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Laboratoire Mathématique, Informatique et Génome, Bibliome group

Invited talks, seminars and tutorials



Invited talks

  • "Apprentissage automatique pour l’analyse de contenu textuel en biologie", Journée Apprentissage Artificiel: la carte, le territoire et l'horizon, en l'honneur de Yves Kodratoff, INA-PG, Paris, 23 mai, 2008.

  • "Ontologies et recherche d’informations dans le domaine scientifique", Journée Comunication technique de plein champ : recherche et innovation, organisée par Patricia Minacori, Université Paris Diderot, Paris, 26 Mars 2011.

  • « L'apprentissage (semi)-automatique de connaissances à partir de corpus -- avec des ontologies, vers des ontologies --.. Claire Nédellec, Atelier OntoTexte associé à TIA (Rencontres Terminologie et Intelligence Artificielle), Sophia-Antipolis, France, 10 octobre, 2007.

  • "Recherche d’information spécialisées, l’enjeu de l’automatisation", Rencontres des professionnels de l'IST, 20 juin 2007.

  • "Alvis Semantic Search Engine, Adaptation to Biology », Claire Nédellec, Robert Bossy, Alain Kotoujansky at Machine Learning for Natural Language Processing workshop, Université d’Amsterdam, mai 2007.

  • « Alvis Semantic Search Engine, Adaptation to Biology ». Claire Nédellec, Robert Bossy, Alain Kotoujansky, Machine Learning for Natural Language Processing workshop, Amsterdam, mai 2007, Pays-Bas.

  • "Machine Learning for semantic annotation of textual data in genomics", at 15th Amsterdam Colloquium, décembre 2005.

  • "ML and NLP for Textual Information Annotation in Genomics", at Dagstuhl Seminar on Machine Learning for the Semantic Web, février 2005.

  • "Ontology Learning and Populating in Genomics ", Ontology population, ECAI-2004 Workshop, 2004

  • "Towards the automatization of knowledge extraction from text in genomics, strength and limits", NEMIS 2003 Launch Conference, (1st International Workshop on Text Mining & its Applications, Patras, Grèce, 5 avril 2003.

  • "Machine Learning applied to Information Extraction in specific domains - an example, gene interaction extraction from bibliography in genomics", Semantic Web Mining, 2nd Workshop at ECML/PKDD, Helsinki, 20 aožt 2002.

  • "Knowledge extraction from text, a machine learning approach", CAPS'3, 3rd International Conference on Human-System Learning, , décembre 2000.

  • "Extraction of gene interaction networks from texts : the Caderige Project", présentation avec G. Bisson de l'INRIA, XRCE - INRIA workshop on Information Extraction in Genomics, Grenoble, juin 2000.

    International seminars

  • "Semantic search of Animal Journal", Conseil d’administration de la revue Animal, Edimbourg, 19 mai 2011.

  • "some accomplishments and challenges in text-mining for biology", Visit of Greifswald Transcriptomics – Functional Genomics group, Jouy-en-Josas, 26 January 2009.

  • Philippe Bessières, Claire Nédellec Bibliome group "Bibliome for genome annotation", visit to Mikrobiologie Institut für Mikrobiologie und Genetik, University of Göttingen, 10 December 2009.

  • "Bibliome content analysis technology for system biology" Micalis (Microbiology IdF) project. Jouy-en-Josas, 16 février 2009.

  • "Bibliome, text content analysis", Présentation de Claire Nédellec à la délégation de l’université de Novosibirsk, MIG, 5 octobre 2009.

  • Claire Nédellec , Robert Bossy, Frédéric Papazian, Sarhane Safraoui, Sophie Aubin, Sandra Makuntima "Epipagri.org, Presentation of the final version of the Web site", Epipagri Final Review, Barcelone – septembre 2008.

  • "Demonstration of the EPIPAGRI database and website", Epipagri Network introduction meeting, 22 avril 2008.

  • Claire Nédellec, Robert Bossy, Alain Kotoujansky, Annick Lacombe, Philippe Bessières. "Alvis Semantic Search Engine – Adaptation to Patent Search ». Réunion annuelle du projet Epipagri, septembre 2007.

