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R'MES

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Sophie Schbath


Institut National de la Recherche Agrononique
Unité Mathématiques et Informatique Appliquées, du Génome à l'Environnement
Domaine de Vilvert
F-78352 Jouy-en-Josas Cedex
Sophie.Schbath at jouy.inra.fr
Fax : +33.1.34.65.28.90

J'ai obtenu une thèse de l'Université Paris V en Statistique le 25 octobre 1995. J'ai effectué ma thèse en tant qu'Attachée Scientifique Contractuelle de l'INRA au sein du Laboratoire de Biométrie de Jouy-en-Josas. J'y ai ensuite été recrutée comme Chargée de Recherche en août 1996. Durant l'année 1996, j'ai effectué un stage post-doctoral à Los Angeles dans l'équipe de Michael Waterman et Simon Tavaré. En janvier 2000, j'ai rejoind la nouvelle unité pluridisciplinaire Mathématique, Informatique & Génome de l'INRA à Jouy-en-Josas dont j'ai assuré la direction de 2012 à 2014. J'ai soutenu mon habilitation à diriger des recherches le 22 septembre 2003. Je suis actuellement Directrice de Recherche et je dirige la nouvelle unité MaIAGE, fusion des unités MIG et MIAJ, toujours sur le centre INRA de Jouy-en-Josas.

Je m'intéresse beaucoup à l'étude statistique des occurrences de motifs (fixes, dégénérés, structurés, matrices poids-positions) dans les séquences biologiques. Je me suis en particulier beaucoup investie dans la mise au point de méthodes statistiques pour détecter des oligonucléotides significativement sur- ou sous-représentés dans une séquence d'ADN par rapport à ce qui est attendu dans une chaîne de Markov. Ces travaux ont débouché sur la co-écriture du logiciel R'MES que je continue de faire évoluer et ont été utilisés avec succès pour l'identification de certains motifs fonctionnels au sein de génomes bactériens. J'ai aussi travaillé sur l'analyse de la répartition de motifs le long du génome dans l'optique de détecter des couples de motifs co-répartis, suggérant d'éventuelles intéractions protéiques.
Mes compétences sur les occurrences de mots m'ont amenée à m'intéresser à la génomique comparative des bactéries et plus précisément à la comparaison de génomes complets qui manipule les "Maximum Exact matches" entre séquences.
Mon année post-doctorale m'a permis d'explorer un autre domaine de la bioinformatique : celui de la cartographie physique. J'ai ainsi étudié l'effet de deux types d'hétérogénéité des données sur la progression d'un projet de cartographie physique par la méthode d'ancrage : l'hétérogénéité des longueurs des clones, et l'hétérogénéité de la position des clones sur le chromosome. Même si ce problème est devenu obsolète compte tenu des progrès biotechnologiques en terme de séquençage de génomes, ce thème a des échos avec la métagénomique à laquelle je m'intéresse actuellement.
Un autre domaine d'étude que je considère est celui de l'analyse statistique des réseaux biologiques et plus particulièrement la recherche de sous-graphes de fréquence exceptionnelle.

Par ailleurs, j'ai co-dirigé le GdR "Bioinformatique Moléculaire" depuis 2006 et préside la Société Française de BioInformatique depuis 2010. J'ai passé la main de l'animation du groupe "Statistiques des Séquences Biologiques" (SSB, rebaptisé Statistics for Systems Biology) que j'animait depuis 1997 et qui réunit une trentaine de statisticiens travaillant sur des problématiques bioinformatiques.
Sophie.Schbath_AT_jouy.inra.fr (18 février 2015).