimation. In Workshop on Dynamical Stochastic Modeling in Biology (University of Copenhagen, Denmark). MaPhySto and DYNSTOCH, January 8-10 2003, pp. 69-77. Organized by Marianne Huebner and Michael Sorensen. [ http ]

[1574] C. Larédo, D. O., and B. Schaeffer. Barcode adn: Problématique et analyse des données issues du barcoding. In R-TANUMO (Avignon - FR), Novembre - 06-08 2011. Présentation Orale.

[1575] C. Larédo and J. Pernès. Modélisation de la domestication des céréales. In Quarantième anniversaire de l'INRA (JF-78350 Jouy-en-Josas, France), 1986. Poster.

[1576] C. Larédo and A. Rouault. Large deviations in spatial branching processes. In 14th European Meeting of Statisticians (Wroclaw, Pologne), 1981. Résumé.

[1577] C. Larédo and A. Rouault. Asymptotic studies in inhomogeneous spatial branching processes. In 11th International Conference on Stochastic Processes and their Applications (Clermont-Ferrand, France), 1983. Résumé.

[1578] C. Larédo, B. Schaeffer, C. Denys, and N. Vergne. Assessment of three mitochondrial genes (16S, CYTB, CO1) for barcoding the praomyini tribe. In Fourth International Barcode of Life Conference (Adelaïde-Australie), 28 novembre-3 décembre 2011, p. 1. communication orale- poster.
Keywords : Vertebrates, Disease Vectors/Pathogens/Parasites, Ecological Applications, Data Analysis, National and International Networks.

[1579] C. Larédo, B. Schaeffer, E. Okpitz, and N. Vergne. Assessment of three mitochondrial genes for barcoding the praomyini tribe. In DAWG Meeting of CBOL (Chicago - USA), mars -24-27 2011. Communication Orale.

[1580] C. Larédo and S. Sevestre. Segmentation d'images de couverts végétaux. In séminaire Réduction des intrants et amélioration de l'environnement (CEMAGREF-UNRA-ITCF-RHONE POULENC (Lyon, France), 1993.

[1581] C. Larédo and S. Sevestre. Study of colour images of maize canopies using an estimated Markov random field. In 1st meeting Paris-Berlin (Garchy, France), 1994.

[1582] C. Larédo. Dynamique de populations, propagation d'une épidémie. In Club Maresquelle de Biologie Théorique (Paris, France). Club Maresquelle de Biologie Théorique, 1981. Conférence invitée.

[1583] C. Larédo. Modelisation and simulations of a spatial epidemic spread. In XIth International Biometrics Meeting (Toulouse, France), 1982. Résumé.

[1584] C. Larédo. Une nouvelle modélisation de la propagation spatiale en dynamique des populations. In Journées de Statistiques de l'A.S.U. (Montpellier, France), 1984. Résumé.

[1585] C. Larédo. Modèles déterministe et stochastique de la domestication des céréales. In Colloque CNRS Biologie des populations (Lyon, France), 1986. Texte intégral. Conférence invitée.

[1586] C. Larédo. Modélisation de la domestication des céréales. Exemple du Mil. In Assemblée du Département de Biométrie (Aussois, France), 1987. Texte intégral.

[1587] C. Larédo. Statistical inference based on various partial observations of a diffusion process. In 5th Young European Statisticians Meeting (Aarhus, Danemark), 1987. Conférence invitée.

[1588] C. Larédo. Asymptotic sufficiency of partial observations of a diffusion process. In Stefan Banach International Mathematical Center (Varsovie, Pologne), 1989. Conférence invitée.

[1589] C. Larédo. A sufficient condition for asymptotic sufficiency of partial observations of a diffusion process. In 47th Session of the International Statistical Institute (Paris, France), 1989. Résumé.

[1590] C. Larédo. Reconstruction d'images bruitées par méthodes d'ondelettes. In Colloque Ondelettes et Applications, Centre de Physique Théorique (Luminy, France), 1990. Résumé.

[1591] C. Larédo. Estimation de la fonction de covariance d'un processus Gaussien stationnaire par méthodes d'ondelettes. In International Conference on Wavelets and Applications (Toulouse, France), 1992. Résumé.

[1592] C. Larédo. Analyse d'images de couverts végétaux. In XXVUème Journées de Statistiques - A.S.U. (Neuchâtel, Suisse), 1994. Résumé.

[1593] C. Larédo. Estimating integrals of stochastic processes form discrete samples. In Conference on Stochastics and Finance (Humboldt University, Berlin, Germany), 1994. Résumé.

[1594] C. Larédo. Limit theorems for discretely observed stochastic volatility models and statistical applications. In 4th World Congress of the Bernoulli Society (Vienne, Autriche), 1996. Résumé.

[1595] C. Larédo. Limit theorems for stochastic volatility models. In 5th Metting of the European Network "Statistical Inference for Stochastic Processes" (Sandjberg, Danemark), 1996.

[1596] C. Larédo. Parametric inference for discretely observed stochastic volatility models. In 3rd Meetin séminaire Paris-Berlin (Garchy, France), 1996.

[1597] C. Larédo. Asymptotic equivalence of two non parametric experiments of diffusion processes. In 5th Meeting of European Network "Statistical Inference for Stochastic Processes" (Rennes, France), 1997.

[1598] C. Larédo. Limit theorems and parametric inference for stochastic volatility models. In Conference on stochastic models and statistical methods in finance and insurance (Cortona, Italie), 1998. Conférence invitée.

[1599] C. Larédo. Statistical inference for discretely observed stochastic volatility models. In International Conference of Stochastic Models in Finance (Mexico-Guanajuato, Mexique), 1998. Conférence invitée.

[1600] C. Larédo. Corn pollen dispersal: Mechanistic models and field experiments. In International Conference on Goodness-of-fit Tests (Université Paris V, Paris, France), 2000. Conférence invitée.

[1601] C. Larédo. A general approach to study statistical inference for stochastic volatility models. In ?? (London, United Kingdom), 2000. Conference invitée.

[1602] C. Larédo. Some new problems arising in statistical inference for stochastic volatility models. In International Conference on Quantitative Methods in Finance and Bernoulli Society (Sydney, Australie), 2000. Texte intégral. Conférence invitée.

[1603] C. Larédo. Stochastic volatility models and statistics. Quantitative methods in finance and bernoulli society 2000 ?? In Conference in Finance and Statistics (Sydney, Australia), décembre 2000. Conférence invitée.

[1604] C. Larédo. New aspects to parameter estimation for stochastic volatility models. In Statistical Methods for Dynamical Systems (IHP, Paris, France). DYNSTOCH, 13-16 juin 2001.

[1605] C. Larédo. Conditional likelihood and parametric inference for stochastic volatility and hidden Markov models. In Thiele Symposium on Financial Econometrics (Copenhagen, Denmark), 17-19 octobre 2002. Article. Conférence invitée.

[1606] C. Larédo. Modèles stochastiques et inférence statistique de données épidémiques. In Colloquium de l'Université Paris Descarte (Paris), mai - 11 2012. texte intégral.

[1607] C. Lavigne, F. Angevin, E. Klein, J. M. Meynard, M. L. Bail, N. Colbach, M. Benoit, C. Mignolet, K.Adamczyk, F. L. Ber, A. Messéan, and C. Sausse. Modélisation de la dispersion de transgènes à différentes échelles : synthèse des travaux réalisés en france ces dernières années. Modélisation de la dispersion de transgènes à l'échelle de paysages agricoles. In Premier séminaire de restitution du Programme ANR-OGM (Paris), décembre 2006, pp. 57-61.
Mots-clés : description de paysages, paysages probabilistes, pollen, graines, filières, coexistence, flux de gènes, maïs, colza, modélisation, réglementation.

[1608] A. Lazraq, R. Cléroux, and J.-P. Gauchi. Algorithms for selecting latent variables and predictors in PLS regression. In PLS03 Conference in Lisbone, 15-17 Sept. 2003.

[1609] A. Lazraq, R. Cléroux, and J.-P. Gauchi. Sélection simultanée des variables latentes et des variables explicatives dans le modèle de régression PLS1. In Actes du IX ème Congrès de la Société Francophone de Classification (Toulouse, France), 16-18 septembre 2002, pp. 239-342.
Mots-clés : régression PLS, sélection de variables explicatives, sélection de composantes PLS, sélection simultanée.

[1610] F. Le Ber, C. Lavigne, K. Adamczyk, Angevin, N. Colbach, J.-F. Mari, and H. Monod. Neutral modelling of agricultural landscapes by tessellation methods : the geneexp-landsites software - application for gene flow. In LandMod 2010 : International Conference on integrative Landscape Modelling (Montpellier). LANDMOD 2010 : International conference on integrative Landscape modelling, Février 2010, pp. 1-9.
Keywords : Neutral landscape models; Gene flow; Tessellation.

[1611] S. Le Feunteun, F. Barbe, D. Remond, O. Ménard, Y. Le Gouar, D. Dupond, and B. Laroche. Impact of dairy matrix structure on milk prottein digestion kinetics : Mechanistic modelling based on mini-pig in vivo data. In 2ème. International Conference on Food Digestion (Madrid -Espagne), mars -06-08 2013, p. 1. short paper.
Mots-clés : digestion, modèle, gel, lait cinétique, protéine.

[1612] S. Le Feunteun, F. Barbe, I. Souchon, D. Dupont, and B. Laroche. Mechanistic modeling of the digestion of dairy solutions and gels as compared with mini-pig in vivo data. In 1st. international conference on food Digestion (Cesena -Italie), 19-21-mars 2012, p. 1. short paper.
Mots-clés : digestion, modèle, gel, lait cinétique, protéine.

[1613] C. Le Maréchal, V. Péton, J. Jardin, V. Briard-Bion, S.-M. Deutsch, R. Richoux, V. Loux, B. Foligné, H. Falentin, and G. Jan. An integrative approach of propionibacterium freudenreichii immunomodulatory mechanisms. In 5th IDF Symposium on SCience and Technologie of Fermented Milk (Melbourne, AUS), Juin 06-07 2014.

[1614] C. Le Maréchal, V. Péton, C. Plé, J. Jardin, V. Briard-Bion, V. Chuat, V. Loux, R. Richoux, J.-R. Kerjean, S. Parayre-Breton, B. Foligne, S.-M. Deutsch, V. Gagnaire Soumet, H. Falentin, and G. Jan. Monoxenic experimental cheese reveals anti-inflammatory effect of propionibacterium freudenreichii in vivo. In Book of abstracts of IDF Dairy Science and Technology Symposi 2016 Cheese Science and Technology (Dublin - Irlande), avril- 11-13 2016. conference invité.

[1615] F. Lecointe, S. Mc Govern, S. Baconnais, P. Roblin, P. Nicolas, P. Drevet, H. Simonson, O. Piétrement, J.-B. Charbonnier, E. Le Cam, and P. Noirot. Characterization of the non homologous end joining -NHEJ- mechanism in b. subtilis: the dual role of the C-terminal part of Ku. In 11. Colloque des 3R (Presqu'ile de Giens - France), mai -04-07 2015. Poster.

[1616] J. Lecomte, F. Pessel, P. Gouyon, K. Adamczyk, F. Rodolphe, S. Huet, C. Larédo, J. Champolivier, V. Emeriau, A. Merrien, and A. Messéan. Analyse rétrospective sur le devenir de variétés de colza “0”et “00” dans l'environnement. In Séminaire de Restitution des Résultats de l'AIP "OGM et Environnement" 1998-99 (Paris). INRA, décembre 1999, pp. 33-36.
Mots-clés : Flux de gènes, base de données, colza.

[1617] D. Legland, K. Kiêu, and M.-F. Devaux. Caractérisation de milieux cellulaires végétaux observés par imagerie microscopique 3D. In 27ème journée de l'International Stereological Society France, feb 2004. Résumé (1 page) d'une communication orale.
Keywords : image analysis, non uniform sampling, Minkowski, cellular material, heterogeneity.
Mots-clés : analyse image, echantillonnage non uniform, Minkowski, materiau cellulaire, heterogeneite. [ .html | .pdf ]

[1618] D. Legland, K. Kiêu, and M.-F. Devaux. Heterogeneity quantification of cellular material based on Minkwoski functionals. In Fifth French-Danish Workshop on Spatial Statistics and Image Analysis in Biology, May 2004, pp. 99-103.
Keywords : image analysis, non uniform sampling, Minkowski, cellular material, heterogeneity.
Mots-clés : analyse image, echantillonnage non uniform, Minkowski, materiau cellulaire, heterogeneite.

[1619] J. Legrand, E. Vergu, A.-J. Valleron, and A. Flahault. Assessing the field efficacy of the influenza vaccine. In 8th Annual Meeting of the European Society for Clinical Virology (Geneva), 27-30 April 2005. Abstract.

[1620] Y. Li, R. Briandet, and A. Trubuil. Tracking swimmers bacteria and pores within a biofilm. In ISBI 2014 - IEEE 11th. International Symposium on Biomedical Imaging (Beijing, China), 29 April-2 May 2014.
Keywords : Motion Estimation, Electron microscopy, Dynamic imaging. [ www: ]

[1621] X. Litrico, G. Belaud, and V. Fromion. Stability analysis of automatic water level control gates in open-channels. In IEEE Conf. on Decision and Control (New-Orleans,USA), vol. 1(14). publisher??, December 2007, pp. 1591-1596.

[1622] X. Litrico, V. Fromion, and G. Scorletti. Boundary control of hyperbolic conservation laws using a frequency domain approach. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control (San Diego, USA), vol. 1(14), 2006, pp. 5067-5072.

[1623] X. Litrico, V. Fromion, and G. Scorletti. Robust feedforward boundary control of hyperbolic conservation laws. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control (San Diego, USA), vol. 1(14), 2006, pp. 5311-5316.

[1624] X. Litrico and V. Fromion. Design of structured multivariable controllers for irrigation canals. In Proc. IEEE Conf. on Decision and Control (Seville, Spain). publisher??, 2005, p. pages??

[1625] X. Litrico and V. Fromion. A link between riemann invariants and frequency domain approach for boundary control of open channel flow. In IEEE Conf. on Decision and Control, vol. 9, December 2008, pp. 2093-2098.

[1626] L. Lopez, V. Monnet, and A. Trubuil. Détermination du rôle régulateur de certaines peptidases bactériennes par inférence à partir de données hétérogènes et incomplètes. In 14e Colloque du Club des Bactéries Lactiques (Paris, France), 17-19 mai 2006. Résumé (poster).

[1627] J. Lorenzo, B. Brancotte, T. Lacroix, M. Bedri, J.-F. Gibrat, and C. Blanchet. Multi-cloud deployment for microbial genomes analysis. In JOBIM 2017 (Lille), Juillet - 03-06 2017, p. 165. Poster n° A60.