  • "Alvis Semantic Search Engine, Adaptation to Biology ». Claire Nédellec, Robert Bossy, Alain Kotoujansky, Machine Learning for Natural Language Processing workshop, Amsterdam, mai 2007, Pays-Bas.

  • "Machine Learning and Natural Language Processing for Information Extraction in Genomics", workshop "text and literature mining" of the Industry Programme of the European Bioinformatics Institute (EBI), janvier 2003.

  • "Apprentissage de connaissances pour l'extraction d'information textuelle en génomique" (Machine Learning for Information Extraction in Genomics), CUI, Université de Genève, décembre 2002.

  • "Apprentissage automatique de connaissance à partir de textes pour l'extraction d'information", séminaire de l'EPFL (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne), mars 2001.

  • "Application of Machine Learning to Knowledge Acquisition from Texts", Colloquium serie, Université de Karlsruhe, novembre 2000.

  • "Acquisition of semantic knowledge from specification texts by ML methods, the ASIUM system" au Laboratoire d'Informatique de l'Université de Turin, Italie, novembre 1997.

  • "Cooperative Machine Learning", au Laboratoire d'Informatique de l'Université de Turin, Italie, juillet 1994.

    National seminars
    2010

    • " Acquisition de connaissances linguistiques par apprentissage automatique – application à la recherche documentaire", Séminaire du LIG, Université Joseph Fourier, Grenoble, 22 janvier 2010.

    • Claire Nédellec, R. Bossy, B. Teyssendier, W. Golik, F. Papazian, P. Veber, A. Kammoun « Recherche d’information dans les brevets du domaine de l’ARP VegA », Assemblée Générale de l’ARP (Atelier de Recherche Prospective) VegA, 12 janvier 2010.

    • "Modélisation de connaissance termino-ontologique application à la recherche documentaire", séminaire modélisation du département Phase, Physiologie Animale, Ecully, 9 mars 2010.

    • "Gestion des connaissances - Ontologies", Séminaire stratégique CEPIA (Département Caractérisation et Elaboration des Produits issus de l'agriculture), Paris, 17 mars 2010.

    • "Conception d’ontologie et recherche sémantique dans le domaine scientifique", Séminaire du groupe de travail ATO-Phase (Département Physiologie Animale), Rennes, 3 novembre 2010.

    • " Acquisition de connaissances linguistiques par apprentissage automatique – application à la recherche documentaire", Séminaire du LIG, Université Joseph Fourier, Grenoble, 22 janvier 2010.
    2008 2007

    • "Recherche sémantique d’information textuelle», Claire Nédellec, Pascale Sébillot, Philippe Bessières, Vincent Claveau, Journées INRA-INRIA, 30 mai 2007.

    • "Recherche d’information spécialisées, l’enjeu de l’automatisation ». Rencontres des professionnels de l'IST, Nancy, France, juin 2007.
    2006

    • « Acquisition automatique d'ontologie pour l'annotation sémantique de texte en biologie » séminaire de l’unité INRA, MetaRisk, février 2006. • « Le projet Quaero », réunion des responsables IST des organismes de recherche nationaux, 27 avril 2006.
    2004

    • « Extraction d’information appliquée au domaine biomédical – apprentissage et traitement automatique de la langue ». Groupe Statistiques des Séquences Biologiques (SSB), janvier 2004
    2003

    • « Apprentissage de connaissances pour l'extraction d'information textuelle en génomique" (Machine Learning for Information Extraction in Genomics), CUI, Université de Genève, décembre 2002.
    2001

    • Nédellec C. et Ould Abdel Vetah M., Bessières P., Brun C. et Jacq B., "Text filtering for information extraction in genomics, a classification problem". Journées IMPG Ontologie et Extraction d'Information en Génomique, Grenoble, mai 2001.

    • Bessières P., Bisson G., Nazarenko A., Nédellec C., Ould Abdel Vetah M. et Poibeau T, "Ontology learning for information extraction in genomics bibliography - the Caderige project", Journées IMPG Ontologie et Extraction d'Information en Génomique, Grenoble, mai 2001.

