#!/usr/local/bin/perl
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# Cree autant de fichiers qu'il y a de sequences
# dans le fichier d'entree format EMBL, chaque fichier
# ayant le nom de la sequence qu'il contient.
# Un caractere dieze est rajoute juste avant la 
# sequence elle-meme (juste avant la suite des bases)
# Usage:
# sliceEmbl [-e] <nom-du-fichier-d-entree>
# Option:
# -e: si on ne veut pas creer de fichier pour les
# sequences qui contiennent "sequence unknown" dans
# la rubrique SQ
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# Verification:
if (($#ARGV < 0 ) || ($#ARGV > 1))
    {
    die "Usage:\n sliceEmbl [-e] file-EMBL    \n";
    }

$exclude=0;
foreach $i (0 .. $#ARGV)
    {
    if ($ARGV[$i] eq "-e")
        {
        $exclude=1;
        }
    else
        {
	$file=$ARGV[$i];
        }
    }

if ($file eq "")
    {
    die "Usage:\n sliceEmbl [-e] file-EMBL    \n";
    }


$etat=0;
open(BIGFILE,"< $file") || die "Unable to open $file.\n";
while(<BIGFILE>)
    {
    $buffer=$_;        # buffer contient la ligne courante de BIGFILE
    if ($etat==0) 
        {
	($idname,$nomfic)=split(' ',$buffer);
	if ($idname eq "ID") 
            {
	    open(SMALLFILE,"> $nomfic");
	    print SMALLFILE $buffer;
	    $etat=1;
	    }
         }			# fin du etat=0
    else
        {			# etat!=0
	if (index($buffer,"//")>=0) 
            {
	    close(SMALLFILE);
            $etat=0;
            } 
        else 
            { # on n'a pas lu "//", i.e ce n'est pas la fin de la sequence
		($sq,$remain)=split(' ',$buffer);
		if ($sq eq "SQ") 
                    {
                    if (($exclude==1) && (index($buffer,"Sequence unknown")>=0)) 
                        {
                        print "Sequence ", $nomfic, " unknown \n";
	                close(SMALLFILE);
                        unlink $nomfic; # on detruit le fichier qu'on avait comence
                        $etat=0;
                        } 
                    else
                       {
	               chop($buffer); # remove newline
		       $buffer.="#\n"; # append
                       }
                    } # fin de sq=SQ
		if ($etat == 1 )
                   {
                   print SMALLFILE $buffer;
                   }

            } # fin de ce n'est pas la fin de la sequence
        } # fin etat non 0
    } # fin du while
close(BIGFILE);