[1628] J. Lorgeou, O. David, G. Philippeau, B. Aizac, and H. Monod. Méthodes de contrôle des effets de compétition interparcellaire dans les essais de variétés de maïs grain : analyse de plusieurs solutions. In Effets de compétition dans les essais variétaux de plein-champ (INRA-Paris, France), novembre 1997, pp. 29-47. Texte intégral.

[1629] V. Loux, M. Mariadassou, S. Almeida da Silva, H. Chiapello, A. Hammami, J. Buratti, A. Gendrault, V. Barbe, J.-M. Aury, S.-M. Deutsch, S. Parayre, M.-N. Madec, V. Chuat, G. Jan, P. Peterlongo, V. Azevedo, Y. Le Loir, and F. H. Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of propionibacterium freudenreichii. In 20ème. Colloque du Club des Bactéries Lactiques (Lille-FR), juin 17-19 2015. abstract.

[1630] V. Loux, M. Mariadassou, S. Almeida da Silva, H. Chiapello, A. Hammami, J. Buratti, A. Gendrault, V. Barbe, J.-M. Aury, S.-M. Deutsch, A. Nicolas, S. Parayre-Breton, M.-N. Madec, V. Chuat, G. Jan, P. Peterlongo, Y. Le Loir, and H. Falentin. Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of propionibacterium freudenreichii. In JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (Clermont-Ferrand - FR). INRA - U. Clermont 2, UMR 1095 GDEC Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales. Centre de recherche Auvergne-Rhône-Alpes, Clermont-Ferrand, France, juillet 06-09 2015, p. 1. book of abstracts.

[1631] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modélisation de l'effet de la conduite sur la propagation de Salmonella en élevage porcin. In Conférence Francophone sur la Modélisation Mathématique en Biologie et en Médecine (Craiova, Roumanie), juillet 2006. Résumé.
Keywords : Salmonella, pigs, modelling.
Mots-clés : Salmonella, porcs, modélisation.

[1632] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modelling Salmonella transmission in a pig farm under different management strategies. In 11th International Symposium on Veterinary Epidemiology and Economics (Cairns, Australia), Aug. 2006. Abstract.
Keywords : Salmonella, pigs, farrow-to-finish herd, batch management, hygiene, modeling.
Mots-clés : Salmonella, porcs, troupeau naisseur-engraisseur, conduite en bandes, hygiène, modélisation.

[1633] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modelling Salmonella transmission in a pig farm under three biosecurity strategies. In International Symposium of Salmonella and Salmonellosis (Saint Malo, France), May 2006. Extended abstract.
Keywords : Salmonella, pigs, farrow-to-finish herd, biosecurity, modeling.
Mots-clés : Salmonella, porcs, troupeau naisseur-engraisseur, biosécurité, modélisation.

[1634] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Simulation of the influence of biosecurity strategies on prevalence of Salmonella in slaughter pigs. In Proceedings of the 19th International Porcine Veterinary Society Congress (Copenhagen, Denmark), July 2006. Abstract.

[1635] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Influence des conduites et des pratiques d'hygiène sur la prévalence de portage de Salmonella dans les lots de porcs charcutiers : étude par modélisation. In Journées scientifiques de l'AEEMA (Maisons-Alfort, France), mai-juin 2007. Résumé.

[1636] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modélisation de l'effet de la conduite d'élevage sur la propagation de Salmonella en élevage naisseur-engraisseur. In 39èmes Journées de la Recherche Porcine (Paris, France). IFIP, INRA, février 2007, pp. 351-356. Résumé étendu.

[1637] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Modelling the prevalence of Salmonella carrier pigs at slaughtering age: influence of management systems and of the Salmonella status of replacement gilts. In 7th International Symposium “Safepork” - On the epidemiology and control of foodborne pathogens in pork (Verona, Italy), May 2007. Extended abstract.
Keywords : Salmonella, pigs, farrow-to-finish herd, hygiene, replacement, modeling.
Mots-clés : Salmonella, porcs, troupeau naisseur-engraisseur, hygiène, renouvellement, modélisation.

[1638] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, T. Hoch, H. Seegers, and C. Fourichon. Étude exploratoire par simulation de l'effet de mesures de maîtrise sur le portage de salmonelles chez le porc charcutier. In 40èmes Journées de la Recherche Porcine (Paris, France). IFIP, INRA, février 2008, pp. 7-12. Résumé étendu.

[1639] A. Lurette, C. Belloc, S. Touzeau, and M. Keeling. Pathogen control within the pyramidal structured network of pigs' movements in France. In Epidemics2 - Second International Conference on Infectious Disease (Athens, Greece). Elsevier, Dec. 2009. Abstract.

[1640] A. Lurette, S. Touzeau, P. Ezanno, T. Hoch, C. Fourichon, H. Seegers, and C. Belloc. Modelling as a tool to identify key measures to reduce Salmonella prevalence in slaughter pigs. In Epidemics1 - First International Conference on Infectious Disease (Asilomar, CA, USA). Elsevier, Dec. 2008. Abstract.

[1641] A. Lurette, S. Touzeau, P. Ezanno, T. Hoch, C. Fourichon, H. Seegers, and C. Belloc. Modelling as a tool to identify key measures to reduce Salmonella prevalence in slaughter pigs. In Proceedings of the 20th International Porcine Veterinary Society Congress (Durban, South Africa), June 2008. Abstract.

[1642] A. Lurette, S. Touzeau, M. Lamboni, and H. Monod. Identifying key-parameters influencing Salmonella prevalence in a pig batch model: a sensitivity analysis on dynamical outputs. In 7th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Edinburgh, UK). ESMTB, University of Dundee, 2008. Abstract.

[1643] P. Lánský, J.-P. Rospars, and J. Vaillant. Some neuronal models with oscillatory input. In Cybernetics and Systems Research '92, R. Trappl (ed.), vol. 1. World Scientific, Singapour, 1992, pp. 765-771.

[1644] N. Mach Casellas, S. Plancade, M. Moroldo, J. Lecardonnel, C. Robert, and E. Barrey. Characterization of blood biomarkers in endurance horses by integrating miRNA and mRNA expression profiling. In 11. Dorothy Russel Havemeyer Foundation International Equine Genome Mapping Workshop (Hannover - GER), juillet 22-25 2015. Communication sans actes.

[1645] L. Maillard-Teyssier, C. Jacob, and J.-B. Denis. A semi-Markovian branching process on the clinical cases for modelling the evolution of a SEIR disease in a large population. Example of the BSE epidemic. In XII International Summer Conference on Probability and Statistics (Sozopol, Bulgarie), 17-25 June 2006. Communication orale.

[1646] D. Makowski, J.-B. Denis, and L. Ruck. Modèle bayésien pour réaliser une analyse roc avec un indicateur de risque de sclérotinia du colza. In Actes des 38èmes Journées Statistiques de la SFdS (Clamart, France), 29 mai - 2juin 2006, p. 32. communication orale, résumé, [T195].
Keywords : ROC, diagnostic, Bayesian.
Mots-clés : ROC, diagnostic, bayésien.

[1647] D. Makowski, C. Naud, H. Monod, M.-H. Jeuffroy, and A. Barbottin. Global sensitivity analysis for calculating the contribution of genetic parameters to the variance of crop model prediction. In Proceedings of the 4th SAMO Conference (Santa Fe, USA), 8-11 March 2004, pp. 307-316.
Keywords : Crop model, Extended fast, Genetic parameter, Global sensitivity analysis, Winding stairs.

[1648] L. Mallet, C. Guerin, J. Amselem, E. Fournier, and H. Chiapello. The GEMO project: Hitchhiking DNA in Magnaporthe oryzae. In JOBIM 2015. Meeting of working Group Medicago sativa (Clermont-Ferrand-FR). UdA, Université d'Auvergne (Clermont Ferrand 1, juillet - 06-09 2015, p. Poster. Communication n° 512D.

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[1651] A. Manine, E. Alphonse, and P. Bessières. Extraction of genic interactions with the recursive logical theory of an ontology. In 11th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics (CICLing'10) (Iasi, Roumania). Lecture Notes in Computer Science 6008, Springer Verlag, 2010, pp. pages 549-563. ISBN 978-3-642-12115-9.

[1652] A. Marceau, L. Guerineau, L. Huber, F. Angevin, and H. Monod. Modelling maize pollen emission during the day and the flowering period. In Applied aspects of aerobiology, vol. 89 of Aspects of Applied Biology. Association of Applied Biologists (AAB), Warwick, GB, 19 november 2008, pp. 17-30. Communication orale (résumé).
Keywords : Maïs, zea mays, plante cerealiere.

[1653] V. Marcon, L. Quintric, P. Durand, O. Inizan, C. Dussart, V. Loux, M. Bernard, and G. Pascal. The journey of a team of engineers in learning packaging technology. In Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques) - 2018 (Marseille, France). edition JOBIM, 2018, pp. 612-613. Presentation oral et Poster.

[1654] M. Mariadassou, B. Bed'Hom, P. Nicolas, J.-L. Coville, F. Lahalle-Faucon, C.-F. Chen, M. Pham, T. Zerjal, and M. Tixier-Boichard. Insight in the genetic diversity of wild and domestic gallus. In 14. European Poultry Conference, vol. 46, 2014, pp. 1-4.

[1655] M. Mariadassou, D. Ebert, and S. Pichon. The specificity - abundance relationship in microbial communities. In ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (Gothenburg (SWE)), juin-06 2014. Extended abstract.

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[1667] H. Monod, O. David, and G. Philippeau. Démarche expérimentale pour évaluer des méthodes de contrôle de la compétition inter-parcellaire dans les essais variétaux. In Effets de compétition dans les essais variétaux de plein-champ (INRA-Paris, France), novembre 1997, pp. 17-28. Texte intégral.

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Mots-clés : Statistique, Plan d'expériences, Plan factoriel régulier. [ .html | http ]

[1670] H. Monod, A. Kobilinsky, and A. Bouvier. Génération automatique de plans factoriels réguliers : la librarie R PLANOR. In Proceedings of 12th European Symposium on Statistical Methods for the Food Industry (Paris). Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement , AgroParisTech, AgroParisTech, 28 février-3 mars 2012, pp. 41-50.

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Keywords : Linear model, Factorial designs, Information materix, optimality.

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Keywords : Generally balanced design, restricted maximum likelihood.
AMS Keywords: 62K10, 62J10.
Mots-clés : Maximum de vraisemblance, restreint, plan d'expérience.

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Keywords : parameter estimation, sensitivity functions, software, symbolic differentiation, uncertainty. [ DOI ]

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Keywords : Synergy, growth inhibition, acidic compounds, aromatic compounds, experimental design, smoothing, Salmonella sv. Typhimurium.

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[1690] H. B. Nembhard, W. Chandra, A. Flahault, B. Lambert, C. Turbelin, and E. Vergu. An analogues-changepoint methodology for influenza-like-illness and drug sales surveillance. In INFORMS (Washington, USA), 2008. Abstract.

[1691] C. Nédellec, R. Bossy, E. Chaix, and L. Deléger. Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity. In Proceedings of the 4th International Microbial Diversity Conference 2017 (Bari (Italie), octobre 24-26 2017, pp. 221-227. Short paper.
Keywords : Ontology ; text-mining microorganism habitats.

[1692] C. Nédellec, E. Chaix, R. Bossy, L. Deléger, S. Derozier, J.-B. Bohuonn, and V. Loux. L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne. In EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (Paris, France). RNTI, janvier 2018, p. 253... Short paper.

[1693] C. Nédellec and A. Girard. TriPhase : co-construction IST - recherche MIA. In Ecole IST - Evolutions de la recherche et impacts pour l'IST (Magny-Le Hongre -France). INRA UR 1037 LPGP-Rennes, mai-15-avril-16 2015, p. Communication sans actes. Présentation orale.

[1694] C. Nédellec. Content mining in life sciences. In Science Europe TDM workshop (Bruxelles- BE), octobre- 26-27 2015. identif. Prodinra 344689.

[1695] C. Nédellec. From text to knowledge and back - issues and challenges in life sciences. In Biomedical Linked Annotation Hackathon (Mishima-Japon), novembre -16 2015, p. 36 diapos. Présentation Orale.

[1696] C. Nédellec. L'informatique à l'inra. In SPECIF Campus, Journée Enseignement et recherche en informatique "hors les murs" (Paris - FR), novembre- 24 2016, p. 32 slides. Communication sans actes.

[1697] C. Nédellec. Ontobiotope text­mining and ontologies for a standard description of microorganism habitats. In 18th GSC meeting, Genome Standards Consortium (Heraklion - Grèce), juin -12-15 2016, p. 24 slides. présentation orale.

[1698] C. Nédellec. Le TDM par l'exemple : des microbes dans mon fromage. In Le TDM par l'exemple : des microbes dans mon fromage (Meudon - FR), novembre -11 2016. présentation orale.

[1699] M. Oltanu, N. Violaine, B. Schaeffer, C. Laredo, and O. a. David. On the use of self organizing-maps for the representation of barcoding data : An application to hylomyscus data. In Fourth International Barcode of life conference (Adelaide - Australie), 28 Novembre- 03- décembre 2011.

[1700] M. Olteanu, V. Nicolas, B. Schaeffer, O. David, and C. Larédo. Représentation des données praomys à l'aide des cartes autoorganisées. In Projet IFORA, Colloque final de restitution (Agropolis International, Montpellier). ANR, 21-22 Juin 2010 2010, p. 5. Poster.

[1701] P. Pandit, P. Ezanno, E. Vergu, B. L. Dutta, S. Arnoux, F. Beaudeau, and T. Hoch. Dynamic between herd model for q-fever spread in dairy cattle to quantify the impact of different transmission pathways at regional scale. In Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM) (Ghent - Belgique), Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM). Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine, Hatfield (Royaume Uni), mars -25-27 2015, pp. 108-121. Evènement : Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM).

[1702] P. Pandit, T. Hoch, E. Vergu, P. Ezanno, and F. Beaudeau. Modelling coxiella burnetii spread within and between dairy herds. In Retranscription de conférence : Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM) (Dublin - IR), Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine-SVEPM, mars - 26-28 2014. Poster.

[1703] J. Papaïx, O. David, C. Lannou, and H. Monod. Evolution of specialisation in spatial metapopulations. In Proceedings of Journée Jean Chevaugeon (Aussois-FR), janvier -16-20 2012, p. 36.
Keywords : dynamics of adaptation, spatial heterogeneity, specialisation, metapopulation.

[1704] J. Papaix, C. Lannou, and H. Monod. Un exemple de modélisation agro-écologique pour la gestion des épidémies à l’échelle d’un paysage agricole. In Nouveaux défis de modélisation pour l’agro-écologie (Paris), février 02 2014, p. 21 pages. communication sans acte.

