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R'MES

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Sophie Schbath


Unité MaIAGE -- Centre INRAE
Domaine de Vilvert - Bât. 233
78350 Jouy-en-Josas, France
Sophie.Schbath at inrae.fr

Parcours
Après des études en mathématiques appliquées à la faculté d'Orsay, j'ai fait ma thèse en statistique dans le laboratoire de Biométrie de l'INRA de Jouy-en-Josas (soutenue en 1995) où j'ai ensuite obtenu un poste de Chargée de Recherche (1996). Entre temps, je suis partie faire un stage post-doctoral à Los Angeles (USC) avec Michael Waterman et Simon Tavaré. En 2000, j'ai rejoind la toute nouvelle unité pluridisplinaire Mathématique, Informatique et Génome (MIG) de l'INRA, dont j'ai assuré la direction de 2012 à 2014. J'ai soutenu mon HDR en 2003.
Je suis actuellement Directrice de Recherche. Je dirige l'unité MaIAGE à Jouy-en-Josas depuis 2015 et je suis la responsable scientifique de la plateforme de bioinformatique Migale.

Thématiques de recherche
Je m'intéresse au développement de méthodes statistiques pour l'analyse de génomes ou métagénomes. Mes objets favoris sont les motifs sous toutes leurs formes : Mots, k-mers, mots dégénérés, motifs structurés, matrices poids-positions, Maximum Exact Matchs, etc. Je suis à l'origine du logiciel R'MES qui détermine la significativité statistique de la fréquence d'un motif dans une séquence. Les principaux modèles probabilistes que je manipule sont les modèles markoviens, les processus de Poisson et de Hawkes.
Ces dernières années, je me suis plus particulièrement intéressée à l'étude des écosystèmes microbiens.

Animation
En lien avec mes thématiques de recherche, j'ai co-créé en 2006 et co-dirigé le GdR "Bioinformatique Moléculaire" de 2006 à 2013 ; en parallèle j'ai présidé la Société Française de BioInformatique de 2010 à 2016. Aurapavant, j'ai animé le groupe "Statistiques des Séquences Biologiques" (SSB, rebaptisé Statistics for Systems Biology) de l'INRA de 1997 à 2012. À l'INRA, j'ai aussi fait partie de la cellule nationale de bioinformatique et de la cellule de coordination du métaprogramme "Méta-omiques des Écosystèmes Microbiens". Mon CV ci-joint présente mes autres responsabilités.
3 janvier 2020.