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Claire Nédellec est chercheur permanent du laboratoire de recherche Mathématiques, Informatique et Génome (MIG) depuis 2001. Elle anime l'équipe Bibliome. MIG appartient à l'Institut National de Recherche Agronomique (INRA).
Elle a été maître de conférence en informatique au LRI, Université Paris-Sud de 1994 à 2001 après avoir obtenu sa thèse en programmation logique inductive appliquée à l'apprentissage automatique coopératif.
Son activité de recherche se concentre sur l'application de l'apprentissage automatique à l'extraction d'information à partir de texte, en particulier, l'acquisition d'ontologie et de règle d'extraction d'information. Elle développe des méthodes d'apprentissage automatique appliquées à des documents scientifiques et techniques analysés par des outils linguistiques. Elle a été impliquée dans de nombreuses collaborations et contrats nationaux et internationaux en apprentissage automatique, acquisition des connaissance, comme chercheur et comme coordinateur scientifique (Alvis, Quaero) Elle a été présidente de la conférence européenne d'aprrentissage automatique ECML, en 1998. Elle a été présidente de la compétition BioNLP Shared Task en 2013.