[1705] F. Papazian, R. Bossy, and C. Nédellec. Alvisae: a collaborative web text annotation editor for knowledge acquisition. In Proceedings of the Sixth Linguistic Annotation Workshop (LAW-2012) (Jeju, Republic of Korea). Association for Computational Linguistics, July 2012, pp. 149-152. [ http ]

[1706] J. Papaïx, K. Adamczyk, A. Bouvier, K. Kiêu, C. Lannou, and H. Monod. Modélisation et génération de parcellaires agricoles par tessellation aléatoire. In Colloque PAYOTE (Rennes - FRA), octobre 18-19 2011. communication orale.
Mots-clés : Tessellation, Paysage agricole, Ecologie de paysage.

[1707] J. Papaïx, J. Burdon, H. Monod, C. Lannou, and P. Thrall. Pathogen evolution in agricultural landscapes: the role of the host spatial structure. In Plan Industry Seminar (Canberra- Australie), avril - 11 2013.

[1708] J. Papaïx, J. Burdon, J. Zhan, C. Lannou, and P. Thrall. Allocation optimale de cultures dans un paysage agricole : conflits entre dynamique épidémique, durabilité de la résistance et évolution à long terme des populations pathogènes. In Journées Jean Chevaugeon 2014- 10es Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP) (Aussois (Savoie) - France), janvier 27 au 31- 2014, p. 38. Poster et abstract.

[1709] J. Papaïx, O. David, C. Lannou, and H. Monod. Evolution of specialisation in spatial metapopulations. In Proceedings of Journée Jean Chevaugeon (Aussois-FR), janvier -16-20 2012, p. 36.
Keywords : dynamics of adaptation, spatial heterogeneity, specialisation, metapopulation.

[1710] J. Papaïx, P. Du Cheyron, H. Goyeau, H. Monod, and C. Lannou. La fréquence des variétés de blé dans le paysage cultivé influence leur niveau de résistance observé. In Journées Jean Chevaugeon 2010 (Aussois, France), 25-29 janvier 2010, p. 7 pages. 8èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie.
Mots-clés : Puccinia triticina, résistance quantitative, modélisation bayésienne, épidémiologie du paysage.

[1711] H. Papaïx, J.and Goyeau, P. Du Cheyron, and C. Monod, H.and Lannou. L’influence de la composition du paysage cultivé sur la résistance variétale : une étude de cas basée sur la rouille brune du blé. langues. In congrès : Ecologie 2010 (Montpellier), Septembre -02-04 2010, pp. 1-27. P.Point.

[1712] J. Papaïx, H. Monod, C. C. Lannou, H. Goyeau, and P. Du Cheyron. Landscape composition and cultivar resistance: Bayesian modelling of the wheat leaf rust epidemiology on large scales. In International Statistical Ecology Conference (University of Kent, Canterbury, UK), July 2010, p. 21 pages. Oral presentation.
Keywords : landscape epidemiology, wheat leaf rust, Puccinia triticina, Bayesian modelling.

[1713] J. Papaïx, H. Monod, and C. Lannou. Effets de la structure spatiale des poulations hôtes sur la dynamique épidémique à l'échelle d'un paysage, une approche par modélisation. In Journée des doctorants SPE (Sophia-Antipolis - France), juin - 02-04 2010. Présentation Orale.
Mots-clés : hétérogénéité spatiale, évolution; épidémiologie du paysage, spécialisation.

[1714] J. Papaïx, S. Touzeau, H. Monod, and C. Lannou. Coexistence entre pathotypes à l'échelle du paysage: un ménage à trois sur deux variétés. In Séminaire du réseau ModStatSP (Paris- FR), octobre 11 2011. présentation orale : P.Point - 36 slides.
Mots-clés : Diversite, épidémiologie du paysage, coexistence.

[1715] J. Papaïx, S. Touzeau, H. Monod, and C. Lannou. The role of landscape connectivity in agrosystems. In Rotahmsted Research Seminar (Rothamsted - Royaume Uni), février- 16 2012. présentation orale.

[1716] L. Pardini, B. Kaeffer, A. Trubuil, A. Boureille, J. P. Galmiche, and C. Cherbut. Period-1 and period-2 protein expression in human colonocytes. In 1st World Congress of Chronobiology (Sapporo, Japon), 2003.

[1717] L. Pardini, A. Trubuil, B. Kaeffer, C. Kervrann, M. Hoebeke, and C. Cherbut. 3-D analysis of biomarkers and investigation of temporal series by Quant3D, a Linux/UNIX software package. In 7th Internet World Congress for Biometrical Sciences (INABIS), Apr. 2002. 5pp.
Keywords : 3D imaging, biomarkers, confocal microscopy, epidernal Growth Factor-Receptors, fluorescent aser microscopy Linus/UNIX, Quant3D, software..

[1718] C. Pauvert, A.-L. Abraham, M. Almeida, N. Pons, M. Mariadassou, E. Achouri, S. Schbath, and P. Renault. Accurate taxonomy assignments in cheeses ecosystems via a metagenomic approach. In JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (Clermont Ferrand). INRA - U. Clermont 2, UMR 1095 GDEC Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales. Centre de recherche Auvergne-Rhône-Alpes, Clermont-Ferrand, France, juillet -06-09 2015, p. 1. poster.

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Mots-clés : régression non-linéaire, contrainte paramétrique.

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Keywords : listeria, food risk assessment.
Mots-clés : listeria, appréciation des risques alimentaires.

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Keywords : listeria, bacterian growth.
Mots-clés : croissance bactérienne.

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Keywords : listeria, bacterian growth.
Mots-clés : listeria, croissance bactérienne.

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Keywords : variability, uncertainty.
Mots-clés : variabilité, incertitude.

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Keywords : parameter estimation, SI model, structured population, individual-based model, scrapie.
Mots-clés : estimation de paramètres, modèle SI, population structurée, modèle individu-centré, tremblante.

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Keywords : automation, control, modelling, system theory, dynamic systems, fisheries management.
Mots-clés : automatique, contrôle, modélisation, théorie des systèmes, systèmes dynamiques, halieutique.

[1778] S. Touzeau and J.-L. Gouzé. Regulation of a fishery: from a local optimal control problem to an invariant domain approach. In Alcalá 1st International Conference on Mathematical Ecology (Universidad de Alcalá de Henares, Spain), Sept. 1998, p. 28. Abstract.

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Mots-clés : halieutique, dynamique des populations, modèle bio-économique, régulation, contrôle optimal, approche par domaine invariant.

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[1841] P. Warnier and C. Nédellec. Sentence filtering for bionlp: Searching for renaming acts. In BioNLP workshop associ ACL (Portland, Etats-Unis), 2011. [ .pdf ]

[1842] B. Wenden, M. Mariadassou, J. A. Campoy, J. Quero-Garcia, and E. Dirlewanger. Analyse statistique de données multisites de floraison pour le cerisier doux. In Colloque Francophone Phénologie (Clermont Ferrand - France), novembre -17-19 2015, p. présentation orale.

[1843] B. Wenden, M. Mariadassou, J. A. Campoy, J. Quero-Garcia, and E. Dirlewanger. Statistical analysis of trends in sweet cherry flowering data across europe. In 10. International Symposium on Modelling in Fruit Research and Orchard Management (Montpellier - FR), juin -02-05 2015. Présentation orale.

[1844] B. Wenden, M. Mariadassou, J. A. Campoy, J. Quero-Garcia, and E. Dirlewanger. Flowering time response to temperature in sweet cherry across europe: multi-cultivar and multi-environment analysis. In Book of abstracts : 8ème International Rosaceae Genomics Conference -RGC8 (Angers-FR), juin 21-24 2016. Présentation orale numéro S504.

[1845] B. Wenden, M. Mariadassou, J. A. Campoy, J. Quero-Garcia, and E. Dirlewanger. Statistical analysis of trends in sweet cherry flowering data across europ. In Proceedings of the XIV EUCARPIA Symposium on Fruit Breeding and Genetics, Acta Horticulturae, 1160, 2017. Communication avec actes.
Keywords : Prunus avium L. ; partial least square regression ; phenology. [ DOI ]

[1846] Q. Xue, S. Degrelle, J. Wang, I. Hue, and M. Guillomot. A hybrid segmentation framework using level set method for confocal microscopy images. In Biosignals 2008: proceedings of the first International conference on bio-inspired systems and signal processings (Funchal - Portugal), P. Encarnacao and A. Veloso (eds.), vol. 2. INSTICC, 18-31 janvier 2008, pp. 277-282.
Keywords : confocal microscopy, image segmentation, level-set, Fast Marching, Geodesic Active Contour.

[1847] Q. Xue, S. Degrelle, J. Wang, I. Hue, and M. Guillomot. A level set based hybride framework for confocal imagesegmentation. In 6th IASTED International Conference on Biomedical Engineering (Innsbruck, Austria), 13-15 February 2008.
Keywords : Image Analysis, Segmentation, Morphogenesis.
Mots-clés : Analyse d'image, segmentation, Morphogenèse.

[1848] J. Yon, N. Bareille, B. Bed'Hom, X. Berthelot, S. Combes, O. Dameron, G. Foucras, A. Journaux, F. Launay, P.-Y. Le Bail, N. Le Floc'h, M. Martignon, C. Nédellec, M.-H. Pinard Van Der Laan, E. Quillet, and M.-C. Meunier-Salaün. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé. In Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018 (Rennes -FR). INRA- book of abstracts, avril 2018, p. 68. présentation orale.

[1849] X. Y. Zhang, C. Loyce, J.-M. Meynard, and H. Monod. Identifying the combined effects of winter wheat cultivar and disease intensity on yield losses: use of a mixed model. In VIIIth European Society for Agronomy (ESA) Congress (Copenhagen, Denmark), 11-15 July 2004.

[1850] N. Ziyadi, S. Touzeau, J. P. Treuil, and H. Hbid. An individual based model of scrapie transmission within a sheep flock to estimate transmission parameters. In Marrakech International Conference & Workshop on Mathematical Biology (Marrakech, Morocco), Jan. 2008, p. 92. Abstract.

[1851] E. Zundel, J. Ménard, D. Ribaud, C. Lopez, V. Heuchel, D. Verneau, and P. Triballat, L.H.and Pardon. Risk factors associated with contamination of raw milk by listeria monocytogenes in goat dairy farms. In 16th International Symposium on Problems of Listeriosis (Savannah - USA), mars - 20-23 2007, p. 1. Poster.

[1852] A. vermeulen, J.-P. Rospars, and P. L. H. C. Turckwell. Some new results on the coding of pheromone intensity in an olfactory sensory neuron. In 3rd European symposium on Artificial Neural Networks (Brussels, Belgium), April 1995, pp. 105-110.

Manual

[1853] R. Astier, A. Bouvier, J. Coursol, J.-B. Denis, C. Dervin, E. Jolivet, E. Lesquoy, R. Tomassone, and J.-P. Vila. GENSTAT, un langage statistique, 1982. Chapitre V, Opérations sur les tables multidimensionnelles,[P-03].
Keywords : software, manual.
Mots-clés : logiciel, notice.

[1854] C. Cierco-Ayrolles, O. David, and S. Schbath-Grammagnat. Abstracts of the Eleventh European Young Statisticians Meeting, 1999.

[1855] G. Decoux and J.-B. Denis. INTERA. Logiciel pour l'interprétation statistique de l'interaction entre deux facteurs, 1991. [T097].
Keywords : interaction,software.
Mots-clés : interaction, logiciel.

[1856] J.-B. Denis, M.-L. Delignette-Müller, and R. Pouillot. rebastaba project, 2009.
Keywords : Bayesian network, simulation.
Mots-clés : réseau bayésien, simulation.

[1857] K. Kiêu, A. Moisan, F. Colin, C. Collet, F. Dessaint, V. Ginot, C. Hennequet, F. Laurens, P. Montpied, C. Ravel, B. Schaeffer, and P. Wavresky. Introduction à la décision statistique, FPStat 2. Département de biométrie et intelligence artificielle, Formation permanente, INRA, 1998.

[1858] H. Monod, O. David, J.-P. Gouet, G. Philippeau, F. Piraux, and J.-J. Schott. Alpha-plans, carrés semi-latins et autres dispositifs en répliques. Comment les utiliser ? ITCF (Boigneville, France), 2001.

Mastersthesis

[1859] K. Adamczyk. Comparaison de trois méthodes de construction d'intervalles de confiance pour les paramètres d'un modèle bilinéaire. Stage du dea modélisation statistique et stochastique, Université Parix XI (Laboratoire de Biométrie, INRA, Route de Saint-Cyr, 78026 Versailles Cedex), 1994. Encadrants : Sylvie Huet et Jean-Baptiste Denis.

[1860] B. H. M. Ali. Compr�hension de package Deal pour l'apprentissage des r�seaux bay�siens. Master's thesis, Universit� Paris-Sud 11 (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2007. Responsables: Jean-Baptiste Denis.
Mots-clés : reseaux bay�siens.

[1861] J. Amoussou. Planification d'essais vari�taux en pr�sence de comp�tition li�e � la hauteur. Rapport de stage dea de mod�lisation stochastique et statistique, Universit� Paris-Sud XI, 1996. Stage r�alis� au Laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles cedex - Co-encadrement : Herv� Monod et Olivier David.

[1862] D. Attonaty. Utilisation de spectres infra-rouges pour la calibration multivari�e des constituants de poitrine de porc. Rapport de stage de dea : Mod�lisation stochastique et statistique, option : Statistique appliqu�e, Universit� Paris XI - Orsay, 1992.

[1863] H. Azhar. D�tection et quantification d'OGM dans des semences. Stage, Universit� de Versailles (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2001. encadr� par Kobilinsky, A.

[1864] S. Beauche. �laboration d'un module recherchant des donn�es prot�omiques sur Internet : Les voies m�taboliques. Compte-rendu du stage, Institut Universitaire de Paris - Orsay, 2003. R�alis� � l'Unit� de BIA, INRA Jouy-en-Josas; encadr�e par Juhui Wang.

[1865] A. Benallou. Estimation du nombre des synapses dans un glomerule identifi� du lobe antennaire de manduca sexta par microscopie �lectronique � transmission. M�moire de dea de biophysique mol�culaire, Universit� Paris VI (Stage effectu� au laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex), 1993. Responsables : Patrick Barry,Station de Zoologie, ki�n ki�u, et Jean-Pierre Rospars, Laboratoire de Biom�trie.

[1866] J. Bertrand. Index de S�lection. M�moire de fin d'�tudes, E.N.S.A. Rennes (S.A. STUDLER), 1971.

[1867] D. Blanchard. Modélisation du risque sanitaire en grande culture à l'échelle régionale par une approche bayésienne. Stage, Université Nice - Sophia Antipolis (INRA, UR0341 MIA, F-78350 Jouy en Josas, France), 2012. encadré par Hervé Monod.

