March 2005 Commit Log

Number of Commits:

4

Number of Active Developers:

1

vloux 2005-03-24 13:16 #4

Bugfix

10 lines of code changed in:

• Agmial2/pa_manager/src/pam/reader: ProteinPanel.java (+10 -4)

vloux 2005-03-21 16:33 #3

Il manque des fichiers pour l'install.
Merci Robert, Xavier et Damien ;-)

78 lines of code changed in:

• Agmial2/agmial_directory/web: web.xml.in (new 78)

vloux 2005-03-03 14:14 #2

Ajout lien vers CAM dans PAM
Hack de MugenPanel

108 lines of code changed in:

• Agmial2/agmial_directory/src/agmial/directory: InfoPoint.java (-1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/reader: MugenPanel.java (+106 -27)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/reader: ProteinPanel.java (+2 -1)

vloux 2005-03-02 16:25 #1

Modifs sur en tete GPL
Correction du build.xml
Bugfix contextlistener.java
Ajout lien vers MuGenPanel dans ProteinPanel

275 lines of code changed in:

• Agmial2/ca_manager/sql: contigdb_creation.sql (+1 -1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/admin: AddBatch.java (+1 -1), AddProject.java (+1 -1), ContigStoreAdminIF.java (+1 -1), ContigStoreAdminImpl.java (+1 -1), LockContig.java (+1 -1), MonitorBatchTasks.java (+1 -1), MonitorContigTasks.java (+1 -1), MonitorFeatureTasks.java (+1 -1), MonitorProjectTasks.java (+1 -1), MonitorTasks.java (+1 -1), ProfileStoreAdminIF.java (+1 -1), ProfileStoreAdminImpl.java (+1 -1), ShowAddBatch.java (+1 -1), ShowAddProject.java (+1 -1), ShowAdminBatches.java (+1 -1), ShowUpdateContig.java (+1 -1), ShowUpdateProfile.java (+1 -1), UpdateContig.java (+1 -1), UpdateProfile.java (+1 -1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/contigdb: CAMBatch.java (+1 -1), CAMBatchAction.java (+1 -1), CAMBatchActionSchema.java (+1 -1), CAMBatchSchema.java (+1 -1), CAMContigAction.java (+1 -1), CAMContigActionSchema.java (+1 -1), CAMContigSchema.java (+1 -1), CAMFeatureAction.java (+1 -1), CAMFeatureActionSchema.java (+1 -1), CAMFeatureSchema.java (+1 -1), CAMFileSchema.java (+1 -1), CAMLock.java (+1 -1), CAMLockSchema.java (+1 -1), CAMProject.java (+1 -1), CAMProjectAction.java (+1 -1), CAMProjectActionSchema.java (+1 -1), CAMProjectSchema.java (+1 -1), CAMSingleProfileSchema.java (+1 -1), CAMSkillMeta.java (+1 -1), CAMSkillMetaSchema.java (+1 -1), CAMSkillParam.java (+1 -1), CAMSkillParamSchema.java (+1 -1), ContigDB.java (+9 -9)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/control: BatchActionMotivation.java (+1 -1), BatchActionQueue.java (+1 -1), BatchCalcAction.java (+1 -1), CAMActionQueue.java (+1 -1), CAMControl.java (+26 -26), CAMMotivation.java (+1 -1), ContigActionMotivation.java (+1 -1), ContigActionQueue.java (+1 -1), ContigCalcAction.java (+1 -1), FeatureActionQueue.java (+1 -1), ProjectActionQueue.java (+1 -1), ProjectMotivation.java (+1 -1), QueryFeatureMotivation.java (+1 -1), TellCDSRemovedAction.java (+1 -1), TransferFeatureAction.java (+1 -1), UpdateCDSAction.java (+1 -1), UpdateProjectAction.java (+1 -1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/lifecycle: ContextListener.java (+1 -1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/reader: ContigInfoBean.java (+1 -1), ContigLockInfoBean.java (+1 -1), ContigPanel.java (+1 -1), ContigStoreQueryIF.java (+1 -1), ContigStoreQueryImpl.java (+1 -1), EditFeature.java (+1 -1), GenomeProjectBean.java (+1 -1), GetContigRegion.java (+1 -1), MugenPanel.java (+15 -9), ProfileStoreQueryIF.java (+1 -1), ProfileStoreQueryImpl.java (+1 -1), QueryBatches.java (+1 -1), QueryContigs.java (+1 -1), QueryProjects.java (+1 -1)
