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CaliFloPP
CALcul Integre du FLux de Particules entre Polygones

Brève description

Le programme CaliFloPP calcule des flux de particules entre paires de polygones: à partir d'une fonction de dispersion dite individuelle, c'est-à-dire décrivant la dispersion des particules de point à point, il calcule les flux totaux émis d'un polygone à un autre par un algorithme d'intégration.
Le package R, RCALI, est une interface entre CaliFloPP et R. Il permet aussi de prendre en compte les fonctions de dispersion anisotropes.
Ce package est développé dans l'unité MaIAGE de l'INRA - Jouy-en-Josas, France.

Quelques détails

Le problème d'intégration est résolu en réduisant la dimension de l'intégrale et en utilisant des algorithmes de géométrie algorithmique.
L'application qui a motivé le développement de CaliFloPP porte sur les flux de pollen et de graines de colza entre parcelles agricoles, à l'échelle d'un paysage ou d'une petite région. Ainsi, CaliFloPP a permis une extension à la dispersion entre parcelles non quadrilatères du modèle Genesys, modèle de dynamique des populations cultivées et spontanées de colza entre les parcelles d'un paysage et leurs bordures (Colbach et al., 2001). Depuis, CaliFloPP a été utilisé pour d'autres applications en agro-écologie, liées à la santé des plantes ou à la coexistence entre plusieurs types d'agriculture.

Deux méthodes d'intégration numérique sont implémentées:

La première méthode, appelée ici "méthode grille", est basée sur des discrétisations simples de l'intégrale sur des grilles régulières. L'approximation est un estimateur sans biais de l'intégrale. En générant des répétitions indépendantes, il est possible de calculer la précision du résultat. Cette méthode est robuste (elle est sans biais et converge même pour des intégrandes non continues), mais peu efficace quant au temps d'exécution.
La deuxième méthode est basée sur l'algorithme DCUTRI. Les erreurs d'approximation y sont estimées. Comparée à la méthode grille, cette méthode est très rapide.
Les guides d'installation et d'utilisation sont inclus dans le paquetage (en anglais).

Entrées et sorties

Entrées: L'utilisateur fournit les coordonnées des polygones dans un fichier texte. Il peut définir sa propre fonction de dispersion individuelle en modifiant des programmes C. Les paramètres des méthodes et les diverses options sont indiquées, soit dans un fichier de paramètres, soit via un dialogue avec le programme. Des valeurs par défaut sont prêvues.
Sorties: Les résultats sont affichés sur l'écran (ou unité de sortie standard). L'utilisateur peut aussi demander la création d'un fichier de résultats, dans un format mieux adapté à un traitement informatique.

Références

Article de référence

A. Bouvier, K. Kiêu, K. Adamczyk, and H. Monod. Computation of integrated flow of particles between polygons. Environmental Modelling & Software, 24:843--849, 2009. [DOI| http]

Articles cités dans la présentation

Articles et mémoires utilisant CaliFloPP (sélection)

 

Licence
CaliFloPP est un produit "open source", gratuit, distribué sous la CeCILL Version 2. Vous êtes invité à lire le fichier COPYING.

Dernière version
Déchargez la dernière version.

Pré-requis système
L'installation de CaliFloPP nécessite un compilateur C++, et, optionnellement, pour l'installation des paquetages R, le système R.

Quoi de neuf?
* 19/01/2012: CaliFloPP 3.3

Contact
Annie.Bouvier at inra.fr