[1868] L. Capitant. Calage et validation d'un mod�le de croissance de gramin�es fourrag�res. Stage de dea de statistique, Universit� de Paris Sud (Stage r�alis� : INRA (Bioclimatologie Avignon), SEPF (Lusignan), SAD (Versailles)), 1994. Responsables : Nadine Brisson (Avignon), Fran�ois Gastal (Lusignan), Anne Mathieu (Versailles).

[1869] M. Chadeau. Prédiction précoce d'épidémies dans des populations de taille limitée : Modèles SIR pour des populations fermées. Mémoire ingénieur, ENITIAA, 2000. Stage à l'Unité de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

, V. Chauvensy. Élaboration d'un test pour la détection d'OGM non autorisés. Rapport de stage dess mathématiques appliquées, Université de Rennes, 2003. Responsable : André Kobilinsky, Unité de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1871] V. Chauvensy. Détection d'un OGM non autorisé par l'approche differentielle en PCR quantitative temps réel. Rapport de stage dea de statistique, Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), 2004. Responsables : Yves Bertheau, Unité MDO, INRA Versailles et André Kobilinsky, Unité BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1872] M. Chazal. Recherches Sur Le Rythme d'Activit� Nycthemerale Chez La Truite Commune Salmo Trutta L. M�moire de troisi�me ann�e, I.N.A. -Sp�cialisation Ecologie Appliqu�e (I.N.R.A. Centre de Recherches Hydrobiologiques de St. P�e/Nivelle - Laboratoire d'Ecologie des Poissons et d'Am�nagement des P�ches), 1979.

[1873] J.-M. Chesnais. Etude de la Valorisation des Canards de Barbarie Males par la Production du Fois Gras. M�moire de fin d'�tudes, Ecole Sup�rieure d'Ingenieurs et Tecnhiciens Pour l'Agriculture (SANDERS � Juvisy-sur-Orge), 1974. Responsable : M. Auffray.

[1874] F. Chevauchet. Application de m�thodes de statistique spatiale pour d�crire et simuler un paysage agricole. Rapport du stage de fin d'�tudes, �cole Nationale de la Statistique et de l'Analyse de l'Information Rennes, 2004. R�alis� dans Unit� de Math�matiques et Informatique Appliqu�es. INRA de Jouy-en-Josas - Encadrants : Katarzyna Adamczyk et Herv� Monod.

[1875] A. Christine. Comparaisons d'Estimateurs Quadratiques Invariants des Composantes de la Variance - Application au mod�le hi�rarchique � 2 niveaux. M�moire de d.e.a. de statistique, Universit� de Paris Sud - Orsay (Laboratoire de Recherches de la Chaire de Statistique et Informatique de l'E.N.S.A. de Rennes), 1980. Responsable : Monsieur Jean-Pierre Masson.

[1876] F. Claeys. Hétérogénéités temporelle et spatio-temporelle dans un modèle de dynamique adaptative. Mémoire de Master 1 en Biologie, Ecole Normale Supérieure - Département de Biologie (Paris), 2011. Stage réalisé dans l'UR341 MIA, INRA Jouy-en-Josas - Responsables : Hervé Monod et Julien Papaïx.
Mots-clés : dynamique adaptative, hétérogénéité, spécialisation, pathogènes, branchement évolutif.

[1877] A. Daniel. Analyse et programation en R de m�thodes de planification et d'�chantillonnage pour l'exploration num�rique de mod�les par simulation. Master 2 algorithme, mod�lisation, images, Universit� Paris 13 (Villetaneuse), 2011. Stage r�alis� dans l'Unit� de MIA, INRA Jouy-en-Josas - Responsable : Herv� Monod.

[1878] A. Delaveau. Contribution � l'�tude du comportement alimentaire du Lapin en croissance. Essais d'interpr�tation par analyses multidimensionnelles. M�moire de fin d'�tudes, A.S.I.T.P.A - Paris (Centre National de Recherches Zootechniques de Jouy en Josas), 1974.

[1879] J.-B. Denis. Interaction entre deux facteurs. Master's thesis, INAPG, Paris, France, 1983. Thèse de docteur-ingénieur [T089].
Keywords : interaction, review.
Mots-clés : interaction, revue.

[1880] S. Doyran. Etudes sur la lutte chimique raisson�e vis �vis de l'Aleurode des serres : Trialeurodes Vaporariorum West. M�moire de fin d'�tudes, Ecole National Superieure Agronomique de Rennes (INRA Versailles : Faunistique Ecologique), 1978. Responsable : M. della Giustina.

[1881] C. Duffau. �tude et programmation des mesures de non lin�arit� dans le mod�le de r�gression non lin�aire. Applications � la microbiologie pr�visionnelle. Rapport de stage : Ma�trise d'ing�nierie math�matique, sp�cialit� : Mod�lisation statistique, Universit� Paris-Sud 11, 2004. R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas - Encadr�e par Jean-Pierre Gauchi.

[1882] L. Dusserre. Analyse lin�aire discriminante - Etude de quelques probl�mes pratiques. M�moire pour le dipl�me d'etudes et de recherches en biologie humaine, Universit� de paris VI - Facult� de M�decine Piti�-Salp�tri�re (D�partement de Biomath�matiques du Centre Hospitalier et Universitaire Piti�-Salp�tri�re -Paris), 1974. Responsable : Professeur F. Gremy.

[1883] L. Fran�ois. Analyse statistique de donn�es de type m�tag�nomique et r�gression PLS. rapport de projet de fin d'�tudes : Master math�matiques appliqu�es aux sciences sociales, Universit� Sophie Antipolis (Nice), 2008.

[1884] M. Frereux. M�thodes de d�dection de g�nes soumis � s�lection. Rapport de stage, Universit� Ren� Descartes - Paris V (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2006. Encadrant : Olivier David.

[1885] Y. Fu. M�thodes d'int�gration pour le calcul des flux de g�nes entre parcelles dans un paysage agricole. Rapport de stage - groupe 9, 2�me ann�e, �cole Centrale de Nantes, 2005. R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas - Encadrants : Herv� Monod et Ki�n Ki�u.

[1886] P. Gasqui. XNL interfase graphique X Window pour l'analyse de donn�es dans un mod�le de r�gression Non Lin�aire. M�moire pour obtenir le dipl�me d'ingenieur c.n.a.m. - sp�cialit� informatique, Conservatoire National des Arts et Metiers - Paris (INRA : Laboratoire de Biom�trie de Jouy en Josas), 1993.

[1887] J.-P. Gauchi. Régression logistique: analyse des données et informatique. Master's thesis, CNAM (Paris, France), 1990.

[1888] A. Grimaud. Développement d'une approche de maximum de vraisemblance pour analyser le déterminisme génétique du contrôle des appariements chez des formes haploïdes de colza. Rapport de stage de dea de statistique et modèle aléatoires en Économie et finance, Universités Paris VII et Paris I, 2001. Stage réalisé dans l'Unité de BIA, INRA Jouy-en-Josas - Responsables : Sylvie Huet et Hervé Monod.

[1889] J. Guerif. Caracteristiques Physiques et Techniques des Terroirs Maraichers du Vaucluse : Recherche d'une orientation pour l'�tude de la physique des sols calcaires. M�moire de fin d'�tudes, ESITPA section sup�rieure - Paris 5 (Station de Science du Sol du Centre de Recherches Agronomiques du Sud-Est (Avignon-Montfavet)), 1974. Responsable : G. Monnier.

[1890] D. Guerniou. Document p�dagogique illustrant la mise en oeuvre des m�thodes d'analyse des donn�es sur Splus. Stage effectu� � l'inra de jouy-en-josas, laboratoire de biom�trie, Institut Universitaire de Technologie Vannes, 1995. encadrants Claire Chabanet et Patrick Guasqui.

[1891] R. Guy. Comparaison de mod�les pour l'estimation de param�tres en �pid�miologie. Master recherche m2, Ecole Normale Sup�rieure de Cachan (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2008. Responsables : Catherine Lar�do et Elisabeta Vergu.

[1892] L. Humblot. Etude sur les carres Latins. Latins orthogonaux. Etude de Blocs incomplets equilibres (BIBD) -M�thodes de construction. Master's thesis, Universit� de Montpellier - Facult� de Sciences (R�alis� dans le Laboratoire de Biom�trie, INRA Jouy-en-Josas), 1967.

[1893] J.-B. Jamin. D�veloppement d'une interface graphique pour un logiciel de visualisation & analyse d'images 3D. Rapport de stage, Universit� de Franche Comt�, 2002. Stage r�alis� dans l'Unit� de BIA, INRA Jouy-en-Josas - Encadr� par Alain Trubuil.

[1894] A. Julien. R�daction de documents p�dagogiques illustrant la mise en oeuvre du mod�le lin�aire. Rapport de stage, Institut Universitaire de Paris, 1994. Stage r�alis� au laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex.

[1895] F. Z. Kadaoui. M�thodes d'analyse de sensibilit� et de statistique pour l'�valuation de mod�les de flux de g�nes dans un paysage agricole. Master 2�me ann�e professionnel - sp�cialit� ing�nierie math�matique pour les sciences du vivant - parcours statistique et image pour la biologie, Universit� R�n� Descartes - Paris V (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2006. Responsable du stage : Herv� Monod and Fr�d�rique Angevin. Responsables du master : Valentine Genon-Catalot and Fabienne Comte.

[1896] M. Kassa. Mod�lisation de parcellaires agricoles. M�moire de stage, G�nie Math�matique - INSA de Rennes (INRA, UR1404- MaIAGE, 78350 Jouy en Josas, France), 2018. encadr� par Katarzyna Adamczyk.

[1897] K. Kiêu. Étude de la répartition spatiale de phénomènes de fatigue des sols d'aspergeraies. Rapport de stage, DEA de statistiques et modèles stochastiques, université Paris XI, 1987.
AMS Keywords: 62-xx,62Mxx,62M05,62M30.
Mots-clés : statistique spatiale, processus de Markov, pseudo-vraisemblance.

[1898] L. Kuchto. Analyse statistique de données protéomiques et régression PLS. Rapport de stage du DESS MASI, Université de Bretagne-Sud, 2003. Stage réalisé dans l'Unité BIA, INRA Jouy-en-Josas - Encadrement : Alain Trubuil.

[1899] L. Lamarche. Etude de la Liaison entre la Morphologie et l'Aptitude au Saut d'Obstacles chez le Cheval de Sport. M�moire de fin d'etudes, Ecole Sup�rieure d'Ing�nieurs et Techniciens Pour l'Agriculture (ESITPA) - Le Vaudreuil (INRA Station de G�n�tique quantitative et appliqu�e - C.N.R.Z. - Jouy en Josas), 1977. Responsables : B. Langlois, C. Legault et Luce Tassencourt.

[1900] G. Lang. Estimation de la dimension de Hausdorff des trajectoires de processus Gaussiens stationnaires. Rapport de stage du dea mod�les al�atoires et statistiques, Universit� Paris XI - Orsay, 1990. Propos� par Jean-Marc Aza�s, Laboratoire de Biom�trie INRA-Versailles.

[1901] A. Lapeyre. Caractérisation d'une collection de souches d'Escherichia coli aviaires, recherche de pathotypes. Dess ingéniérie de la statistique, Université de Versailles Saint-Qentin-en-Yvelines (CNAM), 2000. Stage réalisé dans l'Unité de BIA, INRA Jouy-en-Josas - Co-encadrement : B. Schaeffer et M. Dho-Moulin.

[1902] C. Larédo. Étude d'un problème de diffusion d'ions à travers une membrane. Rapport de D.E.A. d'analyse numérique, Université Paris-Sud, 1975. Stage effectué avec Y. Cherrualt (Paris V) et P. Nelson (C.E.A.).

[1903] C. Larédo. Étude de la sélectivité à l'orientation des cellules du cortex visuel du chat. Rapport de D.E.A. de statistiques, Université Paris XI, 1978. Stage effectué avec Y. Fregnac au Collège de France, Laboratoire de Neurophysiologie de M. Imbert.

[1904] I. Laurent. Detection des plantes malades par la methode Elisa. Stage r�alis� dans l'unit� de mia, inra jouy-en-josas, Universit� Paris 11, 1989. encadr� par : Kobilisky, A.

[1905] M. Lemdani. Estimation du Mode d'Une Densit� Unimodale Par Un Crit�re de Minimum de Distance. Rapport de stage - d.e.a. de statistiques et mod�les al�atoires, Universit� (R�alis� dans le Laboratoire de Biom�trie, INRA Jouy-en-Josas), 1990. Responsable : OP.

[1906] N. Loureiro. Analyse de grands dispositifs agronomiques par des m�thodes spatiales : mod�lisation et comparaison de logiciels. Master's thesis, Universit� Versailles Saint-Quentin en Yvelines, 2001. Stage r�alis� sous la direction d'Herv� Monod dans l'Unit� de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1907] J. Maillet. Pr�sentation d'algorithmes de recherche de plans optimaux. Stage, CNAM/UVSQ (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 1999. encadr� par Gauchi, J. P. et Kobilinsky, A.

[1908] P. Maillet. Suivi de chromosomes lors de la mitose. Rapport de stage du DEA MLVA, ENS Cachan, 2001. Stage réalisé dans l'Unité BIA, INRA Jouy-en-Josas - Encadrement : Alain Trubuil.

[1909] A. Manoury. Modelling and simulation of protein digestion in the gastro-ileal compartment. Stage, University Paris-Sud (INRA, UR0341 MIA, F-78350 Jouy en Josas, France), 2014. encadré par Béatrice Laroche.

[1910] P. Martin. Etude de la "Stabilit�" d'un Substrat synth�tique de la Pr�sure. Etude de l'Influence de la Nature des Prot�ines Alimentaires sur la S�cr�tion des Prot�ases Gastriques par le Veau Pr�ruminant. M�moire en vue d'obtention du dipl�me d'agronomie approfondie, E.N.S.A. Rennes (INRA : laboratoire de Recherches sur les Prot�ines - Jouy en Josas et INRA : Laboratoire de Recherches de Technologie Laiti�res - Rennes), 1974. Responsables : J. L.Maubois et B. Ribadeau Dumas.

[1911] S. Mialocq. Comparaison de m�thodes de d�tection de facteurs influents pour des plans factoriels. Stage de 2�me ann�e isup, r�alis� au laboratoire de biom�trie, inra, route de saint-cyr 78026 versailles cedex, Universit� Paris VI : fili�re Industries et Services, 1994. Responsables : Christine Durier et Herv� Monod.

[1912] H. Monod. Application des m�thodes de planification exp�rimentale aux techniques de dosage ELISA. M�moire pour obtention du dipl�me d'agronomie approfondie - sp�cialit� biom�trie, INRA (INRA Paris Grignon), 1986. Responsable : Andr� Kobilinsky.

