Pour trier les fichiers en entrée de island |
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Les fichiers en entrée
de island doivent être triés: le fichier des positions des clones selon les valeurs décroissantes des positions de fin de clones et le fichier des positions des ancres selon les valeurs décroissantes des positions des ancres.Les shell-scripts sort.clones et sort.anchors sont disponibles dans le package pour constituer ces fichiers à partir de fichiers non triés.
Effectuer un tri décroissant de la deuxième colonne d'un fichier
à partir de la deuxième ligne.
Le fichier en entrée doit respecter la structure suivante:
Les nombres doivent être écrits en notation "point fixe",
(c'est-à-dire non exponentielle).
Effectuer un tri décroissant de la première colonne d'un fichier
à partir de la deuxième ligne.
Le fichier en entrée doit respecter la structure suivante:
Les nombres doivent être écrits en notation "point fixe",
(c'est-à-dire non exponentielle).
Le shell-script sort.clones
Fonction
Syntaxe
Restrictions
Exemple
sort.clones < nom-du-fichier-à-trier > nom-du-fichier-trié
- la première ligne contient la longueur du génome en paires de bases,
- chacune des lignes suivantes comporte :
Le shell-script sort.anchors
Fonction
Syntaxe
Restrictions
Exemple
sort.anchors < nom-du-fichier-à-trier > nom-du-fichier-trié
- la première ligne contient la longueur du génome en paires de bases,
- chacune des lignes suivantes comporte :