    • "Extraction d'information à partir de notices sur les interactions géniques", Séminaire IMPG, région Ouest, IRISA, Rennes, avril 2001.

    • Nédellec C. et Ould Abdel Vetah M.,"Modélisation des interactions géniques à partir de textes.", Journée Post-Génomique de la Doua (JPGD), Lyon, avril 2001.

    • "Application de l'apprentissage à la recherche et à l'extraction d'information - Un exemple, le projet Caderige : identification d'interactions géniques.", présentation avec A. Nazarenko du LIPN, Journée thèmatique Exploration de données issues d'Internet, organisé par Y. Bennani, E. Janvier, R. Kanawati et S. Salotti, LIPN-CNRS, Institut Galilée, Université Paris 13, Villetaneuse, mars 2001.
    2000

    • Extraction of gene interaction networks from texts : the Caderige Project", présentation avec G. Bisson de l'INRIA, XRCE - INRIA workshop on Information Extraction in Genomics, Grenoble, juin 2000.

    • "Apprentissage de connaissances et extraction d'information à partir de textes", Séminaire du GREYC, Université de Caen, décembre 2000.

    • "Apprentissage automatique de connaissances à partir de documents textuels", Journée du LRI, Villemartin, juin 2000.
    1999

    • "Apprentissage de schémas de sous-catégorisation et d'ontologies", Journée d'étude Extraction d'Information (T. Poibeau), séminaire de l'Association pour le Traitement Automatique des Langues (ATALA), Paris, Mars 1999.

    • "Classification conceptuelle pour la formation de classes sémantiques", A3CTE, Pitié-Salpétrière, novembre 1999.
    1998

    • "Application de l'apprentissage automatique à l'acquisition de connaissances à partir de corpus", LIMSI, Orsay, Décembre 1998.

    • "Acquisition de connaissances sémantiques à partir de textes de spécifications par apprentissage automatique, le système ASIUM", Xerox Research Center, Grenoble, janvier 1998.

    • "Apprentissage et traitement sémantique du langage naturel", LIPN, Villetaneuse, mai 1998.

    • "Acquisition d'ontologies à partir de textes de spécialité, application aux brevets", LORIA, Nancy, octobre 1998.
    1997

    • "Acquisition des Connaissances et Apprentissage", Journée Acquisition des Connaissances et Apprentissage pour l'interprétation des Signaux et des Images organisée par l'Action PRC 10.2, Paris, novembre 1997.

    • "Apprentissage par PLI dans les Bases de Données Relationnelles", Groupe AFCET-AFIA, GTRA, Nantes, novembre 1997.
    1994-1996

    • "Le système d'apprentissage APT et la modélisation cognitives de phénomènes physiques", journées de l'Institut des Sciences Cognitives et de la Communication, Université Paris-Sud, janvier 1996.

    • "Explications et Apprentissage Symbolique", Groupe PRC-IA Explication, Paris, avril 1994.

    • Une Application bancaire de l'Apprentissage Symbolique", Quatrièmes Journées Francophones sur l'Induction Symbolique et Numérique, Université Paris-Sud, France, mars 1994.
    Tutorials

  • "Texte et Connaissance - Quelques éléments méthodologiques ", séminaire Texte et Connaissance, méthodes, besoin, perspectives Jouy-en-Josas, 3-4 juillet 2008.).

  • Organisation de la training session text-mining (1 semaine juin 2009) de l’action Marie Curie Transys. 3 cours.

  • "Text Mining" : Extraction de connaissances à partir de textes aux journées francophones d'extraction et de gestion des connaissances, Montpellier, Janvier 2002.

  • "Machine Learning and Natural Language Processing for Information Extraction in Genomics", workshop text and literature mining of the Industry Programme of the European Bioinformatics Institute (EBI), janvier 2003.

  • "Apprentissage de connaissances sémantiques spécialisées" TCAN-CNRS tutorial serie, "Langue, connaissances, information", mai 2005.

  • "Des outils d’analyse sémantique pour la recherche d’information " formation INRA aux techniques d'analyse de l'information textuelle, 20 mars 2007.