[1913] S. Moutaouagad. Application d'un algorithme � filtrage particulaire pour l'inf�rence statistique de donn�es �pid�miques. Rapport stage deuxi�me ann�e, ISUP : Universit� Pierre Marie Curie (INRA, UR0341 MIA, F-78350 Jouy en Josas, France), 2012. encadr� par Elisabeta Vergu et Catherine Lar�do.
Mots-clés : Mod�le de Markov cach�, estimation param"trique, filtrage particulaire, processus de sauts, mod�le SIR, dynamique �pid�mique.

[1914] J.-D. O. N'Gono. Essais sur la Nutrition Nitrique et Nitrique-Ammoniacale - Incidence du C1Na en exces. M�moire pour le dea de physiologie vegetale, Universit� de Paris VII - U. E. R. de Biologie et G�n�tique (INRA Centre de Versailles - Laboratoire d'Etude du M�tabolisme interm�diaire et de Nutrition min�rale), 1979.

[1915] R. Narci. Analyse de sensibilit� sur des mod�les � sorties dynamiques. M�moire de stage, Universit� Paris Sud- Saclay (INRA, UR1404- MaIAGE, 78350 Jouy en Josas, France), 2016. encadr� par Herv� Monod, Marie-Luce Taupin et Caroline Bidot.

[1916] C. Naud. Comparaison de m�thodes d'analyse de sensibilit� pour des mod�les agronomiques. M�moire du dea de statistiques et mod�les al�atoires en �conomie et finance, Universit�s Paris I et Paris VII, 2003. Stage r�alis� sous la direction d'Herv� Monod dans l'Unit� de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1917] M. Olivier. Mod�les agrom�t�orologiques lin�aires de pr�vision de rendements : �tude des conditions d'emploi et des possibilit�s d'extension sur une vari�t� de bl� cultiv�e en station exp�rimentale. M�moire de fin d'�tudes, �cole Nationale Sup�rieure Agronomique - Montpellier, 1977.

[1918] F. Ouradou. Plans d'exp�riences agronomiques avec comp�tition et mod�lisation spatiale : une approche par simulation. M�moire de dea, Universit� Paris IX Dauphine (Stage effectu� au laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex), 1995. Ma�tre de stage : Herv� Monod.

[1919] C. Peres. Mod�lisation semi-markovienne du processus des cas cliniques et estimation param�trique des probabilit�s de contamination pour une maladie SEIR dans une grande population de branchement � deux classes d'�ges. Application � l'ESB. Rapport de stage du dess msb, Universit� Ren� Descartes Paris 5, 2004. R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas - Responsable de stage : Christine Jacob et Laurence Maillard-Teyssier.

[1920] K. Perraud. Exploitation de m�thodes d'analyse de sensibilit�. Applications � des mod�les agronomiques. Rapport de stage du dess de math�matiques et statistiques pour la biologie, Universit� Ren� Descartes Paris 5, 2004. R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas - Responsable de stage : Herv� Monod.
Mots-clés : Analyse de sensibilit�, intervalles d'incertitude, plans d'exp�riences, analyse de la variance, analyse en composantes principales, mod�le dynamique, AZODYN, GeneSys, d�composition de Fourier, FAST..

[1921] J. L. et Philippe Gantois. Transmission du caract�re Spur chez les Vari�t�s de pommier starking delicious et golden delicius. M�moire de fin d'etudes pour obtention du titre d'ing�nieur en agriculture, Institut Sup�rieur d'Agriculture de Lille (INRA - Station d'Arboriculture Fruti�re d'Angers), 1972. R�sponsable : M. Decourtye.

[1922] S. Pietrin. Comparaison des deux proc�dures Planor et Gosset pour la construction de plans d'exp�riences factoriels. Stage de dea : Mod�lisation stochastique et statistique, option : Statistique appliqu�e, Universit� Paris XI - Orsay (Stage r�alis� au laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex), 1994. Responsable : Andr� Kobilinsky.

[1923] E. Ranisavljevic. Etude et programmation de l'analyse de sensibilit� globale bas�e sur une approche s�quentielle des polyn�mes des chaos creux. Rapport de stage -deuxi�me ann�e d'ingenieur informatique, Ecole Internationale des Sciences du traitement de l'information - Pau (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2010. Responsable : Jean-Pierre Gauchi.
Mots-clés : polyn�mes de chaos, analyse de sensibilit�, plus optimaux.

[1924] �milie Redon. �tude de la dissemination des graines de colza par un mod�le log-lin�aire. Rapport de stage, 3�me ann�e d'iup, Universit� de Marne-la-Vall�e, 2002. R�alis� � l'Unit� de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1925] J. V. P. Reverter. Estimacion Sesgada En El Modelo Lineal : Un enfoque Bayesiano. Master's thesis, Universidad Complutense de Madrid - Facultad de Matematicas (Madrid), 1980. Responsable: Maria Pilar Ibarrola Y Munoz.

[1926] T. Romary. Impact de la structure d'un paysage sur les flux de g�nes entre parcelles, approche par des m�thodes d'analyse de sensibilit� de mod�le. Rapport de stage, master 2�me ann�e recherche math�matiques, option statistique, 2005. R�alis� � l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas; encadrants par Claire Lavigne et Herv� Monod.
Mots-clés : Analyse de sensibilit�, MAPOD, flux de g�nes, fonction de dispersion, simulation de paysage, d�composition de Sobol, �chantillonnage Winding stairs, m�thode FAST, plans d'exp�riences, analyse de variance.

[1927] H. Romdhani. Estimation de Mod�les Graphiques Gaussiens : �tude et comparaison d'algorithmes. Master's thesis, LEGI-EPT-ESSAI, Universit� 7 novembre � Carthage, Tunis (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2007. Responsables: Sylvie Huet, Dhafer Malouche.
Mots-clés : Mod�les Graphiques Gaussiens, Ind�pendance conditionnelle, Coefficient de corr�lation partielle, Propri�t�es de Markov, Faithfulness..

[1928] J.-S. Rossi and E. Fazi. Reconstitution graphique en deux dimensions de lobes antenaires d'insecte � partir de coupes seri�es num�ris�es. Rapport de stage : C4 d'informatique appliqu�e, Universit� de Paris XI - Orsay, 1988. encadr� par Jean-Pierre Rospas au Laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex.

[1929] A. Sahli. M�thodes de proximit�. Application � des donn�es foresti�res. Rapport de stage de dea : Mod�lisation stochastique et statistique, option : Statistique appliqu�e, Universit� Paris XI - Orsay (Stage effectu� au laboratoire de Biom�trie, INRA, Route de Saint-Cyr 78026 Versailles Cedex), 1993.

[1930] J. Schohn. Analyse statistique de l'expression d'un transg�ne dans diff�rents contextes g�n�tiques de ma�s. M�moire de fin d'�tudes DESS m�thodes statistiques et num�riques, Universit� de Marne-la-Vall�e, 2003. Stage effectu� au sein du Groupe d'�tude et de contr�le des Vari�t�s et des Semences (GEVES) du Magneraud et de l'Unit� de Recherche de Biom�trie et Intelligence Artificielle de l'INRA de Jouy-en-Josas - Responsables : Sylvie Huet et Herv� Monod.

[1931] S. Sevestre. Segmentation d'images textur�es selon l'algorithme de Cohen et Cooper. Stage de dea, Universit� de Paris XI - Orsay, 1989.

[1932] B. B. Slimane. Gestion des d�chets chimiques pour la sauvegarde de l'environnement. Rapport de stage : Dipl�me d'�tudes sup�rieures, Universit� Paris VII, 1989. Centre de Recherches de Jouy-en-Josas.

[1933] A. Thouin. Calvados : un Langage pour commander les Calculs permettant de Valider et d'Analyser des Donn�es par les m�thodes Statistiques usuelles. M�moire pour le dipl�me d'etudes et de recherches en biologie humaine, Universit� de Paris VI - Facult� de M�decine Piti�-Salp�tri�re (D�partement de Statistique de Centre de Calcul des Facult�s de M�decine -Paris), 1972. Responsable : Professeur Gremy.

[1934] A. Vermeulen. Mod�lisation biophysique du neurorecepteur olfactif. M�moire de dea de sciences cognitives, Institut National Polytechnique de Grenoble, 1993. Responsables de stage : J. H�rault, Laboratoire TIRF INP de Grenoble et J.-P. Rospars, Laboratoire de Biom�trie INRA de Versailles.

[1935] M. Vernet. Etude et mise en place d'une base de donn�es de s�quences cDNA d'Arabidopsis thaliana. M�moire en vue d'obtenir le dipl�me d'ing�nieur cnam en genie informatique, Conservatoire National des Arts et M�tiers - Centre R�gional Associ� de Toulouse (INRA - Station de Biom�trie - Toulouse), 1994. Responsable : Marie-Fran�oise Jourjon.

[1936] S. Ye. Identification d'Unit�s Taxonomiques � partir de s�quences d'ADN. Master 2 recherche mod�lisation al�atoire, Universit� de Paris I (R�alis� dans l'Unit� MIA, INRA Jouy-en-Josas), 2006. Responsables : Catherine Lar�do, Fr�deric Austerlitz.

Misc

[1937] I. Albert, J. Rousseau, and J.-B. Denis. Calcul de postériore par programmation r d'un algorithme MCMC et comparaison avec WinBugs : application au modèle campylobacter-poulet, 26 avril 2007. Rapport interne, [T201].
Keywords : MCMC, algorithm.
Mots-clés : MCMC, algorithme.

[1938] A. M. Chèvre, H. Darmency, J. M. Deragon, S. Huet, E. Jenczewski, C. Larédo, C. Lavigne, J. Lecomte, A. Messéan, M. Renard, and C. Sausse. Évaluation des flux de gènes de colza dans les agrosystèmes, au sein de l'espèce et vers les sauvages apparentées, 2004. Rapport scientifique final, ACI "Impact des OGM" 1999-2003 : pp. 27-35.
Mots-clés : colza, modélisation.

[1939] M.-L. Delignette-Muller, M. Cornu, R. Pouillot, and J.-B. Denis. Use of Bayesian inference in risk assessment: application to Listeria monocytogenes growth in cold-smoked salmon, 28-30 june 2004. poster to the Cost Action 920 meeting, Pamplona, Spain: workshop on data needs in risk assessment [T187].
Keywords : food risk assessment, salmon, listeria, Bayesian.
Mots-clés : appréciation des risques alimentaires, saumon, listeria, bayésien.

[1940] J.-B. Denis, G. Ermel, and M. Federighi. Quantitative risk assessment : modelling and estimating the probability of prevalence in broiler chikens for Campylobacter jejuni, before and after the slaughterhouse step, in France. Conference proceedings of Predictive Modelling in Foods 4th, June 15-19 2003. Conference proceedings of Predictive Modelling in Foods 4th (Quimper). poster [T178].
Keywords : prevalence, campylobacter, broiler.
Mots-clés : prévalence, campylobacter, poulet.

[1941] J.-B. Denis and M. Ritz. Notions de base utiles en modélisation stochastique de phénomènes complexes, 26 août 2005. notes destinées aux étudiants biologistes proposées sur le ouèbe [T193].
Keywords : statistics, probability, modelling, randomness.
Mots-clés : statistique, probabilité, modélisation, aléatoire. [ .pdf ]

[1942] K. Kiêu, J.-P. Rospars, M. Hoebeke, J. Istas, C. Larédo, and A. Trubuil. Rapport d'activités, équipe Stéréologie et Image, département de biométrie, inra, 1996.

[1943] C. Larédo, O. David, and A. Garnier. Inference for partially observed multitype branching processes and ecological applications. arXiv:0902.4520v1, 2009. arXiv:0902.4520v1. [ http ]

[1944] C. Larédo. Inference for partially observed markov processes and applications, March 29 2010 2010. Invitation.

[1945] C. Larédo. Statistical problems for stochastic volatility models, Jan. 2000.

[1946] C. Lavigne, F. Angevin, K.Adamczyk, M. Benoit, N. Colbach, E. Klein, M. L. Bail, F. L. Ber, J. F. Mari, A. Messéan, J. M. Meynard, C. Mignolet, H. Monod, and C. Sausse. Modélisation de la dispersion de transgènes à l'échelle de paysages agricoles, octobre 2006.

[1947] C. Lavigne, C. Larédo, X. Foueillassar, J. Champolivier, J. Pierre, and M. Renard. Effet d'une discontinuité du couvert végétal sur la dispersion efficace du pollen, 1999. Séminaire de Restitution des Résultats de l'AIP INRA "OGM et Environnement" 1998-99 : pp. 18-21.

[1948] N. Miconnet, M. Cornu, J.-B. Denis, and L. Rosso. Distribution d'incertitude d'une proportion, 2-6 juin 2003. Communication aux XXXVèmes journées de statistiques, Lyon, France [T175].
Keywords : uncertainty.
Mots-clés : incertitude.

[1949] H. Monod, J.-J. Schott, O. David, and B. Schaeffer. évaluation de l'efficacité de dispositifs expérimentaux en blocs incomplets : application aux essais variétaux sur tournesol, 1999. Rapport final de la convention MAP-GEVES 96-23, 18pp.

[1950] H. Monod, J.-J. Schott, O. David, and B. Schaeffer. Évaluation de l'efficacité de dispositifs expérimentaux en blocs incomplets : application aux essais variétaux sur tournesol, 1999. Rapport final de la convention MAP-GEVES 96-23, 18pp.

[1951] R. Pouillot, P. Beaudeau, J.-B. Denis, M. Eliaszewicz, and F. Derouin. Modelling the risk of Cryptosporidium parvum infection through drinking tap-water. A pragmatic approach., 29 January 2003. Poster at the Cryptosporidium parvum meeting, The Grand Hotel, Malahide, Dublin [T174].
Keywords : cryptosporidium, food risk assessment.
Mots-clés : cryptosporidium, appréciation des risques alimentaires.

[1952] Y. Rozenholc, V. Emeriau, and C. Larédo. Caractérisation des variétés de colza cultivées à Selommes jusqu'en 2000 à l'aide d'arbres de classification, 2002. Séminaire de restitution de l'appel d'offres INRA-MENRT "OGM-Environnement" 2001-2002.

[1953] J. Vaillant, J.-B. Denis, and J.-P. Rospars. Pratique de l'échantillonnage. Notions de base et illustrations. Document interne Unité de Biométrie, INRA Versailles, 1990. Document interne Unité de Biométrie, INRA Versailles. 88 pp. Diffusé dans plusieurs départements. 1ère édition 1989.

[1954] J. Wang, C. Caron, M. Y. Mistou, and A. Trubuil. PARIS: un système de gestion et d'intégration de ressources protéomiques, Juin 2004. Communication orale dans la Journée: Bioinformatique et Protéomique Subcellulaire de la SFEAP.
Keywords : Data Management, Proteomics.

Phdthesis

[1955] K. Adamczyk. Analyse des expériences factorielles sans répétition. Thèse de Docteur en Sciences, Université Paris-Sud (Orsay), 1997.