• Agmial2/ca_manager/src/cam/util: CAMException.java (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager: build.xml (+16 -12)
• Agmial2/pa_manager/sql: protdb_creation.sql (+1 -1), update_database.sql (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/admin: AddProteinSource.java (+1 -1), AddProteins.java (+1 -1), MonitorProteinRefTasks.java (+1 -1), MonitorProteinTasks.java (+1 -1), MonitorTasks.java (+1 -1), ProteinSourceAdminIF.java (+1 -1), ProteinSourceAdminImpl.java (+1 -1), RetireProteins.java (+1 -1), ShowAddProteinSource.java (+1 -1), ShowAddProteins.java (+1 -1), ShowAdminSources.java (+1 -1), ShowRetireProteins.java (+1 -1), UpdateAnnotation.java (+1 -1), UpdateFunction.java (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/control: AfterActionMotivation.java (+1 -1), DetermineFunctionAction.java (+1 -1), HomologyResultsMotivation.java (+1 -1), NotifyFunctionAction.java (+1 -1), NotifyFunctionMotivation.java (+1 -1), PAMActionQueue.java (+1 -1), PAMControl.java (+31 -31), PAMMotivation.java (+1 -1), ParalogResultsMotivation.java (+1 -1), ProteinActionMotivation.java (+1 -1), ProteinActionQueue.java (+1 -1), ProteinCalcAction.java (+1 -1), ProteinRefActionQueue.java (+1 -1), SwissAnnotAction.java (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/lifecycle: ContextListener.java (+2 -2)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/protdb: PAMDatabaseMeta.java (+1 -1), PAMDatabaseMetaSchema.java (+1 -1), PAMFileSchema.java (+1 -1), PAMFloatValueResultSchema.java (+1 -1), PAMHomologyResultSchema.java (+1 -1), PAMInfoSourceMeta.java (+1 -1), PAMInfoSourceMetaSchema.java (+1 -1), PAMMembraneSpanSchema.java (+1 -1), PAMMethodMeta.java (+1 -1), PAMMethodMetaSchema.java (+1 -1), PAMMotifFeatureSchema.java (+1 -1), PAMProtein.java (+1 -1), PAMProteinAction.java (+1 -1), PAMProteinActionSchema.java (+1 -1), PAMProteinFeatureSchema.java (+1 -1), PAMProteinRef.java (+1 -1), PAMProteinRefAction.java (+1 -1), PAMProteinRefActionSchema.java (+1 -1), PAMProteinRefSchema.java (+1 -1), PAMProteinSchema.java (+1 -1), PAMProteinSource.java (+1 -1), PAMProteinSourceSchema.java (+1 -1), PAMSkillMeta.java (+1 -1), PAMSkillMetaSchema.java (+1 -1), PAMSkillParam.java (+1 -1), PAMSkillParamSchema.java (+1 -1), PAMValuedFeatureSchema.java (+1 -1), ProteinDB.java (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/reader: AAFeaturesFormatter.java (+1 -1), AlignImage.java (+1 -1), CDDTable.java (+1 -1), EditingBuffer.java (+1 -1), FeaturesGraphic.java (+1 -1), FeaturesViewer.java (+1 -1), FormattedFeature.java (+1 -1), HomologyAlignPanel.java (+1 -1), HomologyGraphic.java (+1 -1), HomologyImagePanel.java (+1 -1), HomologyPanel.java (+1 -1), HomologyTable.java (+1 -1), ParalogTable.java (+1 -1), ProteinPanel.java (+20 -5), QueryDataSets.java (+1 -1), QueryProteinSources.java (+1 -1), QueryProteins.java (+1 -1), ResidueFormatter.java (+1 -1), SearchAnnotationPanel.java (+1 -1), SearchDataSets.java (+1 -1), SearchPanel.java (+1 -1), SearchProteinSources.java (+1 -1), SearchResults.java (+1 -1), SearchResultsPanel.java (+1 -1), SearchSQLQueryPanel.java (+1 -1), SearchSQLQueryResults.java (+1 -1)
• Agmial2/pa_manager/src/pam/util: PAMException.java (+1 -1)

February 2005 »