[1956] G. Andr i Leroux. La signalisation cellulaire vue par une Ser/Thr Protein kinase chez mycobacterium tuberculosis, une Protein Tyrosine phosphatase chez le virus Orf ou par le PSGR un r i cepteur olfactif humain de la famille des GPCRs. Hdr, Universit i Paris Diderot Paris 7 (INRA, UR 1077 JOUY UR MIG Unit i de recherche Math i matique, informatique et g i nome. Centre de recherche de Jouy-en-Josas.), 2014. Sp i cialit i Biologie Structurale.

[1957] G. André-Leroux. La signalisation cellulaire vue par une Ser-Thr Protein kinase chez mycobacterium tuberculosis, une Protein Tyrosine phosphatase chez le virus Orf ou par le PSGR un récepteur olfactif humain de la famille des GPCRs. Hdr, NRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. Centre de recherche de Jouy-en-Josas (Jouy-En-Josas, France), 2015.

[1958] G. Beaunée. Modélisation mécaniste multi-échelles de la propagation de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis pour évaluer des stratégies de maîtrise régionales. grade de docteur d’oniris, Ecole Nationale Vétérinaire Agroalimentaire et de l'Alimentation Nantes Atlantique (INRA, UR 1404 Unité de recherche Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement- MAIAGE Centre de recherche de Jouy-en-Josas, Jouy-En-Josas, France.), 2015. Vergu.

[1959] I. Bechar. Analyse spatio-temporelle de séquences d'images issues de la video-microscopie de fluorescence 3D+T. Thèse de Doctorat, Université René Descartes, Paris V , Mathématiques Appliquées : Spécialité Traitement d'images, 2007. Directeur : Christine Graffigne, MAP5, Univ. Paris V et co-encadrant : Alain Trubuil. [ .pdf ]

[1960] A. Bensadoun. Modélisation des flux de gènes par approches Bayésiennes. Application à l’aide à la décision pour la coexistence de cultures OGM et non OGM. Doctorat -spécialité sciences du vivant, Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement -Ecole doctorale: ABIES Agricultue, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé Paris (INRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. Centre de recherche de Jouy-en-Josas, Jouy-En-Josas, France.), 2015. Monod.

[1961] N. Breton. Prédiction des structures secondaires séquentiellement optimales de l'ARN. Thèse d'informatique fondamentale, Université de Marne-la-Vallée, 1998. Stage à l'unité de BIA, INRA Jouy-en-Josas.

[1962] H. Chiapello. Analyse comparée de l'usage des codons dans les génomes de plantes. PhD thesis, Université Paris 6, 1999.

[1963] V. Foucteau. Méta-analyse statistique: intégration de trois réseaux d'expérimentation pour améliorer l'efficacité de la sélection des variétés de tournesol. Thèse de Doctorat, INAPG, 2001. Directeurs : Claire Baril et Jean-Baptiste Denis.
Mots-clés : France, variétés, inscription, recommandation, réseaux expérimentaux successifs, tournesol, interaction génétypeXenvironnement, régression factorielle, covariables climatiques, modèles biadditifs, composantes de la variance, approche baysienne, méta-analyse, données manquantes.

, J. Garnier. Etude cinetique de la proteolyse par la presure de la caseine Kappa. Grade de docteur es sciences physiques, Fa Faculte de sciences de l'Uiversite de <paris (Paris), 1962. Directeur de thes: M. Mocquot - INRA.

[1965] J.-P. Gauchi. Contribution à l'étude et au calcul de critères de plans d'expériences optimaux pour des modèles de régression non linéaire. Thèse de doctorat, CNAM (Paris, France), 1999.
Mots-clés : Régression non linéaire, régions de confiance, plans d'experiences, d-optimalité, x-optimalié, robustesse, optimisation stochastique.

[1966] J. Giguelay. Estimation des moindres carrés d’une densité discrète sous contrainte de κ-monotonie et bornes de risque. Application à l’estimation du nombre d’espèces dans une population. Docteur en mathématiques, Université Paris Saclay (NRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. Centre de recherche Ile-de-France-Jouy-en-Josas, Jouy-en-Josas, France.), 2017. direction: Sylvie Huet.

[1967] N. Go. Modélisation de la réponse immunitaire au virus du Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (SDRPv). PhD thesis, L'Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement, 2014. Spécialité : Science du Vivant - Encadrant : Suzanne Touzeau.
Mots-clés : SDRPv; pathogène respiratoire; modèle mathématique; dynamique intra-hôte; échelle intercellulaire; réponse immunitaire (innée et adaptative); virulence de la souche; exposition; vaccination.

[1968] A. Grimaud. Modélisation stochastique et estimation de la dispersion du pollen de maïs. Estimation dans des modèles à volatilité stochastique. Thèse de Doctorat, Université Paris VII, 2005. Spécialité : Mathématiques Appliquées. Directrice : Catherine Larédo.

[1969] R. Guy. Inférence par des processus de diffusion pour des données épidemiques. Thèse de Doctorat, Université Paris Diderot - Paris 7 - Ecole Doctorale de Sciences mathémtiques de Paris centr - ED 386 (Université Paris Diderot - Paris 7), 2013. Directrice : Catherine Larédo (Unité MIA, INRA, Jouy-en-Josas).

[1970] J. Istas. Statistique des processus gaussiens statonnaires continus par méthodes d'ondelettes. Thèse de doctorat, Université Paris VII, 1992. Spécialité : Mathématiques Appliquées.

[1971] C. Jacob. Les lambrusques du pays Basque, un cadre génétique à l'étude des relations entre deux groupes de variables, et à l'élimination d'un facteur de taille dans un échantillon. Thèse de Doctorat de 3ème cycle, Université de Paris-Sud, 1978. Spécialité : Statistique.

[1972] C. Jacob. Cycles limites stochastiques et confineurs : étude mathématique, intérêt en biologie. Pour obtenir le grade de Docteur d'État ès-sciences, Université Scientifique et Médicale (Grenoble), 1987. spécialité : Mathématiques.
Mots-clés : Processus stochastiques, phénomènes aléatoires périodiques, cycle limite stochastique, confineur, estimation de période.

[1973] C. Kervrann. Modèles statistiques pour la segmentation et le suivi de structures déformables bidimensionnelles dans une séquence d'images. PhD thesis, Université de Rennes 1, Traitement du Signal et Télécommunications, 1995.

[1974] K. Kiêu. Second- and Higher-Order Stereology. Ph. D. graden i Naturvidenskab, Aarhus Universitet, 1991.
Keywords : integral geometry,geometric measures,stochastic geometry,stereology,random sets,marked point processes,moment measures,K-function,spatial correlation,interaction,estimation.
AMS Keywords: 60-xx,60D05,60Gxx,60G55,62-xx,62Gxx,62G08.
Mots-clés : géométrie intégrale,mesures géométriques,géométrie stochastique,stéréologie,ensembles aléatoires,processus de points marqués,mesures moments,fonction K,corrélation spatiale,interaction,estimation.

[1975] E. Klein. Estimation de la fonction de dispersion du pollen. Application à la dissémination de transgènes dans l'environnement. Thèse de Doctorat, Université Paris XI, Orsay, 2000. Option double : Mathématiques - spécialité Statistiques, Biologie - spécialité Écologie.

[1976] A. Kobilinsky. Décomposition de formes quadratiques en analyse des données. Pour obtenir le titre de Docteur (3ème cycle), Université Paris-Sud - Centre d'Orsay, 1979. Spécialité : Statistique.
Mots-clés : Forme quadratique, composantes principales, analyse canonique, analyse factorielle facteurs communs, facteur spécifiques, optimalité, odre, cochran Gauss-Markov, schema de dualité.

[1977] E. Kuhn. Stochastic Expectation Maximization algorithms for estimation in latent variable models: developments, analysis and applications. Hdr, Université Paris Sud -Paris 11- FRA (NRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. Centre de recherche de Jouy-en-Josas, Jouy-En-Josas, France.), 2015. espécialité : mathématiques.

[1978] N. Lalam. Estimation dans le cadre de processus de branchement taille-dépendants. Application à la PCR quantitative. Thèse de Doctorat, Université Parix XI, 2003. Spécialité : Mathématiques Appliquées. Directrice : Christine Jacob.
Mots-clés : Processus de branchement taille-dépendant, moindres carrés conditionnels, consistance, vitesse de convergence, modélisation stochastique, PCR quantitative.

[1979] M. Lamboni. Analyse de sensibilité pour les modèles dynamiques utilisés en agronomie et environnement. Thèse de Doctorat, AgroParisTech, Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement (Paris), 2009. Spécialité : Statistique Mathématique - encadré par Hervé Monod (UR341 MIA, INRA Jouy).

[1980] C. Larédo. Quelques études asymptotiques en dynamique des populations. Thèse de Doctorat de 3ème cycle, Université de Paris XI, 1981. Spécialité : Mathématiques Statistiques.

[1981] C. Larédo. Dynamique de populations dans l'asymptotique des grandes dévations statistiques de diffusions partiellement observées. Thèse de Doctorat ès-Sciences, Université de Paris Sud - Orsay, 1987. Spécialité : Mathématiques.
Keywords : Processus de branchement spatial, dynamique de populations, grandes déviations, processus de diffusion, temps d'atteinte, minimum de contraste, exhaustivité.
AMS Keywords: 60Jxx,60,J60,60J80, 62Fxx,62F12, 92Axx,92A15, 60Fxx,60F17,62M05.

[1982] D. Legland. Morphologie de structures cellulaires biologiques partiellement observées par imagerie 3D. Thèse de Doctorat, Université Paris V, 2005. Discipline : Sciences de la Vie et de la Matière. Spécialité : Mathématiques Appliquées. Encadrant : Kiêu Kiên.
Keywords : 3D image analysis, stereology, non-uniform sampling, cellular materials, tomato pericarp.
Mots-clés : Analyse d'images 3D, stéréologie, échantillonnage non uniforme, matériaux cellulaires, péricarpe de tomate..

[1983] L. López-Kleine. Détermination du rôle de certaines peptidases bactériennes par inférence à partir de données hétérogènes et incomplètes. Thèse de Doctorat, Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement, AgroParisTech, 2008. Spécialité : Biologie et Statistiques Appliquées - Encadrant : Alain Trubuil.

[1984] A. Lurette. Modélisation pour l'évaluation de mesures de maîtrise du portage de salmonelles chez le porc charcutier. Thèse de Doctorat, Université Rennes 1 (France), 2007. Mention : Biologie.
Keywords : modelling, Salmonella, pig, stochastic, simulation, managed population, batch management, control measures.
Mots-clés : modélisation, salmonelles, porc, stochastique, simulation, population gérée, conduite en bandes, mesure de maîtrise. [ .pdf ]

[1985] A.-P. Manine. Application de l'apprentissage à l'extraction de connaissances à partir de notices bibliographiques en génomique. PhD thesis, Thèse d'informatique de l'Université d'Orsay, 2006.

[1986] M.-L. Martin. Données de survie : 1) Prise en compte d'une erreur de mesure de la covariable. 2) Estimation non-paramétrique du risque par sélection de modèle. Application aux données d'Hiroshima. Thèse de Docteur en Sciences, Université de Paris-Sud (Orsay, France), 2001. Spécialité : Mathématiques.
AMS Keywords: 62N01, 62N02, 62G05, 62F12, 62F40, 62P10.

[1987] J. Martin. Prediction de la structure locale des proteines par des modeles de chaines de Markov cachees. Docteur de l'universite paris 7, Universite Paris 7 - Denis Diderot - Ecole Doctorale B2M (Paris), 2005. specialite : Analyse de genomes et modelisation moleculaire.

[1988] F. Massip. The Statistical Fate of Genomic DNA: Modelling Match Statistics in Different Evolutionary Scenarios. Doctorat, INRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (Centre de recherche de Jouy-en-Josas, France), 2015. Schbath.

[1989] H. Monod. Construction et randomisation de plans factoriels équilibrés pour les voisinages. Thèse de doctorat, Institut National Agronomique (Paris-Grignon, France), 1991.
AMS Keywords: 62K05, 62K15, 62K99, 05B15, 05B30, 62F35.
Mots-clés : Arrière-effets, compétition, équilibre des voisinages, mesures échelonnées, optimalité, plans d'expériences factoriels, randomisation, séquences factorielles équilibrées.

[1990] R. Muñoz Tamayo. Mathematical modelling of carbohydrate degradation in the human colon. Thèse de Doctorat, Université Paris-Sud -Ecole Doctorale Sciences et Technologies de l'Information des Télécommunications et des Systèmes (France), 2010. Encadré par: Béatrice Laroche, Kiên Kiêu et Marion Leclerc.

[1991] M. Ould Abdel Vetah. Apprentissage automatique appliqué à l'extraction d'information à partir de textes biologiques. PhD thesis, Universit Ni Paris 11, 2005.

[1992] J. Papaïx. Structure du paysage agricole et risque épidémique, une approche démo-génétique. Thèse de Doctorat, AgroParisTech (France), 2011. Spécialité : Biologie des populations et écologie. Directeur : Hervé Monod (UR341 MIA, INRA, Jouy-en-Josas) ; co-encadrant : Christian Lannou (UMR1290 BIOGER, INRA, Grignon).
Keywords : evolution, landscape epidemiology, spatial heterogeneity, specialisation.
Mots-clés : évolution, épidémiologie du paysage, hétérogénéité spatiale, spécialisation. [ .pdf ]

[1993] L. Pardini. Horloge biologique intestinale humaine: Expression spatiale et temporelle des principaux régulateurs. Thèse de Doctorat, Université de Nantes - Facutlé des Sciences et Techniques, 2004. Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. Directeur : Bertrand Kaeffer et co-encadrant : Alain Trubuil.
Keywords : Biological clock, confocal microscopy, intestine, crypt, colonocyte, imge analysis.
Mots-clés : Horloge biologique, microscopie confocale, intestin, crypte, colonocyte, analyse.

[1994] A. Perasso. Identifiabilité de paramètres pour des systèmes décrits par des équations aux dérivées partielles. Application à la dynamique des populations. Thèse de Doctorat, Université Paris-Sud (France), 2009. Spécialité : Mathématiques.
Keywords : inverse problem, identifiability, PDE, population dynamics, epidemiology.
Mots-clés : problème inverse, identifiabilité, EDP, dynamique des populations, épidémiologie. [ .pdf ]

[1995] F. Pessel. De l'origine à la dynamique des populations spontanées de colza brassica Napa. Une contribution à l'estimation et à la gestion des risques associés à l'introduction de variétés transgéniques. Thèse de Doctorat, Université Paris XI, Orsay, 2000. Coencadrée par Jane Lecomte (pour la partie expérimentations) et Catherine Larédo (pour la partie modélisation).

[1996] H. Poilleux-Milhem. (1) Tests de validation adaptatifs dans un modèle de régression. (2) Modélisation de l'effet d'une discontinuité du couvert végétal sur la dispersion de pollen de colza. Thèse de Doctorat, Université Paris XI, 2002. Spécialité : Mathématique - option : Statistique. Co-encadrement : Sylvie Huet et Cathérine Larédo.

[1997] R. Pouillot. Appréciation quantitative des risques en hygiène des aliments: développements et mises en oeuvre pour la prise en compte des recommandations internationales. Thèse de Doctorat, ED Santé Publique, Université Paris XI, discipline: biostatistique, 2006. Directeur : Jean-Baptiste Denis.

[1998] S. Pénisson. Conditional Limit Theorems for Multitype Branching Processes and Illustration in Epidemiological Risk Analysis. Thèse de Doctorat, Institut für Mathematik der Universität Potsdam, 2010. Spécialité : Mathématiques Appliquées. Encadrée par Christine Jacob.

[1999] Z. Ratkovic. Analyse pr i dicative pour l -F " extraction d " information : application au domaine de la biologie. PhD thesis, ED 268 : Langage et langues, 2014.

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[2002] S. Schbath. Deux approches mathematiques de l'analyse des genomes : Statistiques des comptages de mots et predicitons en cartographie physique. Habilitation a diriger des recherches, Universite d'Evry Val d'Essonne (Evry), 2003.

[2003] S. Sevestre. Segmentation d'images texturées. Application en agronomie. Thèse de doctorat, Université Paris-Sud Orsay, 1993. Option : Statistique Mathématique.

[2004] S. Tian. Prédiction de la composition corporelle par modélisation locale et les réseaux bayésiens. PhD thesis, ED 435 Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnements et Santé (ABIES) (INRA - AgroParisTech (Engref), UMR 0518 MIA Mathématiques et Informatique Appliquées. Centre de recherche de Versailles-Grignon, Paris, France. INRA - U. Clermont 1, UMR 1019 UNH Unité de Nutrition Humaine. Centre de recherche Auvergne-Rhône-Alpes, Saint-Genes-Champanelle, France), 2013. Directeur de thèse : Jean-Baptiste Denis.

[2005] S. Touzeau. Modèles de contrôle en gestion des pêches. Thèse de Doctorat en Science, Université de Nice - Sophia Antipolis (France), 1997. Spécialité : Sciences de l'Ingénieur.
Keywords : modelling, control theory, fishery management, populations dynamics, stage-structured model, stock-recruitment relationship.
Mots-clés : modélisation, contrôle, automatique, gestion de pêcherie, dynamique des populations, modèle structuré en stades, relation stock-recrutement. [ .pdf ]

[2006] M. Tremblay. Estimation des paramètres des modèles de culture : Application au modèle STICS Tournesol. Thèse de Doctorat, Université Paul Sabatier (Toulouse- FR), 2004. Rapporteur : Hervé Modod.

[2007] G. Trigui. Dynamique des corps lipidiques dans la graine d'Arabidopsis thaliana. PhD thesis, Université Paris-Sud -Ecole Doctorale Sciences du végétal UMR 1318, Institut Jean Pierre Bourgin, 2014. Spécialité : Biologie- Encadrant : Alain Trubuil.

[2008] A. Urbain. Etude de la dynamique de la croissance racinaire par microspectroscopie infra rouge à transformée de Fourier chez Arabidopsis thaliana. Thèse de Doctorat, Université Paris Sud - U.F.R. Scientifique d'Orsay (France), 2009. thèse faite à Versailles (1318 lJPB) en cotutelle avec MIA 518 a l'agro.
Mots-clés : segmentation de donnees multivariees, FTIR, Arabidopsis thaliana, paroi primaire. [ .pdf ]

[2009] D. Valsamou. Extraction d’Information pour les réseaux de régulation de la graine chez Arabidopsis thaliana. thèse doctorant - spécialité informatique, École doctorale sciences et technologies de l'information et de la communication, ED 580 (Université Paris Saclay - CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique, Orsay, France. INRA, UR 1404 MaIAGE Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. Centre de recherche Ile-de-France-Jouy-en-Josas, Jouy-en-Josas, France.), 2017. Pierre Zweigenbaum and Claire Nédellec.

[2010] A.-F. Viet. Propagation du virus de la diarrhée virale bovine dans un troupeau laitier : Modélisation stochastique individu-centrée pour une population structurée en groupes et d'effectif contrôlé. Thèse de Doctorat, Université de Rennes I, 2003. Mention : Biologie. Directeur : Henri Seegers, co-encadrante : Christine Jacob.
Mots-clés : Virus de la diarrhée virale bovine, modélisation, modèle stochastique, modèle individu centré, simulation, population structurée en groupes, population d'effectif contrôlé.

[2011] F. Villers. Tests et sélection de modèles pour l'analyse de données protéomiques et transcriptomiques. Thèse de Doctorat, Université Paris XI, 2007. Spécialité : Mathématique - option : Statistique. Co-encadrement : Sylvie Huet et Pascal Massart. [ .pdf ]

[2012] N. Ziyadi. Modélisation et étude de modèles mathématiques et informatiques en épidémiologie : application à la dynamique de transmission de la tremblante dans un troupeau ovin. Thèse de Doctorat, Université Cadi Ayyad, Faculté des Sciences Semlalia, Marrakech (Maroc), 2008. Spécialité : Mathématiques Appliquées. [ .pdf ]

Techreport

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[2014] I. Albert and J.-B. Denis. Dirichlet and multinomial distributions: properties and uses in Jags. Rapport Technique 2012-5, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2012.
Keywords : Dirichlet, multinomial, probability, constraints, Bayesia.
Mots-clés : Dirichlet, multinomiale, probabilité, contraintes, bayésien. [ .pdf ]

[2015] S. Allassonniere, S. Durrleman, and E. Kuhn. Bayesian mixed effect atlas estimation with a diffeomorphic deformation model. Rapport Technique 2014-2, INRA, UR0341 Mathématique Informatique Appliquées (INRA, F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2014.
Keywords : Deformable template model; atlas estimation; diffeomorphic defformation; stochastic algorithm; anisotropic MALA; control point optimization; sparsity.

[2016] C. Baey, P. H. Cournède, and E. Kuhn. Testing variance components in nonlinear mixed effects models. rapport technique 2017-1, INRA (Jouy en Josas - FR), 2017.

[2017] Y. Baraud, S. Huet, and B. Laurent. Adaptive tests of linear hypotheses by model selection (revised version). Rapport technique 2000-69, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 2000.

[2018] Y. Baraud, S. Huet, and B. Laurent. Adaptive tests of qualitative hypotheses. Rapport technique 2001-37, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 2001.

[2019] Y. Baraud, S. Huet, and B. Laurent. Tests for convex hypotheses. Rapport technique 2001-66, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 2001.

[2020] F. Basurco, J. Moro-Serrano, and J.-B. Denis. Análisis de la interacción GM multivariante en un ensayo de Eucalyptus globulus en el NO de España. Tech. rep., Cifor-Inia, Madrid, 2002. 48 pp. [T169].
Keywords : interaction, Eucalyptus.
Mots-clés : interaction, eucalyptus.

[2021] C. Bidot, J.-P. Gauchi, and J.-P. Vila. Programmation MATLAB : du filtrage non linéaire par convolution de particules pour l'identification et l'estimation d'un système dynamique microbiologique. Rapport technique 2009-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2009.

[2022] A. Blin and J.-P. Gauchi. MIAJ_RPLS_V2009_1 : Programme de régression PLS avec ou sans sélection de variables. Rapport technique 2009-1, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2009. version 2009-1.
Mots-clés : Régression PLS, Sélection de variables, programmation.

[2023] A. Blin and J.-P. Gauchi. Programmes de régression logistique PLS avec ou sans sélection de variables - nom du programme : MIAJ_PLS-PLUS_V2009_1 - Langage : MATLAB. Rapport technique 2010-2, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.

[2024] J. Boulanger, C. Kervrann, and P. Bouthemy. Space-time adaptation for patch-based image sequence restoration. Tech. Rep. 1798, IRISA (Rennes, France), 2006.

[2025] J. Boulanger, C. Kervrann, J. Salamero, J.-B. Sibarita, and P. Bouthemy. Non-parametric regression for patch-based fluorescence microscopy image sequence denoising. Tech. Rep. 6651, INRIA, 2008. [ .pdf ]

[2026] P. Buche and A. Trubuil. Projet groupe de compétence image. rapport technique, Laboratoire de Biométrie, INRA 78350 Jouy-en-Josas Cedex, 1990.

[2027] O. Cerf, P. Colin, J.-B. Denis, R. Lailler, and V. Livrelli. Contamination microbienne des préparations lactées en poudres destinées aux nourrissons et personnes âgées. Rapport technique, AFSSA (Maisons-Alfort - France), 2008.
Keywords : sakazakii, Salmonella, milk powder, sampling.
Mots-clés : sakazakii, Salmonella, poudre de lait, échantillonnage.

[2028] O. David, C. Gitton, M.-Y. Mistou, and H. Monod. Proteomic analysis of a lactic bacterium: level of replication and ANOVA. Rapport technique 2005-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (78350 Jouy-en-Josas, France), 2005. [ .pdf ]

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Keywords : Block designs, interplot competition, neighbour-balanced designs, neighbour effects, simulated annealing, variety trials.

[2030] M. Delattre and E. Kuhn. Estimating Fisher Information Matrix in Latent Variable Models. rapport technique 2017-03, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées-INRA (Domaine de Vilvert - 78352 Jouy-en-Josas-FR), 2017.
Keywords : Fisher information matrix; latent variable models; moment estimate stochastic approximation algorithm.
Mots-clés : Matrice d'information de Fisher; modèles à variables latentes; estimateur des moments; algorithme d'approximation stochastique..

[2031] M.-L. Delignette-Muller, R. Pouillot, D. Kelly, and J.-B. Denis. Use of the library fitdistrplus to specify a distribution from non-censored or censored data. Manual, CRAN, 2008. [T220].
Keywords : fitting, probability.
Mots-clés : ajustement, probabilité.

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[2033] J.-B. Denis, J. Hospitalier-Rivillon, R. Lailler, and S. Tenailleau. Contamination de coquillages marins par le virus de l'hépatite A. Recommandations pour l'amélioration de la maîtrise du risque. Rapport technique 2010-9, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire (27 av. Gén. Leclerc, 94700 Maisons-Alfort, France), 2010. [T226].
Keywords : HAV, oyster, modelling.
Mots-clés : VHA, huître, modélisation.

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Keywords : statistical tests, introduction.
Mots-clés : tests statistiques, introduction. [ .pdf ]

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Mots-clés : réseau bayésien, introduction. [ .pdf ]

[2036] J.-B. Denis. El tratamiento de datos : analisis de componentes principales, analisis factorial de correspondencias, modelo lineal multivariable. Tech. rep., Seccion de Proceso de Datos, Inia, 1976. [T120].
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Mots-clés : analyse de données.

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Keywords : interaction.
Mots-clés : interaction.

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Keywords : diallel, covariable, tensor product, square matrix, symmetrical matrix, antisymmetrical matrix, vector spaces, linear model, constrained models, matrix vectorization..
Mots-clés : diallèle, covariable, produit tensoriel, matrice carrée, matrice symétrique, matrice anti-symétrique, espace vectoriel, modèle linéaire, modèles avec contraintes, vectorisation de matrice..

[2039] M. Dinh, A. Korniienko, and G. Scorletti. Convex Hierarchical Analysis for the Performances of Uncertain Large-Scale Systems. Tech. rep., INRA, UR 1077 JOUY UR MIG Unit i de recherche Math i matique, informatique et g i nome (Centre de recherche de Jouy-en-Josas), 2014.

[2040] C. Durot, S. Huet, F. Koladjo, and S. Robin. Nonparametric species richness estimation under convexity constraint. Rapport Technique 2014-1, INRA, UR0341 MIAJ, F-78350 Jouy en Josas, France (INRA, UR0341 Mathématiques Informatique Appliquées, F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2014.
Keywords : Abundance distribution; Bootstrap; Convex abundance distribution; Least squares estimator; Nonparametric estimation; Species richness estimation. [ .pdf ]

[2041] V. Emeriau and K. Adamczyk. Base de données colza. Rapport technique 2000-5, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle - INRA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2000. Analyse retrospective sur le devenir des variétés de colza 0 et 00 dans l'environnement.
Mots-clés : colza, base de données.

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Mots-clés : bayésien, réseau d'expérimentation.

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Mots-clés : régression PLS, sélection de variables, procédés industriels.

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[2047] J.-P. Gauchi, S. Lehuta, and S. Mahévas. Analyse de sensibilité optimale sous contraintes Application à un problème halieutique II. Rapport technique 2010-5, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.

[2048] J.-P. Gauchi, S. Lehuta, and S. Mahévas. Optimal sensitivity analysis under constraints application to fisheries. Rapport technique 2010-6, INRA, Unité MIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.
Keywords : Sensitivity Analysis; D-optimality; PLS regression; Fisheries.

[2049] J.-P. Gauchi and A. Pázman. Distribution of the least squares estimator, stochastic optimization and optimum designs in nonlinear models. Rapport technique 2003-7, INRA, Unité MIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2003.

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[2051] J.-P. Gauchi. Plans d'expériences : exemples d'utilisation de la procédure FACTEX du logiciel SAS/QC (version 6.12). Rapport technique 2000-1, INRA, Unité BIA (Versailles, France), 2000.

[2052] J.-P. Gauchi. Panorama sur la planification expérimentale optimale pour des modèles de régression non linéaire. Rapport technique 2000-2, INRA, Unité BIA (Versailles, France), 2000.

[2053] J.-P. Gauchi. Évaluation quantitative de l'exposition à l'Ochratoxine A. Rapport technique 2000-3, INRA, Unité BIA (Jouy-en-Josas, France), 2000.

[2054] J.-P. Gauchi. Estimation de la répétabilité et de la reproductibilité des mesures expérimentales. Rapport technique 2000-4, INRA, Unité BIA (Versailles, France), 2000. Utilisation des procédures VARCOMP et NESTED du logiciel SAS/STAT (version 6.12).

[2055] J.-P. Gauchi. Microbiologie prévisionnelle : estimation du paramètre de croissance maximum à partir des données de l'appareillage BIOSCREEN. Rapport technique 2001-5, INRA, Unité BIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2001.

[2056] J.-P. Gauchi. Optimal planning of experiments for the CFT model. Rapport technique 2004-2, INRA, Unité BIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2004.
Keywords : Predictive microbiology, secondary models, optimal design, nonlinear regression.

[2057] J.-P. Gauchi. Optimal statistical designs for the accurate estimation of the parameters of a growth rate model for Listeria monocytogenes. Rapport technique 2005-2, INRA, Unité MIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2005. [ .pdf ]

[2058] J.-P. Gauchi. Analyse de données Finlande (I) - Etude de la résistance aux antibiotiques - Bactéries psychrotrophes dans le lait. Rapport technique 2009-7, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2009.

[2059] J.-P. Gauchi. Analyse de données Finlande (II) - Etude de la résistance aux antibiotiques - Bactéries psychrotrophes dans le lait. Rapport technique 2010-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.
Mots-clés : GLM, Analyse de données, Risques alimentaires, lait.

[2060] J.-P. Gauchi. Analyse de données Finlande (III) - Etude de la résistence aux antibiotiques - Bactéries psychrotrophes dans le lait. Rapport technique 2010-4, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.

[2061] J.-P. Gauchi. Analyse de données métagénomiques (II) Projet ANR MicroObes. Rapport Technique 2010-7, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.
Mots-clés : métagénome, sélection de variables, PLS.

[2062] J.-P. Gauchi. Analyse de données métagénomiques III -Réponse BMI : sélection de variables par PLS-BQ Projet ANR MicroObes. Rapport technique 2010-8, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2010.
Mots-clés : Métagénome,BMI, PLS-B2.

[2063] J.-P. Gauchi. Programme de sélection de variables en régression PLS1: la méthode PLS-BQ - version 2 - Langage SAS/IML. Rapport Technique R2012-1, inra, UR0341 Mathématique Informatique Appliquées, F-78350 Jouy-en Josas, France, 2012.
Mots-clés : Régression PLS, Méthode pas-à-pas, BQ, langage SAS/IML.

[2064] J.-P. Gauchi. Programme de régression PL1-PLS2 - version 2 - Langage SAS/IML. Rapport Technique R2012-2, INRA, UR0341 Mathématique Informatique Appliquées, F-78350 Jouy-en Josas, France, 2012.
Mots-clés : Régression PLS1, Régression PLS2, données manquantes SAS/IML.

[2065] J.-P. Gauchi. Global Sensitivity Analysis: The SIVIP method (SAS/IML language). Rapport Téchnique R2012-3, INRA, UR0341 Mathématique Informatique Appliquées, F-78350 Jouy-en Josas, France, 2012.
Keywords : analyse de sensibilité, régression PLS, VIP, entrées dépendantes, métamodélisation.

[2066] J.-P. Gauchi. A practical method of global sensitivity analysis under constraints. Rapport Technique 2015-1, INRA, UR1404 Mathématique Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement-F-78350 Jouy-en Josas, France, 2015.
Keywords : sensitivity indices; PLS regression; D-optimal design; aeronautics; InfraRed Signature. [ .pdf ]

[2067] C. Giraud, S. Huet, and N. Verzelen. Graph selection with GGMselect. Rapport technique 2009-4, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2009. [ .pdf ]

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[2070] S. Huet and E. Kuhn. Goodness-of-fit test for Gaussian regression with block correlated errors. Rapport Technique 2013-2, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2013. pour plus d'information, contacté les auteurs.
Keywords : goodness-of-fit test; linear hypothesis; nonparametric alternative; auto-correlated errors; mixed-effects models; bootstrap.

[2071] S. Huet and M. Martin. Estimation procedure allowing for mismeasurements of the covariate in Cox model with grouped data: a case-study of the risk of leukemia death for Hiroshima A-bomb survivors. Rapport technique 1999-84, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 1999.
Keywords : Cox model, Measurement error, Grouped survival data, Censoring, Least squares method.

[2072] S. Huet. Model selection for estimating the non zero components of a Gaussian vector. Rapport technique 2002-25, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 2002.

[2073] W. Härdle, S. Huet, M. E., and S. S. Bootstrap inference in semiparametric generalized additive models. Tech. Rep. 2000-70, University Carlos III (Madrid, Spain), 2000.
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[2077] C. Jacob, Z. Khraibani, and E. Pancheva. An extremal process approach for sporadic events. Rapport technique 2008-6, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2008. 65 pages.

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[2082] C. Jacob and B. Schaeffer. I Modélisation stochastique de la fièvre de la vallée du Rift au Sénégal - II Modélisation de la dynamique des Culex et Aedes en fonction de données climatiques. Rapport technique 2002-3, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2002.

[2083] C. Jacob and A.-F. Viet. Epidemiological modeling in a branching population with horizontal and vertical transmissions. Particular case of SIS diseases with two age classes. Rapport technique 2002-4, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2002.
Keywords : branching process, discrete time, SIS model, epidemiology, vertical transmission, horizontal transmission. [ .pdf ]

[2084] C. Jacob. Study of the probabilistic properties of a periodic autoregressive model. Rapport technique 1987-2, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 1987. RT BIA n° 25.

[2085] C. Jacob. Systèmes Dynamiques : Modélisation Déterministe ou Stochastique ? Rapport technique 1987-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 1987. RT hors série - Assemblée du département de Biométrie, Aussois.

[2086] C. Jacob. Ergodicity in periodic autoregressive models. Rapport technique 1989-1, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 1989. RT BIA n°4.

[2087] C. Jacob. Weighted least squares estimation in an explosive autoregressive process with a size-dependent branching composent. Rapport technique 1999-3, INRA, UR341 Biométrie (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 1999.

[2088] C. Jacob. Modélisation stochastique de la Fièvre de la Vallée du Rift au Sénégal. Rapport technique 2001-7, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2001.

[2089] C. Jacob. Population dynamics: modeling by branching processes or by dynamical systems? Rapport Technique 2005-7, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2005.
Keywords : Branching process, dynamical system, reproductive rate, saturation, quasistationarity, extinction, Q-PCR.

[2090] C. Jacob. Conditional Least Squares Estimation in nonlinear and nonstationary stochastic regression models: asymptotic properties and examples. Rapport technique 2008-1, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2008.

[2091] J. Josse and J.-B. Denis. Inferring biadditive models within Bayesian paradigm. Rapport Technique 2012-4, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2012. [ .pdf ]

[2092] C. Kervrann and J. Boulanger. Local adaptivity to variable smoothness for exemplar-based image denoising and representation. Tech. Rep. 5624, INRIA, 2005.

[2093] C. Kervrann and F. Heitz. A Markov random field model-based approach to unsupervised texture segmentation using local and global spatial statistics. Tech. Rep. 2062, INRIA, 1993.

[2094] C. Kervrann and F. Heitz. A hierarchical statistical framework for the segmentation of deformable objects in image sequences. Tech. Rep. 2133, INRIA, 1993.

[2095] C. Kervrann and F. Heitz. A Markov random field model-based approach to unsupervised texture segmentation using local and global spatial statistics. Tech. Rep. 752, IRISA, 1993.

[2096] C. Kervrann and F. Heitz. A hierarchical statistical framework for the segmentation of deformable objects in image sequences. Tech. Rep. 780, IRISA, 1993.

[2097] C. Kervrann, A. Trubuil, M. Hoebeke, K. Kiêu, and J.-P. Rospars. Analyse d'images en microscopie multidimensionnelle. Rapport technique, INRA, Unité BIA (Jouy-en-Josas, France), 1998.

[2098] C. Kervrann. Stochastic textural templates for object detection in images. Tech. rep., Unité de Biométrie, INRA-Jouy-en-Josas, 1999.

[2099] C. Kervrann. A level set-based morphological approach to bayesian image segmentation in confocal microscopy. Tech. rep., Unité de Biométrie, INRA-Jouy-en-Josas, 2002.

[2100] Z. Khraibani, C. Jacob, C. Ducrot, and M. Charras-Garrido. Early detection of an emerging disease based on records. Rapport technique 2008-7, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2008.

[2101] K. Kiêu and K. Adamczyk-Chauvat. Pseudolikelihood inference for Gibbsian T-tessellations. . . and point processes. Rapport Technique RT 2015-2, INRA, UR1404 Mathématique et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement, F-78350 Jouy-en-Josas, France (Centre Jouy en Josas), 2015.
Keywords : Stochastic geometry ; tessellation ; point process ; pseudolikelihood ; Campbell measure ; Kullback-Leibler divergence.

[2102] K. Kiêu and M. Mora. Stereological estimation of mean volume: precision of three simple sampling designs. Rapport technique 2005-1, INRA, Unité MIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2005. [ .pdf ]

[2103] K. Kiêu, S. Souchet, and J. Istas. Precision of systematic sampling and transitive methods. Rapport technique 1997-1, INRA, Unité BIA (Versailles, France), 1997.
AMS Keywords: 60-xx,60D05,28-xx,28Axx,28A75,62-xx,62D05,62Gxx,62G05.

[2104] K. Kiêu, W. Xiong, and A. Trubuil. Precision of systematic counts. Rapport technique 1998-1, INRA, Unité BIA (Versailles, France), 1998.
Keywords : stereology,counting,particles,systematic sampling, quadrat,variance estimation.
AMS Keywords: 60-xx,60Gxx,60G55,60D05,28-xx,28Axx,28A75,62-xx,62D05, 62Gxx,62G05.
Mots-clés : stéréologie, dénombrement, particules, échantillonnage systématique, quadrat, variance d'estimation.

[2105] K. Kiêu. Estimating a K-function for two types of particles using stereological data. Research Report 224, Department of Theoretical Statistics, Institute of Mathematics, University of Aarhus, 1991.
Keywords : stochastic geometry,stereology,spatial covariance,interaction,particle,point processes,K-function.
AMS Keywords: 60-xx,60D05,60Gxx,60G55,62-xx,62Gxx,62G08.

[2106] K. Kiêu. Three Lectures on Systematic Geometric Sampling. Memoirs 13, Department of Theoretical Statistics, Institute of Mathematics, University of Aarhus, 1997.
Keywords : stereology,volume estimation,mean squared error,transitive methods,Euler-McLaurin formula,covariogram.
AMS Keywords: 60-xx,60D05,28-xx,28Axx,28A75,62-xx,62D05,62-xx,62Gxx,62G05.
Mots-clés : stéréologie, volume, estimation, erreur quadratique, méthodes transitives , formule d'Euler-McLaurin, covariogramme.

[2107] K. Kiêu. Propositions pour le site Web du département BIA. Rapport technique 2001-3, INRA, Unité BIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2001.
Mots-clés : site Web.

[2108] A. Kobilinsky. Planor : program for the automatic generation of regular experimental designs. Rapport technique 2006-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas), 2006. [ .pdf ]

[2109] E. Kuhn, k. Goethals, C. El-Nouty, and L. Duchateau. Assessing the correlation structure in cow udder quarter infection times through extensions of the correlated frailty model. Rapport Technique R 2014-4, INRA, UR 0341 MIAJ Unité de recherche Mathématiques et Informatique Appliquées. Centre de recherche de Jouy-en-Josas, Jouy-En-Josas, France, 2014. [ http ]

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Keywords : Polymerase Chain Reaction, Size-dependent branching, Kinetic model, Conditional least squares.
AMS Keywords: 60J80, 60F12, 62P10.

[2111] N. Lalam and C. Jacob. Estimation of the offspring mean in a supercritical size-dependent branching process. Rapport technique 2001-6, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2001.

[2112] N. Lalam and C. Jacob. Estimation of the offspring mean in a supercritical or near-critical size-dependent branching process. Rapport technique 2003-4, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2003.
Keywords : Population-size-dependent branching process, Conditional least squares estimation, Consistency, Rate of convergence..

[2113] N. Lalam and C. Jacob. Estimation de l'efficacité pour une trajectoire individuelle d'amplification par PCR à partir de simulations et de données réelles. Programmes Mathematica. Rapport technique 2003-6, INRA, UR341 Biométrie et IA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2003.

[2114] M. Lamboni, D. Makowski, and H. Monod. Multivariate global sensitivity analysis for discrete-time models. Rapport technique 2008-3, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2008.
Keywords : ANOVA decomposition, Discrete-time model, Experimental design, Multivariate sensitivity analysis. [ .pdf ]

[2115] C. Larédo and J. Pernes. Models for pearl millet domestication as an example of cereal domestication. Rapport technique 87-14, INRA, Laboratoire de Biométrie (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 1987.

[2116] C. Larédo. Une nouvelle modélisation de la propagation spatiale en dynamique des populations. Tech. Rep. 84T20, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 1983.
AMS Keywords: 60J80, 60J85, 92A15.
Mots-clés : Processus de branchement spatial dynamique des populations, simulation, vitesse de propagation.

[2117] Y. Li, R. Briandet, J. Deschamps, K. S. yeon, C. Kervrann, and A. Trubuil. Biofilm and swimmers interaction : processing and analysis of movies. Rapport Technique 2016-1, INRA, UR1404 Mathématique Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement-F-78350 Jouy-en Josas, France, 2016.
Keywords : Greenswimmers ; Bifilm ; Infiltration, Particle tracking ; UTrack; Superpixel.

[2118] M.-L. Martin and M.-L. Taupin. Semi-parametric estimation in the excess risk model with covariate measurement error. Rapport technique 2001-67, Université Paris-Sud, Mathématiques (Orsay, France), 2001.
Keywords : Semi-parametric estimation, errors-in-variables model, non-parametric estimation, excess risk model, censoring, survival analaysis.

[2119] M.-L. Martin. Non-parametric estimation of the hazard function using a model selection method: estimation of cancer death in Hiroshima A-bomb survivors. Rapport technique 2002-1, INRA, Unité BIA (Jouy-en-Josas, France), 2002.
Keywords : Dose response function, hazard function, model of excess relative risk, model of excess absolute risk, non-parametric estimation, spline functions, model selection, Akaike Information Criterion.

[2120] F. Mégraud, C. Bultel, J.-B. Denis, G. Ermel, M. Federighi, A. Gallay, I. Kempf, A. Leclercq, and P. Weber. Appréciation des risques alimentaires liés aux campylobacters ; application au couple poulet / Campylobacter jejuni. Rapport technique, AFSSA, 2004. 96pp. [T181].
Keywords : campylobacter, broiler, food risk assessment.
Mots-clés : campylobacter, poulet, appréciation des risques alimentaires.

[2121] C. Nédellec. Projet Quaero, rapport de propri i t i industrielle de l'Institut National de la Recherche Agronomique. Tech. rep., INRA (CRJ), 2010.

[2122] A. Pázman and J.-B. Denis. Measures of nonlinearity for biadditive models. Rapport technique 2001-4, INRA, UR341 Biométrie, 2001. 22 pp. [T162].
Keywords : Nonlinear regression, parameter constraints, two-way ANOVA.
Mots-clés : régression non-linéaire, contrainte paramétrique, ANOVA deux facteurs.

[2123] A. Perasso, B. Laroche, and S. Touzeau. Identifiability analysis of an epidemiological model in a structured population. Rapport technique 2009-5, INRA, UR341 Mathématiques et Informatique Appliquées (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2009. [ .pdf ]

[2124] H. Poilleux-Milhem, S. Huet, H. Picault, and M. Renard. Effect of a crop discontinuity on the rapeseed pollen dispersal function. Rapport technique 2003-10, INRA, Unité BIA (F-78350 Jouy-en-Josas, France), 2003.

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Keywords : listeria, milk, food ri